因為喜歡酸性環境，所以幽門螺桿菌是為數不多的能寄生在胃內的細菌之一，所以要想根除幽門螺桿菌，首先得想辦法破壞這種酸性環境。
有兩種藥物可以選擇，一種是H2受體阻斷劑，通過阻斷胃壁細胞的H2受體，從而抑制基礎胃酸和夜間胃酸分泌，主要的 H2受體阻斷藥有西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁、尼扎替丁等。但H2受體阻斷劑也有缺點，就是抑酸的穩定性和強度都不夠，停藥後容易發生酸反跳現象，所以有第二種選擇，質子泵抑制劑，相對於H2受體阻斷劑，它的抑酸效果更強，穩定性更好，通過抑制胃壁細胞H+-K+-ATP酶發揮抑制胃酸分泌的作用，常用的有奧美拉唑，泮托拉唑，蘭索拉唑，雷貝拉唑等等。
當然，破壞幽門螺桿菌生活的微環境，也不足以殺滅幽門螺桿菌，因為它是一種細菌，所以還需要抗生素，並非所有的抗生素都能殺滅幽門螺桿菌，目前研究發現能殺滅幽門螺桿菌的是阿莫西林，克拉黴素，四環素，左氧氟沙星，甲硝唑，呋喃唑酮。
當然，還有一種藥物，既能抑制胃酸，又能抑制幽門螺桿菌，那就是鉍劑。
鉍劑能在酸性環境下產生沉澱，形成彌散性的保護層覆蓋於潰瘍面上，促進潰瘍黏膜再生和潰瘍癒合。同時具有降低胃蛋白酶的活性、增加黏蛋白分泌、促進黏膜釋放前列腺素2作用。通過抑制Hp 所產生的蛋白酶、尿激酶和磷脂酶而發揮抑制幽門螺桿菌的作用。
因為幽門螺桿菌是導致口臭，慢性胃炎，消化性潰瘍，胃癌，胃黏膜相關淋巴瘤的罪魁禍首，所以根除幽門螺桿菌，也有有效預防這些胃病的發生。
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