大清入主中原后，除了边疆和京师以外，在全国建立了行省制度管理地方。而对于关外的大本营盛京，清代统治者尤其重视，设立了盛京将军和奉天府两个不同的行政单位加以管理，此外，在盛京还设立了内务府、五部直接归属朝廷管辖。盛京俨然成为了大清另一个小朝廷。
顺治元年（1644），清王朝迁都北京，原国都盛京并未向其他地方那样设立行省，而是改由八旗军队驻防，由满族贵族担任驻军统帅，即盛京将军。顺治十年（1653），以盛京为陪都建置改设奉天府，并按京师顺天府制设立官制，形成盛京地区既有奉天府制，又有盛京将军驻防兵制的特殊建制。
随着定制以后，盛京境内十四城旗人归盛京将军管辖，其余地方民人归奉天府尹统辖。在奉天府下，共设二府、四厅、五州、十四县。奉天府尹为满缺，秩正三品。按清代官制，奉天府例由光禄寺卿、太仆寺卿升任，若缺位无人，可由通政司副使、大理寺卿升任，另外还可以从翰林学士、侍讲学士中开列名单。
在奉天府制中值得一提的，是奉天府下的京县承德县，该县类似于京师的大兴、宛平二县，其知县级别地位较高。康熙二年（1663年），以盛京城附郭设县制，设正六品知县一名，主管各项事宜。
此外，盛京地区建有八旗驻防军制和府、州、县等行政机构，各地官署设置多有重复，使得盛京府治下之州、县职官调动频繁，从体制上来看也是比较混乱的。
因为盛京具有陪都的性质，所以清代统治者效仿明制，设立了特殊的固定官署——盛京内务府和盛京五部，并为此设置了一批盛京独有的官职。
盛京内务府设总管大臣1人，由盛京将军兼任，因此盛京将军衙门也叫总管内务府衙门。从实际情况看，盛京内务府在很多时候直接听命于京师内务府，以处理盛京皇宫、盛京皇庄、围场等方面的事务。盛京内务府的主要职责是维护、修缮盛京宫殿，保护、管理盛京皇宫内珍藏的数万件珍宝，掌征盛京皇庄的各种赋税。
盛京内务府在总管大臣之下设上三旗佐领3人，主事1人，委署主事1人，掌盛京三旗包衣之政令。其下仿照京师内务府建制，设有广储司、会计司、掌仪司、都虞司、营造司五司，相比京师缺少了庆丰司和慎行司两个机构。
盛京五部指的是户、礼、兵、刑、工五部。始建于顺治时期，至康熙朝完成建制。它是在清入关前原盛京六部衙门的基础上设置的，但衙署位置与盛京六部相比有所变化。
顺治三年（1646）清朝设立奉天昂邦章京，给予镇守总管之印；十四年（1657）设奉天府，第二年在盛京设立礼部，次年又设户部、工部。康熙元年（1662）再设刑部，三十年（1691）又设兵部。当时，为了使各地行政官员任免权统归中央吏部管理，因此在盛京未设吏部。
盛京五部各部长官不设尚书，原各设理事官一人，秩正四品，后各部改设侍郎1人，秩正二品。其下又设郎中、堂主事等官。盛京五部虽受中央六部节制，在行政管理上仍要会同盛京将军、奉天府尹商办，但五部也有独立性，可直接向皇帝奏事，负有地方行政管理之责。盛京五部属下各设有不同分司，以掌管不同职责，但整体分属机构远远少于中央六部。
盛京内务府官员与盛京五部官员基本都是由满人充任，这一做法体现了关外行政机构选官用人的特点，也显示出北京、盛京两京机构职官的不同之处。
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