公元361年五月，晉穆帝在顯明殿去世。他沒有留下子嗣，朝廷便決定讓晉成帝的長子司馬丕繼承皇位，成為晉哀帝。晉哀帝即位後馬上大赦。不久，他改封弟弟東海王司馬弈為琅邪王。秋七月，朝廷將晉穆帝安葬在永平陵，廟號孝宗。
九月，晉哀帝立王濛的女兒王氏為皇后。穆帝何皇后改稱穆皇后，移居永安宮。
東晉徐兗二州刺史範汪，歷來被桓溫所厭惡。桓溫準備北伐，命令範汪率領他的部眾從梁國出發。冬十月，桓溫藉口範汪錯過出徵日期，將他免為庶人。範汪後來居住在吳郡，平時講話從容謹慎，不談政治的曲直。有一次他去姑孰見桓溫。桓溫當時正權傾朝廷，便以為範汪遠道專門來拜謁自己，於是十分期待他的來訪。他問記室袁宏道：“範公這次前來，可否讓他擔任太常？”範汪入府坐定之後，桓溫先感謝他來看望，接著問他為何遠來。範汪其實是專門來造訪桓溫的，然而又怕時人會以為他趨炎附勢而對自己的名聲有損，便答道：“去世的孩兒埋葬在此地，所以特來探視。”桓溫結果非常失望，重新啟用範汪的打算也就作罷了。範汪當時也六十五了，最終死在家裡。他兒子範寧，喜好儒學，性格耿直，經常宣揚王弼和何晏的罪孽超過夏桀和商紂。有人認為這樣對他倆的貶低也太過分了。範寧說：“王弼何晏蔑視拋棄律令條文，全不把仁義當作一回事。他們盡說一些虛無浮華的東西，誤導年輕人，還致使朝廷大臣們翻然改轍，最終導致國家禮壞樂崩，中原傾覆落入胡寇手中。他們留下的殘餘風氣，至今還遺患無窮。夏桀、商紂縱暴一時，剛好足以他們自己喪身覆國，從而成為後世的警戒，又豈能混淆百姓的視聽！所以我認為一世的禍害為輕，歷代的遺患為重。自己喪亡的罪惡為小，迷惑眾人的罪惡為大。”
公元361年這年，東晉歸義侯原成漢君主李勢去世。
公元362年春正月，朝廷大赦並改元。不久，朝廷減田租，每畝收谷二升。
前燕豫州刺史孫興請求進攻洛陽，上奏說：“晉將陳祐只有老弱士卒一千多人，守著洛陽一座孤城，不用費勁就可以把他拿下！”前燕君主聽從了他的建言，派寧南將軍呂護進駐河陰，準備進攻洛陽。
二月，東晉任命庾冰的兒子吳國內史庾希為北中郎將兼徐兗二州刺史，出鎮下邳；任命龍驤將軍袁真為西中郎將、假節，負責豫、司、並、冀四州的軍事兼豫州刺史，出鎮汝南。
不久，司馬丕拜生母周貴人為皇太妃，禮儀和服裝都和太后的相似。
同時，呂護開始進攻洛陽。
三月，東晉河南太守戴施逃到宛城，陳祐向朝廷告急。五月，桓溫派庾希和鄧嶽的兒子竟陵太守鄧遐率領水師三千人去幫助陳祐守衛洛陽。
桓溫上疏再次請求遷都洛陽。奏章說：“巴蜀的成漢已經平定，逆胡的石趙也已經消滅，時來運轉的機會已經來到，康泰的氣象業已經明顯。然而人事反常失誤，屢次造成王軍出師不利，因此又讓燕秦二賊雙起，致使海內崩潰破裂，黃河洛水一派蕭條，皇家山陵受到危逼。因此遠近的百姓無不悲傷惶恐，為錯過的時機深感痛心。但希望陛下稟承乾坤自然的英姿，繼承伏羲深奧玄朗的品德，像鳳凰棲息外籓，神龍飛來皇極一樣，對時務的更替和人情的真偽，瞭解得一清二楚。這樣，就會九州歸心，遠近企盼，各族民眾都想依附聖朝。因此陛下的確應當把目光放遠，以雄才大略，去光復舊京，收回華夏疆土，使暖風和陽光遍及大地，將嚴霜和寒飆排除於外，這樣豈不順天應人，天人共樂！如今江河寬闊，風馬久遠，所以向義和建節的人士為收復中原前仆後繼，無怨無悔。更何況北極已經出現，群星自然都來仰望；主流已經洶湧，支流自然都來匯入。晉的遺民為能得到皇德的幽護而歡欣，那些妖逆則知道離滅亡的日子不遠了。利用民眾思盼歸順的心理，鼓起雷霆萬鈞的勢頭，那麼燕秦二寇不用大動干戈就可以自己絕滅。所以說圓通的人貴在不拖拖拉拉，明哲的人尚於掌握時機。而和磐石一樣堅定的人，才能成就大事。如果這麼好的機會來了，而照樣不肯展翅飛翔，卻永遠呆在這南方的邊陲，棄神州於不顧，這樣只能讓五尺的兒童都不免掩口嘆息。
“當年先王開始建立大業時，雄心玄聖，領土有九州之廣，官制有九服之多，既重視中央地區也關心邊遠州郡。正是因為決策英明，處事公允，所以後來成為萬國之冠，統御四海。自從強大的胡寇入侵以來，中原蕩亂傾覆，朝廷狼狽失地，政權只好轉移到江南揚越一帶，委屈求全等待捲土重來的機會。這實在是因為時局的艱難困頓，並非理性決定的。然而喪亂持久，至今已經五十多年。先朝的舊臣大都去世了，而後來的幼童，放棄了鄉音，逐漸入鄉隨俗，開始忘記了家鄉，在江南苟且偷安。回首往事，能不讓人悲嘆！臣雖然平庸拙劣，才幹不足以成大事，然而既然位居人臣之極，便應該擔起重任。臣願意竭盡全力，充當先鋒，披荊斬棘，驅除豺狼。臣要求自從永嘉之亂以來流落到江
