謎案之一與宋美齡的真假愛情
關於蔣介石和宋美齡的婚姻問題，一直有很多傳聞。最廣泛的說法是，蔣宋之間是一場政治婚姻，兩人並沒有真正的愛情。尤其是後來有美國人出書，稱蔣介石偏安重慶時期，宋美齡曾與美國總統羅斯福的特使溫德爾·裡維斯·威爾基有過一段婚外情等，更給蔣宋的婚姻蒙上了一層迷霧。
在蔣介石的日記中，屢屢流露出對妻子宋美齡的顧念之情。夫妻短暫分別時，他曾在日記中寫下"平時不覺夫妻樂，相別方知愛情長。’別後更覺吾妻愛夫之篤，世無其比也”這樣的句子。在涉及到宋美齡在家庭中的地位時，他更在日記中直言“凡認餘為父者，只能認餘愛妻美齡為母”。
蔣介石日記開放至1955年，那時他已68歲，宋美齡也已58歲。可以說，至此他們的婚姻問題可基本定性。楊天石教授通過研究蔣介石的日記，認為“蔣介石和宋美齡的婚姻，有很深厚的愛情基礎”。
謎案之二因何成為基督徒
伴隨蔣介石日記開放的，還有一本手抄的《聖經》首次曝光，非常引人注目。這本文言文版的《聖經》，是由蔣介石的侍從秘書手抄而成，共6冊。《聖經》裡時有蔣介石的圈點、眉批，眉批後，還標有日期。從已發黃的《聖經》可以看出，蔣介石不僅讀了多遍，而且幾乎愛不釋手。
此前，人們都說蔣介石之所以成為基督徒，是他當年要娶才貌兼備的宋美齡為妻付出的信仰代價。然而根據蔣介石最新公佈的日記來看，事情並不是這麼簡單。年輕時，蔣介石也曾一度崇拜共產主義，醉心馬列思想。在與宋美齡婚後，雖然承諾受洗，一開始蔣介石仍不是虔誠的基督徒。在戰亂年代的兩次偶然化險為夷之後，蔣介石認為是祈禱起了作用，自此決定全身心信奉基督教，後來竟然到了近乎荒唐的地步。
謎案之三“二二八事件”中有沒有下過屠殺令
1947年的“二二八事件”是臺灣一段沉重的記憶。“事發時，蔣介石是否下過屠殺令”，一直成為臺灣藍、綠陣營互相攻訐的政治議題。每到臺灣選舉日或“二二八”紀念日，這場血案就會被民進黨拿出來當悲情牌，打擊國民黨。
楊天石教授分析說：“‘二二八’悲劇的造成，蔣介石無疑要負責任。他迷信軍隊的作用，但考察蔣介石在這一時期的日記、與軍方的來往函電，都沒有發現他下達過屠殺、誅戮的命令。國民黨軍隊顯然做不到令行禁止，濫捕、錯殺屢有發生。”
1947年3月7日，蔣介石考慮派兵臺灣之事。他在當天的日記中寫道：“臺灣暴動自上月28日起，由臺北延至全臺各縣市，對中央及外省人員與商民一律毆擊，死傷已知者達數百人之眾……特派海陸軍赴臺增強兵力。此時共匪組織尚未深入，或易為力。”
但是，蔣介石已將大部分兵力投入內戰中，他面臨無兵可調的局面。反覆思量後，蔣介石又寫道：“惟無精兵可派，甚為顧慮。善後方策尚未決定，現時惟有懷柔以穩。臺民初附，久受日寇奴化、遺忘祖國，故皆畏威而不懷德也。”
直到1947年四五月間，蔣介石日記中的“反省錄”與“工作課目”，還陸續出現有關臺灣善後處理措施的記錄，包括“研究臺灣派員處理善後之時機”、“臺灣省政府組織之發表”、“臺灣省政府與行政長官公署存廢時期之決定”、“臺灣省政府主席與組織之決定”等等。可見，對於“二二八事件”後臺灣如何儘快恢復秩序，蔣介石頗為重視。
謎案之四為何大罵美英首腦
蔣介石親美、親英，是不爭的事實。無論是在抗日戰爭時期，還是在國共內戰中，蔣介石都得到了來自美英，尤其是美國的大量軍事援助和經濟援助。但在蔣介石日記中，屢屢有他暴跳如雷，怒罵羅斯福、丘吉爾、馬歇爾等人的文字。1945年3月15日、4月13日和4月30日，蔣介石先後在日記裡大罵美國總統羅斯福“賣華”、“侮華”，“畏強欺弱，以我中國為犧牲品之政策，實為其一生政治難滌之汙點”。1943年5月23日，蔣介石在日記中宣洩了對英國首相丘吉爾的憤怒：“昨日傍晚，接宋電稱：華會廿一日會議中，丘吉爾突稱‘西藏獨立國，中國在此獲得空軍接濟之時，不宜對藏用兵’……此誠帝國主義真面目暴露，不僅為流氓、市儈所不為，而亦為軸心、倭寇所不齒。”
蔣介石為何會大罵美英首腦？楊天石教授對此有一番解讀：“蔣介石的確和美英結盟，這是利益的需要。但他和美英有矛盾，也是事實。蔣介石和羅斯福、丘吉爾、馬歇爾發生激烈衝突的根源之一，是他雖然希望得到美英的支持，但又不願意完全受制於美英。那樣，不但國家沒有尊嚴，他自己也沒有尊嚴。”
謎案之五是否想對大陸用核武
蔣介石敗退臺灣後，一直念念不忘反攻大陸。但他深知退據臺灣的國民黨根本不具備反攻的條件，要想反攻，就得依賴於美國的軍事援助。有傳言稱，美國曾多次考慮向中國大陸投原子彈，甚至說宋美齡也建議美國對大陸使用核武器。那麼，蔣介石也有此考慮嗎？實情究竟如何？
楊天石教授說，他考據的蔣介石日記和歷史檔案顯示，美國人確實曾三次考慮用原子彈襲擊中國大陸，但都遭到蔣介石的質疑和拒絕。他在日記中寫道：“對中共使用原子彈，應設法打破之”、“美國氫彈、原子彈不令用於越南與中國大陸。”他深知原子彈的威力能夠在戰場上幫自己大忙，但其殘忍的後果將極大地傷害民心。雖然求勝心切，蔣介石卻清醒地明白，一旦向美國人借用了原子彈，他將永遠成為民族的罪人
