嘉慶年間兩次起義，一次持續十年，一次打進了紫禁城
1851年，由洪秀全、楊秀清、等人組成的領導集團在廣西金田村發動反抗滿清朝廷的武裝起義，建立"太平天國"，歷時14年，劇烈撼動了清王朝的統治基礎。在此之前，其實還有兩次大的起義，也讓清王朝受到到巨大打擊。
乾隆皇帝名義上打造出一個太平盛世，其實他留給兒子的是一個爛攤子。嘉慶實在是個運氣很糟糕的皇帝，他改元第一年的正月初八，白蓮教大起義就在川，楚、等地爆發，震撼全國。這場1840年之前最大規模的民變讓嘉慶和他的政府元氣大傷，史學家稱之為“清帝國由盛轉衰的重要標誌”。
白蓮教是唐、宋以來流傳民間的一種秘密宗教結社。淵源於佛教的淨土宗，南宋紹興年間，吳郡崑山僧人茅子元(法名慈照)，在流行的淨土結社的基礎上創建新教門，稱白蓮宗，即白蓮教。早期的白蓮教崇奉阿彌陀佛，提倡唸佛持戒，號召信徒敬奉祖先，是一種半僧半俗的秘密團體，常被利用做組織人民反抗壓迫的工具。在元、明兩代，白蓮教曾多次組織農民起義，流傳到清初，又發展成為反清秘密組織。
這次起義首先在湖北宜都、枝江兩地爆發，接著迅速擴大到襄陽、長樂、長陽等地，四川、陝西的白蓮教組織也紛紛起義響應，起義烈火匯成一片，聲勢浩大。深厚的群眾基礎，險要的地理形勢，機動靈活的戰術使起義軍屢敗清兵，令嘉慶帝憂憤交加，寢食不安。
親政之後，在總結以往經驗教訓的基礎上，嘉慶帝立即著手調整對付起義軍的對策。嘉慶四年（179），他懲治了和珅、戴如煌、常丹葵、胡齊倉等人，把“官逼民反”的責都推到了這些貪官汙吏身上，藉以平息民憤。同時調整戰略部署，三次更換經略大臣，嚴懲了一批作戰不力的統兵大員。在方針上，不再一味地進行軍事圍剿，而採用了剿撫兼施的策略。尤其是採用堅壁清野策略，在起義軍出沒地區四處合併村落、修建堡壘，在山區扼險結寨，在平原地區掘壕築堡，將百姓都驅趕到堡壘之中，清查戶口，限制人員出入，將起義軍和百姓強行隔斷。寨堡四起之後，嘉慶帝又積極組織團練鄉勇，擴大地主武裝，鄉勇無論立功、陣亡都要同正規軍一樣對待，不得存在歧視。嘉慶帝推行這些措施後，白蓮教起義軍遭到沉重打擊。嘉慶九年，在花花費10年時間、2億白銀的代價下，終於將白蓮教起義鎮壓了下去。
白蓮教起義方興未艾，湘、黔一帶的苗民起義又掀起了狂風巨浪。雖然起義規模較小，但此起彼伏，相互呼應，直到嘉慶十二年才徹底平息。嘉慶十八年，李文成、林清等人領導的天理教起義在北方爆發。天理教又稱榮華會、白陽教，是清初創立的白蓮教支派之一，嘉慶十三年，林清出任掌教後，將其改稱天理教。這支起義軍甚至一度打進了北京皇宮。九月十五日，林清組織的一部分起義軍化裝潛入了北京城，在內線太監的引導下分別由東華門和西華門闖進了宮中。他們白布裹頭，奮勇衝殺，雖然以失敗告終，但極大地震驚了躲避在承德避暑山莊的嘉慶帝。他稱這次事件是曠古奇聞，前所未有。不久，林清被捕，李文成戰死，天理教起義的火焰被撲滅了。
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