只是對於坑儒，史學家們現在仍有爭論。一般來說有三種看法：
（1）第一是歷史上並無焚書坑儒一事，這純屬後人的杜撰。持這一觀點的是民國時期興起的“疑古派”，近幾十年的出土文物，有力地支持了司馬遷《史記》的真實性，從而證明了“疑古派”觀點的不成立；
（2）第二是的確坑了一些人，不過那只是些方士，或稱術士。秦始皇焚《詩》、《書》，醫、卜之類的文籍，不在焚燒之列。且司馬遷與漢武帝年齡相仿，按最遲計算（漢武帝崩於公元前87年），司馬遷距離焚書坑儒發生的時間，最遠不過120多年。120年的時間跨度，是什麼概念？就相當於今天的2012年到1896年（清光緒年間）的跨度。司馬遷從十多歲起，就開始遍遊中國，二十三歲的時候，其父司馬談去世，司馬遷就已經接任其父的職務，擔任漢太史令了。如果從司馬遷20歲開始算起（-147年），距離焚書坑儒（-212年）的時間跨度，不過65年而已。即相當於2011年往前推65年（相當於中華民國時期的1946年）。在這樣一個狹小的時間跨度之內，以司馬遷的學識和所處高層的地位，焚書坑儒這樣的事件，不可能不清楚。退一萬步講，就是普通民眾，對於1946年發生的大事，也未必糊里糊塗。
（3）在關於郡縣制的辯論中，丞相李斯斥責儒者依古制實行分封制的主張不合時宜。
秦王朝以前，中國還不是一個統一的國家，有許多諸侯國並存。其中，比較著名的有齊、楚、燕、趙、韓、魏、秦，號稱“戰國七雄”。秦國最後一個王贏政繼位後，在秦國強大的基礎上，順應了社會發展的要求，完成了統一大業。從公元前230年開始，先後滅掉了韓、趙、魏、楚、燕、齊等6國，建立了我國曆史上第一個封建大帝國。贏政稱為始皇帝，後人稱之為秦始皇。他進行了一系列的改革，其中最重要的是加強了中央集權，用郡縣制代替落後的分封制。這在當時是具有進步意義的，對後世也有很深遠的影響，自秦以後多年的歷代封建王朝，都採用了這一體制。
但是，在郡縣制剛剛開始實行的一段時間內，遭到了很多人的反對。公元前213年，秦始皇在咸陽宮設盛大宴會，大臣們紛紛上前祝酒，大臣周青臣讚揚秦始皇統一天下的功德和實行郡縣制的好處。在座的一個叫淳于越的博士，他是主張繼續實行分封的，對周青臣的話十分反感，當即就向秦始皇提出了不同的意見。這時，丞相李斯起身對秦始皇說：“有些讀書人，總覺得現在的制度沒有古代的制度好，到處造謠惑眾，利用古書上的記載來攻擊現行的國家制度，這種情況如果不禁止，對陛下的統治不利。”秦始皇認為李斯說的有道理，便採納他的建議，下了一道“焚書令”，規定除了秦國的歷史書、博士官掌管的國家圖書和醫藥、算卦、種書一類的書籍外，私人收藏的各種書籍，一律焚燒。如果不執行，要受很重的處罰。焚書令下達後，各地都積極行動，焚燒了許多珍貴的古書。
秦始皇焚書，使那些儒生和方士們更加恨他，反對他。公元212年，有兩個替秦始皇找仙藥的方士盧生和侯生在一起大罵秦始皇，說他剛愎自用，用殘酷的刑罰治理天下，像這種人，就不該給他尋找長生不老的仙藥。經過一陣商量，他倆就帶著從秦始皇那裡騙來的大量錢財逃跑了。秦始皇發現後大發雷霆，馬上下了一道命令，追查那些誹謗自己的讀書人。結果，在咸陽城裡抓了許多儒生。這些人經不住拷打，為了開脫，就互相告發。秦如皇在盛怒之下，親自圈定活埋了460人。
說到底，秦始皇焚書坑儒的原因是儒家思想和統治階級利益有違逆,秦朝對人民實行文化專制,通過"焚書坑儒"來禁錮人民的自由思想.
