八旗兵制是清太祖努尔哈赤在女真牛录制的基础上，创立的种兵民合一的制度生活在东北的满族进行生产活动时，以10人为基本单位，设一位头领，称为牛录额真。这种组织形式，在部落之间交战时，便成为军事单位。
作为女真后裔的满族，在努尔哈赤成为首领时复兴，于公元1583年起兵对抗明朝，努尔哈赤在用兵的过程中，利用并发展了牛录制。
1601年，努尔哈赤编定了本民族新的社会军事组织：一牛录扩充为300人，首领称牛录额真；五牛录1500人为一甲剌，首领称为甲剌额真；五甲剌7500人为一固山，首领称为固山额真，下设左右梅勒额真为副职。
固山汉译为“旗”。每个固山以不同的旗帜为标志，当时总计四个固山，即四旗：黄旗、白旗、红旗、蓝旗固山四色旗是从满族狩猎的方位旗发展而来的：北方汗旗总领四方，以黄色为标志，称为中纛旗东方为白色旗，西方为红色旗，南方为蓝色旗。
努尔哈赤实施这一制度15年后，又将四旗扩充为八旗：在原四旗基础上增设四旗，以镶边为标志。
清太宗皇太极在满洲八旗之外，又组建了蒙古八旗和汉军八旗，二十四旗虽然只有15万人，但战斗力非常强。满、蒙、汉各八旗，共计二十四旗驻防在京师，是战斗力强大的军事力量，但是，却没有发生以下犯上、拥兵自重的事件，原因就是有自上而下的一套制度来保证。
自皇太极开始，皇帝亲领满洲两黄旗。皇太极在权力之争中击败三贝勒莽古尔泰，收夺了正蓝旗从这以后，皇帝直接统领八旗中的旗，即正黄旗、镶黄旗、正蓝旗。
顺治皇帝即位初年，摄政王多尔衮将皇帝亲领的正蓝旗夺为己有，加上其控制的两白旗，军事实力强大。顺治皇帝亲政后，清洗了多尔衮势力，并收夺其原有的正白旗。由此，皇帝亲领的三旗就是正黄旗、镶黄旗和正白旗，这三旗便称为上三旗。八旗中的另五旗由皇帝任命的诸王、贝勒分领，称为下五旗。
同时，作为兵民合一的八旗，每旗的首领官员称为都统，设都统一衙门，掌管政令的执行，而都统之下又有参领、佐领，二十四旗共设有佐领1150人，这个数目是固定的。每名佐领又下辖300名旗众掌管着辖内的日常事务。每个佐领下，又计有侍卫亲军、骁骑、前锋、护军、步军、匠役等从军人员共76人受伤因为有这样一种层层负责的制度，避免了力量过于集中或分散而带来的问题。
清朝刚入关时，明朝的文武官署都还保留在原处。但是不久，清廷在完成了对全国的占领和控制后，就将八旗的主力安置在京城，对皇宫和京师保卫系统进行了改组。首先，清朝将满洲、蒙古、汉军各八旗按方位均衡地分布于北京城区各地。正黄旗、镶黄旗居北，正白旗、镶白旗居东，正红旗、镶红旗居西，正蓝旗镶蓝旗居南。
具体位置是，镶黄满蒙汉各三旗安置在安定门内，镶白旗安置在东直门内，正蓝旗安置在崇文门内，正黄旗安置在德胜门内，正红旗安置在西直门内，镶红旗安置在阜成门内，镶蓝旗安置在宣武门内。八旗又按东西分为左右两翼，左翼是镶黄、正白、镶白、正蓝；右翼是正黄、正红镶红、镶蓝。
八旗在京师星罗棋布地驻防，构成皇宫与京师守卫力量的基础。皇宫侍卫专从上三旗子弟中选拔，设领侍卫内大臣统领，掌管皇帝身边的侍从和守卫；由各旗子弟组建的诸营骁骑营、护军营、前锋营承担皇城夜巡之职；内务府三旗也选拔兵丁分掌内廷与御苑的守卫，步军营掌管京城九门的守卫与治安，巡捕营掌管北京城区外围的治安此外，清廷设有特种兵：火器营、健锐营，用于对外作战，使用枪炮、搭设云梯攻城；虎枪营、善扑营、上虞备用处等军事侍从机构，掌管随侍皇帝游猎。
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