嘉庆年间两次起义，一次持续十年，一次打进了紫禁城
1851年，由洪秀全、杨秀清、等人组成的领导集团在广西金田村发动反抗满清朝廷的武装起义，建立"太平天国"，历时14年，剧烈撼动了清王朝的统治基础。在此之前，其实还有两次大的起义，也让清王朝受到到巨大打击。
乾隆皇帝名义上打造出一个太平盛世，其实他留给儿子的是一个烂摊子。嘉庆实在是个运气很糟糕的皇帝，他改元第一年的正月初八，白莲教大起义就在川，楚、等地爆发，震撼全国。这场1840年之前最大规模的民变让嘉庆和他的政府元气大伤，史学家称之为“清帝国由盛转衰的重要标志”。
白莲教是唐、宋以来流传民间的一种秘密宗教结社。渊源于佛教的净土宗，南宋绍兴年间，吴郡昆山僧人茅子元(法名慈照)，在流行的净土结社的基础上创建新教门，称白莲宗，即白莲教。早期的白莲教崇奉阿弥陀佛，提倡念佛持戒，号召信徒敬奉祖先，是一种半僧半俗的秘密团体，常被利用做组织人民反抗压迫的工具。在元、明两代，白莲教曾多次组织农民起义，流传到清初，又发展成为反清秘密组织。
这次起义首先在湖北宜都、枝江两地爆发，接着迅速扩大到襄阳、长乐、长阳等地，四川、陕西的白莲教组织也纷纷起义响应，起义烈火汇成一片，声势浩大。深厚的群众基础，险要的地理形势，机动灵活的战术使起义军屡败清兵，令嘉庆帝忧愤交加，寝食不安。
亲政之后，在总结以往经验教训的基础上，嘉庆帝立即着手调整对付起义军的对策。嘉庆四年（179），他惩治了和珅、戴如煌、常丹葵、胡齐仓等人，把“官逼民反”的责都推到了这些贪官污吏身上，借以平息民愤。同时调整战略部署，三次更换经略大臣，严惩了一批作战不力的统兵大员。在方针上，不再一味地进行军事围剿，而采用了剿抚兼施的策略。尤其是采用坚壁清野策略，在起义军出没地区四处合并村落、修建堡垒，在山区扼险结寨，在平原地区掘壕筑堡，将百姓都驱赶到堡垒之中，清查户口，限制人员出入，将起义军和百姓强行隔断。寨堡四起之后，嘉庆帝又积极组织团练乡勇，扩大地主武装，乡勇无论立功、阵亡都要同正规军一样对待，不得存在歧视。嘉庆帝推行这些措施后，白莲教起义军遭到沉重打击。嘉庆九年，在花花费10年时间、2亿白银的代价下，终于将白莲教起义镇压了下去。
白莲教起义方兴未艾，湘、黔一带的苗民起义又掀起了狂风巨浪。虽然起义规模较小，但此起彼伏，相互呼应，直到嘉庆十二年才彻底平息。嘉庆十八年，李文成、林清等人领导的天理教起义在北方爆发。天理教又称荣华会、白阳教，是清初创立的白莲教支派之一，嘉庆十三年，林清出任掌教后，将其改称天理教。这支起义军甚至一度打进了北京皇宫。九月十五日，林清组织的一部分起义军化装潜入了北京城，在内线太监的引导下分别由东华门和西华门闯进了宫中。他们白布裹头，奋勇冲杀，虽然以失败告终，但极大地震惊了躲避在承德避暑山庄的嘉庆帝。他称这次事件是旷古奇闻，前所未有。不久，林清被捕，李文成战死，天理教起义的火焰被扑灭了。
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