贝加尔湖生长着众多的水族生物，科学家发现，湖中生物达1,800多种，其中2/3为贝加尔湖特有生物，各种水族动物之奇特罕见，堪称世界所有湖泊之冠，所以又被称为“生物博物馆”。在秦汉时期，匈奴人在此繁衍生息，最终建立起强大的匈奴帝国，汉武帝时，霍去病出击匈奴就曾到达过这里，而更早时候，汉朝使节苏武也是被匈奴单于囚禁在这里放牧牛羊。武帝之后，匈奴便长期成为汉朝的属国，其控制下的贝加尔湖周边阿巴干城和乌兰乌德城附近发现过中国汉代的宫殿建筑和城市遗址，出土的瓦当即有“天子千秋、长乐未央”，匈奴呼韩邪单于曾在贝加尔湖附近建立王庭（也就是都城），并上书汉朝皇帝：“世世保塞”茹为汉守卫北方领土”。而公元七世纪时，大唐王朝在贝加尔湖附近设立骨利干部的玄阀州（余吾州），正式录入中央政府管辖。
蒙元时期，贝加尔湖地区作为中央政府的一个行省建立起非常完备的管理机构，此时移民增多，贝加尔湖得到了一定程度的开发，时间来到清朝，当时占有贝加尔湖的喀尔喀蒙古臣服于清朝，从此贝加尔湖又重新归入中原王朝的版图，于此相比，俄罗斯人进入贝加尔湖地区的时间则晚上好几个世纪，直到17世纪的1644年才由库尔巴特.伊凡诺夫带领75个人从勒拿河中游的雅库斯克来到贝加尔湖, 这是俄国人第一次出现在贝加尔湖上。但俄国人的手脚并不慢，他们很快建立了要塞，并迁移人口组建城市，伊尔库茨克便应运而生。1686年伊尔库茨克发展成为都市，被誉为“西伯利亚的明珠”。此时的清朝正面临三藩之乱，康熙皇帝无暇北顾，但这并不表明皇帝就对这片领土不管不问。
三藩之乱平定后，康熙帝御驾亲征，泛舟黑龙江上视察清军军阵。远道而来的沙俄哪是鼎盛时期清朝八旗的对手，战争很快便以清朝完胜而告终，但是一旦清军撤走，沙俄便又卷土重来，为了一劳永逸，康熙帝决定与沙俄共立条约，划清北方边界。由于不懂外交，康熙帝特意委任两名信任的传教士随同清朝官员前去，但传教士被买通泄露了清朝底线，加上负责谈判的索额图重视程度不够，清俄《尼布楚条约》就将贝加尔湖以西的大片领土割让给了俄国。而康熙帝本来的设想并没有达成。
时间来到雍正时期，俄国并没有因为条约的签订而有所收敛，他们趁清廷西北战事，继续南侵，雍正帝命皇舅隆科多亲自挂帅，前往贝加尔湖与沙俄代表谈判，期间隆科多还是表现出了不屈的民族气节，在领土问题上据理力争分毫不让，俄国代表无奈本打算退让，但这时候北京传来消失，有人控告隆科多密谋造反，雍正本来也对这位舅舅心存不满，于是紧急召回隆科多，不久又下了大狱，隆科多这一走，俄国代表如释重负，新换上的清廷谈判代表根本无心此事，对于俄国要求竟然全盘答应，至此贝加尔湖全部落入沙俄之手。璀璨明珠不复中华。
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