從1953年建校到1970年拆校分建，哈軍工在我國曆史上只存在了17年。 其實一直從未有“哈爾濱軍事工程學院”這一稱謂。中國人民解放軍軍事工程學院，因為在哈爾濱，所以簡稱哈軍工，是我國建國初期最高軍事工程學府，首批全國重點大學之一。這所學院僅存在17年，拆分組建的大學個個都是精英，實力雄厚！
中國人民解放軍軍事工程學院因校址在哈爾濱，所以又簡稱“哈軍工”。陳賡大將首任院長兼政委。哈軍工於1952年開始籌建，1953年4月25日基建破土動工，9月1日舉行第一期開學典禮。
1955年初具規模，設有五個系和一個預科：一系空軍工程系、二系炮兵工程系、三系海軍工程系，四系裝甲兵工程系、五系工兵工程系和預科（1960年又增設防化系）。
1959年中央軍委決定將該學院培養目標改為研究、設計、製造方面的軍事工程師，實施尖端專業集中，常規專業分散的方針。
哈軍工先後共建有10個系：空軍系（西工大）、炮兵系（南理工）、海軍系（哈工程）、裝甲兵系（裝甲兵工程學院）、工程兵系（工程兵工程學院）、防化兵系（防化兵學院）、原子系（哈工程）、導彈系（哈工程+國防科大）、計算機系（國防科大）、電子系（國防科大）。
哈軍工被拆分，1969年經國防科委和各總部、軍兵種協商後決定：學院主體（院直領導機關、4個系及基層單位）內遷到長沙；航空工程系遷西安，併入西北工業大學；原子工程系遷往四川省重慶市北碚，組建重慶工業大學；艦船工程系留哈爾濱，改名哈爾濱船舶工程學院；風洞實驗室，改名風洞研究所。除海軍工程系外，各系陸續遷出，由不同部分逐漸演變為今天的國防科技大學、南京理工大學、西北工業大學、海軍工程大學等校 。
國防科學技術大學：1966年，文革爆發，哈軍工被迫退出軍隊序列，並更名為哈爾濱工程學院，1970年，哈爾濱工程學院遭到肢解，電子系、計算機系等遷往長沙，成立長沙工學院，歸廣州軍區領導，1978年改建為中國人民解放軍國防科學技術大學，習慣簡稱為“國防科技大學”或“國防科大”，也稱“長沙國防科大”。1999年4月，長沙炮兵學院、長沙工程兵學院和長沙政治學院併入原國防科學技術大學，組建新的國防科學技術大學，升格為大軍區級單位，直屬中央軍委管轄。
哈爾濱工程大學：1966年，文革爆發，哈軍工被迫退出軍隊序列，並更名為哈爾濱工程學院，1970年，哈爾濱工程學院遭到肢解。在本部原址，以海軍工程系全建制、原子系全建制為基礎（哈軍工原子系最終回到哈工程，哈軍工解體後分出高校中均沒有核專業），其它各系（部）部分專業和教師為重要組成部分，共1500餘人，組建哈爾濱船舶工程學院，歸”七機部“領導，學校是工信部直屬的“國防七校”之一，以“三海一核”（船舶工業、海軍裝備、深海工程、核動核電）為辦學特色，被國家授予“航母建設突出貢獻獎”單位。
學校是國家“211工程”、“985工程優勢學科創新平臺”、“56所研究生院”、“1959年首批20所全國重點大學”、“1978年88所全國重點大學”、“北京高科大學聯盟”之一，入選國家“111計劃”、“卓越工程師教育培養計劃”、“21世紀人才強軍計劃”、“國家建設高水平大學公派研究生項目”，學校由國防科工委、教育部、海軍、黑龍江省四方重點共建。
南京理工大學：1960年，哈爾濱軍事工程學院炮兵工程系（二系）遷到武漢組建中國人民解放軍炮兵工程學院。1962年遷至南京，1966年退出部隊建制，改名為華東工程學院。1984年改名為華東工學院。1993年更名為南京理工大學。1996年通過211部門預審，1997年通過國家計委211立項審核；2000年設立研究生院；2011年進入國家985工程“優勢學科創新平臺”項目建設。現隸屬工業與信息化部。
裝甲兵工程學院：1961年，軍事工程學院裝甲兵工程系（四系）遷至西安擴建為裝甲兵工程學院。1969年遷至北京改稱為坦克技術學校，1978年又改建成裝甲兵技術學院。現隸屬中國人民解放軍總裝備部。
解放軍理工大學工程兵工程學院：1961年，原軍事工程學院工程兵工程系（五系）遷至西安成立工程兵工程學院。1969年遷至南京改名為工程兵技術學校，1978年恢復為工程兵工程學院。1997年，與原通信工程學院、空軍氣象學院、總參第六十三研究所合併組建解放軍理工大學。現為解放軍理工大學分院。現隸屬中國人民解放軍總參謀部。
防化指揮工程學院： 1961年，在軍事工程學院原子化學防護系基礎上，在長春成立防化學兵工程學院。1962年南京軍事學院防化學系併入該院．並更名為防化學院。1969年防化學兵學院與防化學兵學校合併．在北京成立防化技術學校，1975年更名為防化學校。1977年9月，擴編為防化學院。1986年改名為防化指揮工程學院。現隸屬於中國人民解放軍總參謀部。
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