当年多尔衮带领八旗子弟进驻北京，留给他的几乎是一座空城，上到国库，下到达官贵族的私房钱，都已经被李自成洗劫一空。然而烂摊子远远不止这些，李自成在西北扯起十万大军，四川还有张献礼忠，东南亦有南明小朝廷。多尔衮要派军南下，又要安抚前明遗老，还要防止各路叛乱，这些都是要用钱的。而当时来钱最快的方法，就是铸造铜币。然而当时中国黄铜的开采量极低，甚至都不够市场需求的保有量，在铜币紧缺时，还要以白银作为货币进行补充。
顺治时期，大清帝国终于意识到一个问题，咱们黄铜不多，但是海外有些国家却多的是，日本就是一个黄铜矿藏很丰富的国家。八旗子弟并不擅长经商贸易，于是顺治钦点，曾经为满清贩运过物资的，山西八家商贩为“皇商”，组织船队前往日本进行黄铜贸易。由于当时台湾在反清将领郑成功的控制下，沿海的制海权被台湾把控，这些“皇商”受到台湾方面的极力打击，贩运回来的黄铜很少。
到了康熙时期，清朝统一台湾后，康熙进一步加大了对日贸易力度。于康熙二十四年（1685年）废除针对台湾的“迁海令”，颁布“展海令”，允许百姓出海经商。一时间日本长崎港来往商船成倍增加，互市贸易盛况空前。中国商人除了收购大量黄铜外，还将中国盛产的瓷器、茶叶、布匹等销往日本，甚至还将收购欧洲的商品高价转手卖给日本。一时间日本黄铜、铜币大量外流，造成日本国内主要口粮大米价格剧烈波动，有些地方甚至出现了废除货币，以大米代替货币的行为。
日本幕府为压制黄铜出口带来的贸易逆差，颁布了“贞享令”，规定每年中国船在长崎港贸易额不得超过白银六千贯，荷兰船不得超过三千贯。贸易总额超过白银六千贯后，禁止此后该年入港的其他中国船进行贸易。这一政策造成日本长崎港互市贸易锐减，遏制了日本本土黄铜的大量外流，起到了稳定日本国内市场的作用，此后不少中国商船在日本沿海开始走私贸易。康熙五十四年（1715年），为进一步防止日本黄铜外流，幕府公布“正德新令”，限制每年进入日本海域的中国船不得超过30艘，一经发现立刻驱赶。此后中国对日贸易更是进一步锐减。
雍正时期，中国开始严格执行海禁。当时外国商人来华贸易逐年增多，雍正声言"海禁宁严毋宽，余无善策"，以各种手段组织外国人来华贸易。后来因东南沿海各省税收锐减，雍正同意适当开禁，但仍加以种种限制。日本在这一时期，由于西方各国的滋扰，也开始实行海禁，昌盛一时的中日贸易就此沉寂，但民间仍有少量贸易来往。
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