貝加爾湖生長著眾多的水族生物，科學家發現，湖中生物達1,800多種，其中2/3為貝加爾湖特有生物，各種水族動物之奇特罕見，堪稱世界所有湖泊之冠，所以又被稱為“生物博物館”。在秦漢時期，匈奴人在此繁衍生息，最終建立起強大的匈奴帝國，漢武帝時，霍去病出擊匈奴就曾到達過這裡，而更早時候，漢朝使節蘇武也是被匈奴單于囚禁在這裡放牧牛羊。武帝之後，匈奴便長期成為漢朝的屬國，其控制下的貝加爾湖周邊阿巴干城和烏蘭烏德城附近發現過中國漢代的宮殿建築和城市遺址，出土的瓦當即有“天子千秋、長樂未央”，匈奴呼韓邪單于曾在貝加爾湖附近建立王庭（也就是都城），並上書漢朝皇帝：“世世保塞”茹為漢守衛北方領土”。而公元七世紀時，大唐王朝在貝加爾湖附近設立骨利幹部的玄閥州（餘吾州），正式錄入中央政府管轄。
蒙元時期，貝加爾湖地區作為中央政府的一個行省建立起非常完備的管理機構，此時移民增多，貝加爾湖得到了一定程度的開發，時間來到清朝，當時佔有貝加爾湖的喀爾喀蒙古臣服於清朝，從此貝加爾湖又重新歸入中原王朝的版圖，於此相比，俄羅斯人進入貝加爾湖地區的時間則晚上好幾個世紀，直到17世紀的1644年才由庫爾巴特.伊凡諾夫帶領75個人從勒拿河中游的雅庫斯克來到貝加爾湖, 這是俄國人第一次出現在貝加爾湖上。但俄國人的手腳並不慢，他們很快建立了要塞，並遷移人口組建城市，伊爾庫茨克便應運而生。1686年伊爾庫茨克發展成為都市，被譽為“西伯利亞的明珠”。此時的清朝正面臨三藩之亂，康熙皇帝無暇北顧，但這並不表明皇帝就對這片領土不管不問。
三藩之亂平定後，康熙帝御駕親征，泛舟黑龍江上視察清軍軍陣。遠道而來的沙俄哪是鼎盛時期清朝八旗的對手，戰爭很快便以清朝完勝而告終，但是一旦清軍撤走，沙俄便又捲土重來，為了一勞永逸，康熙帝決定與沙俄共立條約，劃清北方邊界。由於不懂外交，康熙帝特意委任兩名信任的傳教士隨同清朝官員前去，但傳教士被買通洩露了清朝底線，加上負責談判的索額圖重視程度不夠，清俄《尼布楚條約》就將貝加爾湖以西的大片領土割讓給了俄國。而康熙帝本來的設想並沒有達成。
時間來到雍正時期，俄國並沒有因為條約的簽訂而有所收斂，他們趁清廷西北戰事，繼續南侵，雍正帝命皇舅隆科多親自掛帥，前往貝加爾湖與沙俄代表談判，期間隆科多還是表現出了不屈的民族氣節，在領土問題上據理力爭分毫不讓，俄國代表無奈本打算退讓，但這時候北京傳來消失，有人控告隆科多密謀造反，雍正本來也對這位舅舅心存不滿，於是緊急召回隆科多，不久又下了大獄，隆科多這一走，俄國代表如釋重負，新換上的清廷談判代表根本無心此事，對於俄國要求竟然全盤答應，至此貝加爾湖全部落入沙俄之手。璀璨明珠不復中華。
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