宋元時期直至近代，正史、野史、戲曲、小說等，均無宋仁宗毒死包拯一說。僅是到了當代，有文章披露中國科學院高能物理研究所和安徽省博物館等單位合作，利用正負電子對撞機產生的同步輻射，對包公遺骨進行了研究。
其中，發現包公的遺骨中汞元素比現代人骨中的含量高，可是砷和鉛的含量均比現代人骨中的含量低或相近。於是乎，一大波的民間“福爾摩斯”們似乎從文章裡嗅出了一段“宋代謎案”。
不過，文章的結尾處，給出了相應的結論，“至於汞含量高，有兩種可能：一種是古人為保存屍體，在棺木中放入硃砂，由於硃砂對骨頭的侵蝕和汙染引起汞含量增高；另一種可能是包拯生前曾服用小劑量含汞的藥或食品。分析結果支持包拯屬正常死亡。”
板上釘釘有了著落的事，仍引來眾多的猜測，其理由無非是包公向來鐵面無私，審理案件時上理皇親、下斷平民，權限之大滿朝無出其右，也因此得罪宋仁宗而招致殺身之禍。
正史裡的包公斷案及權限與傳說相距甚遠
歷史上，在民間廣為人知斷案如神的高手只有三位，一個是武則天時期的狄仁傑，一個是宋朝的包拯，另一位則是清代的施仕倫。雖號稱斷案高手，可奇怪的是三人審理過的案例在正史的記載裡卻是少之又少。
傳言狄仁傑就任大理寺丞時，上任不到一年，即解決積壓了多年共計一萬七千多樁案件，且無一例冤訴。這樣的數字顯然不合情理，即便確有其事，至少狄仁傑這個法官並不合格。
大理寺主要審理刑事案件，就算換作全是案情簡單，證據確實充分的民事案件，光是審閱案情，釐清雙方當事人適格一項，一天也審不了幾個案子。更遑論平均每天四十多個案子，且是積壓的刑事案件，這水份也未免太大了。
同樣的情形也出現在施仕倫和包拯身上，清代施仕倫斷案的案例多出自於小說，而包拯一生斷過多少案？史料並沒有一個準確的數字。在宋朝的正史裡，包公斷案的案例僅有一個，且這個案例的真偽至今仍存有爭議。
據《宋史·包拯傳》記載，包拯唯一的案例是“斷牛舌案”。詭異的是，在《宋史·穆衍傳》中，又記載了相同的案例。且兩案無論案情、審理過程及判決結果上竟完全一樣。同一部《宋史》，同一個案件，分別出現在兩處。那麼，此案究竟是誰審理的？
“掌尹正畿甸之事，以教法導民而勸課之，中都之獄訟皆受而聽焉，小事則專決，大事則稟奏。” 開封府尹多由皇族親王兼任，包拯非皇族成員，根本沒有真正地擔任過開封知府。
嘉祐元年(公元1056年)包拯被短暫召任權知開封府，主持開封府事。這僅是一個臨時委派的官職，實際的職權是無論如何也無法參與到涉及皇親國戚的案件當中。
包拯曾有過下放及被貶的經歷，一是彈賅張堯任，二是因舉薦官員失誤獲罪，被貶為兵部員外郎。包拯一生之中擔任過的最高職位，應是逝世後宋仁宗追贈的禮部尚書。
宋代的禮部尚書，相當於宣傳部長一職，同時兼任外交、教育、文化。至於包拯的官職被拔高到宰相使、提督使及正授開封府尹，這只是到了明代的包公故事裡才出現，僅是作為一種文學加工，而決非歷史。
歷史上，包拯手中的權限並沒有傳說中大，幾次上諫，仁宗均不作回覆。若仁宗要置包拯於死地，根本用不著偷偷摸摸地毒殺。至於僅有的一次，因言語過於激動，唾沫星子濺了仁宗一臉，也屬無心之過。
以此斷定仁宗懷恨在心並施以毒手，這樣的結論顯然站不住腳。況且，以人骨的汞含量異常作為證據進行的推斷亦不科學。
天然硫化汞(硃砂)的使用及臨床表現，在古代並不適用於所謂的“下毒”
“五月己未(5月12日)，方視事，疾作以歸。上遣使賜良藥。辛未(5月24日)，遂以不起聞。”包拯從發病到死亡僅有13天。據記載，仁宗皇帝在得知包拯生病後，還賜予“良藥”。
仁宗所賜的藥裡是否含有汞，史料中沒說。不過，若從古代對天然硫化汞(硃砂)的使用及臨床表現來看，其不具有可操作性，包拯的死因與汞中毒沒有必然的因果關係。
古代以汞運用於藥用領域，也僅限於外科使用。據唐朝《陳藏器本草》記載，“人患瘡疥，多以水銀塗之。” 又如《本經逢原》指出，“水銀，陰毒重著，不可入人腹。”
汞可以在體內積累，極易被皮膚以及呼吸道和消化道吸收。臨床表現為，腎臟損害而致尿閉和毛細血管損害引起血漿損失，甚至發生休克。
《本草經疏》中更有“頭瘡切不可用，恐入筋絡”的記載。即在古代，甚至在頭部使用也是被嚴格禁止。一是汞含有劇毒；二是使用劑量難以掌握。
如果宋仁宗要在包拯的藥裡下汞毒，首先面臨的，是到底要放多少的量才能達到十三天後才毒發身亡？其次，為何不選擇其它更有效且無色無味的毒藥，非得選擇不溶於水的固體硫化汞？
在古代，君要殺死大臣，不外乎罪大惡極或手握兵權威脅皇權等。而包拯不僅忠君愛國鐵面無私，更嚴於律己，何況宋仁宗要以汞毒殺害包拯也無可行性。因此，正如對包拯人骨分析結論所說，其死亡屬於正常死亡。
