遺傳原因：非整倍體
我們人類的細胞有23對共46條染色體，一半來自老爹，一半來自老媽。受孕的過程就是這些染色體尋找自己的另一半，形成一個新的人的過程。在這個過程中，染色體多了少了都不行。如果多了，就形成三倍體或多倍體；少了就形成單倍體。對於早孕期間的胚胎標本進行分析的話，會發現50-60%的胎兒是三體、單體和多倍體。由於對早期胚胎標本進行細胞分離時，媽媽子宮內膜上的細胞很難與胎兒的胚胎細胞分離開來，所以媽媽的子宮內膜細胞會汙染胚胎的細胞，導致異常染色體的檢出率下降。所以，有人認為這個數字是一個低估了的數值。這種媽媽的子宮內膜細胞汙染標本的情況，在傳統的手工分析染色體核型的時候，是比較容易發生的，但是現在使用生物芯片進行分析時，生物芯片不以細胞培養為基礎，所以這種情況就不可能發生了。現在大家的共識是，隨著母親年齡的上升，非整倍體的比例也在上升，所以生孩子要趁早。不過，有研究發現在受孕前後口服小劑量葉酸，會減少這類風險。
染色體的整條異常在化學妊娠和胚胎異常中的發生是很高的。有研究發現，在化學妊娠中，常染色體三體的比例高達52%，單體比例小於1%，45X 達19%，三倍體達16%，四倍體達6%，其它異常為7%。而在早孕流產標本中，最常見的常染色體異常是16三體。在非胚胎性流產（化學妊娠）中染色體異常的比例高達90%。到了胚胎時期，染色體異常的比例下降到50%。20周之後的死胎中，染色體異常的比例大約為6%-12%。隨著孕齡的增大，常見的染色體異常分別為21三體、18三體和13三體。這說明流產發生的時間越早，染色體異常的幾率就越高，這實際上是種族延續過程中的一種自我保護。
複發性胚胎丟失中另一個常見的細胞遺傳性異常是非平衡易位。所謂平衡易位，就是染色體上的某段遺傳物質雖然還在，但是換了位置，好比班上有幾個調皮的學生自己換了座位。在複發性胚胎丟失夫婦中，大約有3%-5%的夫婦中有1人患非平衡性易位，使得50%的子代會發生非平衡性易位，從而使胚胎丟失的風險增加（易位如同小朋友位置沒有坐錯，但把自己的手放到了腳的地方，也不行啊！）
單基因障礙
所謂基因，就是具有最小遺傳單位的某一段核苷酸順序。比如，體內的某種蛋白質，就是由相應的一段基因控制的。單基因障礙就是某一個基因發生了改變，表現為缺失（丟了）、重複（多了），或者結構發生了改變（變了）。單基因障礙更多的是發生在胎兒時期，較少發生在胚胎時期。血紅蛋白病就是一個例子。比如地中海貧血病，在我國廣東、廣西、海南這幾個省區的發生率很高。有好幾個類型。α地貧是其中一個類型，這實際上是一種單基因遺傳性疾病，這種人的血紅蛋白α鏈有結構上的異常，不具備正常的功能。在人類基因組中，共有4個基因負責α鏈血紅蛋白的結構。如果一對夫婦均有2個異常的拷貝，而且這兩個異常的拷貝都位於同一條染色體16上，那麼這對夫婦的子代中，1/4的子代會獲得這種異常的基因，患Bart氏血紅蛋白病，導致胎兒水腫和死亡（死胎）。
其它單基因障礙包括多發性翼皮綜合徵。這種病是常染色體隱性遺傳或X 連鎖遺傳，但任何一種情況都可以引起中期妊娠胎兒丟失。有人最近報道，心臟週期性QT延長和死胎之間也是有基因上的聯繫的。如果胚胎丟失總是發生在男性胎兒，就要考慮X連鎖的遺傳性疾病如Rett綜合徵。有關單基因障礙的疾病還有很多。總體來說，這些異常多發生在中期妊娠的時候，但可以表現為妊娠中期的複發性流產。
少數遺傳技術如染色體芯片、全外顯子或全基因組序列分析，在複發性胚胎丟失的研究中具有良好的前景。有報道表明，變異的數量代表了小的（基因）重複或缺失，以及它們與流產之間的關係。但是，這些方法目前在國外也處於研究階段，目前尚未在臨床上大規模應用。
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