1、如果公司長期零申報，會被稅務局監控。
2、非正常原因一個評價年度內增值稅或營業稅連續3個月或累計6個月零申報的，納稅信用等級就不能評為A級了；
3、長期零申報且持有發票的公司，會被稅務機關限制發票使用，如降版降量等；
4、如果是提供虛假申報材料享受稅收優惠的，那麼納稅信用等級將直接被判為D級；
5、如果當期有收入及應納稅額卻零申報的，這就屬於偷稅，將會被處以5萬元以下罰款，且要補繳稅款和滯納金，情節嚴重的還會被移送稽查。
零申報的四大誤區
不用繳納稅款=零申報？免稅收入是否可以做零申報？什麼時候才做零申報？不少納稅人對零申報一頭霧水，下面就和風兒一起用案例掃清零申報的四大誤區吧~
誤區一：不用繳納稅款=零申報
問：我公司為增值稅小規模納稅人，當月銷售收入可以享受小微企業增值稅免稅的優惠政策，在申報時，是否可以做零申報？
答：不可以。不用繳納稅款≠零申報，企業在享受優惠政策的同時應向稅務機關如實申報。正確的申報方式是在增值稅納稅申報表中第10欄次如實填寫享受免稅優惠的數額。
誤區二：當期未發生收入做零申報
問：我公司新開立，沒有發生收入，但已經發生增值稅進項，並取得增值稅專用發票，已按照有關規定做認證處理，我公司可以做零申報嗎？
答：不可以。新辦企業當期雖未發生收入，但發生了進項稅額，因此不能做零申報。正確申報方式是在增值稅申報表對應的銷售額欄次填寫“0”，並將當期已認證的進項稅額填入申報表中相關欄次，產生期末留抵稅額留待下期繼續抵扣。
誤區三：免稅收入做零申報
問：我公司為從事國際貨物運輸代理業務的小規模納稅人，已按相關規定辦理了增值稅減免稅備案，當期銷售額全部符合免稅條件，可以做零申報嗎？
答：不可以。雖然按照規定辦理了增值稅減免稅備案，應納稅額為0，但是企業在享受優惠政策的同時應向稅務機關如實申報，正確的申報方式是在增值稅納稅申報表中第12欄次如實填寫享受免稅優惠的數額。
誤區四：已繳納稅款做零申報
問：我公司為小規模納稅人，當期銷售收入根據客戶要求去稅務機關代開了增值稅專用發票，並繳納了稅款，請問我公司在申報當期增值稅時，是否可以做零申報?
答：不可以。雖然企業代開增值稅專用發票並已經繳納了稅款，但依然不能簡單地進行零申報處理。正確的處理方法是在申報表的相關欄次如實填寫銷售收入，網上申報系統會自動生成企業已經繳納的稅款從而進行衝減。
公司註冊下來沒有業務可以零申報，但是長期零申報的公司很容易被稅局抽查。雖然沒有業務可以零申報，但是賬還是要做呀，做一些成本費用。即使沒有業務，員工、辦公室、水電費、通訊費等基本費用支出總該有吧，賬目過分“一清二白”，當然被稅務局盯上，後續公司實際經營，還要達到規定的稅負率。
因為連續三個月零申報或者一年內累計六個月零申報屬於異常申報，將會列入重點關注對象。
