國家菸草專賣局和中國菸草總公司是兩塊牌子一家人，但是菸草公司和菸草局是有區別的：鑑於菸草產業的特殊性，菸草專賣局進行菸草專賣制度的維護，負責辦理菸草證，查假煙、走私煙等，屬於政府管理部門，具有行政職能；菸草公司是銷售煙的，將煙銷售給零售戶，然後由零售戶再賣給菸民。
總體來說，中國菸草體制實行了工商分離，即生產和銷售分離的形式，如下：
【中煙工業公司】各省的菸廠合併組成中煙工業公司，主要從事捲菸生產，也就是負責菸草生產，屬於生產企業。
【菸草公司(菸草專賣局)】菸草公司的商業流通這塊與市場管理的菸草專賣局合併組成新的菸草專賣局(公司)，主要負責菸草專賣，菸葉的種植收購和捲菸的銷售。
簡單來說，兩者的區別主要分以下幾點：
1、捲菸廠是工業企業，菸草專賣局是商業企業(以後有可能改製為工商局性質的政府部門);
2、捲菸廠生產煙，但不能賣(賣就違法)，專賣局銷售煙;
3、捲菸廠只能把自己生產的煙以調撥價賣給菸草局，菸草局則把卷煙批發給廣大個體零售戶，然後在賣到消費者手中;兩者之間並非競爭對手，而是一種利益調整的關係。
4、消費者不能直接到菸草局買菸，也不能到菸廠買菸;
5、菸草局把從農民手中的菸葉賣給菸廠，菸廠不能直接到農民手中收購菸葉;
6、菸廠不一定每個地方都有，菸草局是小到每個縣都有;
7、菸廠是二級法人。菸草局有四個級別：國家菸草局、省菸草局、市菸草局、縣菸草局。一級管一級：一般是國家局管菸廠和省菸草局、省管市、市管縣。真正有資格從菸廠進煙的一般是市菸草局以上，縣菸草局沒有資格到菸廠直接進煙賣。
- 菸草公司與捲菸廠（總結）
前者是商業企業，後者是工業企業，是平行關係。菸草公司司職菸草價值鏈首尾兩端，也就是菸葉採買與捲菸營銷。
捲菸廠則在中間環節，負責捲菸生產。菸草公司採購菸葉賣給捲菸廠，捲菸廠生產完香菸賣給菸草公司營銷，二者都是企業，不是事業單位。
由於菸草是壟斷經營，菸草專賣局是菸草國家管理機構，菸草公司是為了政企分家而成立的，每個縣級市都有設立，壟斷該地區的所有菸草銷售，是菸草的銷售商。
菸草集團是直接製造煙的企業，稱作集團是因為菸廠都比較大，比如紅塔集團，白沙集團，是菸草的製造商。