東的人們，全部往北遷徙，以充實河南地區。朝廷將資助他們恢復舊業，讓他們返回故鄉，從事農業養蠶業。同時充分利用天時地利人和，教導他們做人的原則，對他們盡到禮數，從而使文武都得到宣揚，信用得到流通。一旦民間的根基打了下來，那麼自然就會初步做到綱舉目張。然後陛下建立章法，飛揚旌旗，坐在金鑾御駕裡，攜帶身著朝服的大臣們一道渡過長江。這樣宇宙之內誰不歡欣鼓舞！
“人情都貪圖安逸，很難讓人主動去艱苦創業。非同尋常的大事，總是被大家懷疑。但願陛下痛下決心，賦予臣成功復興朝廷的重任。這件大事一旦辦成，那麼陛下的功勳將比前代君主更為盛大，堪比周宣王當年的中興。如果不成功，那是臣的罪過，即使遭受烹殺，也心甘情願。”
朝廷大臣們都害怕桓溫，沒人敢提出異議。然而北方一片蕭條，大家都怕北遷。雖然都知道現在遷都絕對行不通，但大臣們都不敢首先諫阻。只有散騎常待領著作郎孫綽上疏說：“當年中宗（晉元帝）登基，並非完全因為順天應人，其實依賴的是萬里長江的天險可守。如今自喪亂以來，六十多年，黃河洛水一帶早已是一片廢墟，中原也是一派蕭條。士大夫階層流落到江東，已經幾代人了，還活著的都已經是有孫輩的老人，而死去的則墓丘成行。雖然對北方的思念還會感動心頭，但眼前的哀痛卻真正讓人心切。如果真到了遷都回車的日子，那麼中興之後的五座皇陵（元，明，成，康，穆五帝），就又變成遙遠的地域。秦山的安全，既然難以保證，那麼孝敬的思念，豈不常常會纏繞在聖上的心頭！桓溫今日的建議，確實是想讓朝廷有始有終，完全是為國著想。然而百姓震驚害怕，都懷著恐懼的心理。這樣豈不是將造成這樣的局面：那就是返回舊日家園的快樂還遙遙無期，而對危險不安定的擔憂卻就在眼前！為什麼這麼說呢？我們植根在江東已經幾十年了，怎麼好一下子就都放棄了，然後把自己驅趕到窮困荒涼的地方去？攜家帶口萬里遠行，跨越艱難險阻，遠離家墳，放棄產業，田宅也未必賣得出去，車輛船隻也無從得到。舍下安樂的家園，想去適應剛經歷過戰亂的地方。路途的勞頓很可能導致很多人要不累死在路上，要不淹死在江裡，真正能到達北方的人應該不會很多。這是仁義的人和國家都應當設身處地為百姓好好考慮的事情！臣的愚見是，應當暫且派遣有威名和實力的將帥，先去鎮守洛陽，掃平梁州許昌一帶，好好清理河南地區。待到運漕的水路陸路通暢，開墾農田的積蓄也已豐富，豺狼已經遠竄，中原進入小康，然後才可以慢慢商討遷都事宜。現在怎麼能捨棄無可爭議的道理，去冒著天下的安危而孤注一擲！”孫綽是孫楚的孫子，少年時就景慕高尚，曾著有《遂初賦》以表明志向。桓溫看了孫綽的奏章之後，很不高興，說：“我要跟興公（孫綽的字）說，幹嗎不去找你的《遂初賦》讀讀。好像挺知道國家大事！”
當時朝廷十分擔憂恐懼，準備派侍中去勸止桓溫。揚州刺史王述說：“桓溫其實只是虛張聲勢，想在朝廷立威而已，並非真打算遷都。就聽從他吧，不會有什麼事的。”朝廷便下詔給桓溫說：“自從喪亂以來，不知不覺地已經歷了五紀。將軍剷除賊寇，奮勇征伐，憂心西遷，慨嘆滿懷。朕知道將軍準備親率三軍，滌盪汙穢，廓清中原，光復舊京。除非捨身為國的忠臣，誰能夠這麼做？將軍所提的各項建議，都是良好的考慮。但黃河洛水一帶的重建工作，需要大量的勞作，真讓將軍費心費力了。”朝廷就這樣應付了他一下，結果遷都的事果然不了了之。
桓溫又提議要將洛陽的原來放置皇鍾雕有猛獸的格架搬到建康。王述說：“永嘉的不幸，致使我們暫時定都在江東。現在正應當蕩平海內，很快將重返舊京。如果一時辦不到，則應當改遷皇陵，而不應當先考慮這皇鍾格架的事！”桓溫這才作罷。
朝廷因為交州和廣州過於邊遠，便改授桓溫負責並、司、冀三州。但桓溫上表堅決推辭不受。
秋七月，前燕大將呂護擋不住庾希和鄧遐的進攻，退守小平津，但在路上中了流矢，不久就去世了。燕將段崇收集了殘軍北渡黃河，進駐野王。鄧遐則進駐新城。八月，東晉西中郎將袁真進駐汝南，運送大米五萬斛到洛陽。
十二月，庾希從下邳退駐山陽，袁真從汝南退駐壽陽。
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