秦始皇統一天下後，廢除了分封，實行郡縣制，不再像周朝那樣劃分諸侯國，而是將中國分為36個郡。
秦始皇在漢陽宮大宴百官時。周青臣則稱讚秦始皇說：“陛下，讓天下安心，而實行郡縣制，而不是分封！是歷史從未有的"。於是秦始皇很是高興。這時候博士淳于越說："據我所知，商朝、周朝可以延續千年。這是因為諸侯實行分封，以便保衛中央。如果陛下沒有分封，如果叛軍或權臣出現，陛下會請誰來救呢？“秦始皇這時候很生氣。大臣李斯推測出秦始皇的意思，於是提出淳于越以古書為據否認當今，一定會對皇帝的威信產生質疑。所以主張實行“焚書”，燒掉與秦朝歷史無關書籍。
除了秦博士（這裡所說的博士在文末有解釋，不懂的可以查看）之外，民間敢秘密藏儒家《詩》 《書》和百家書籍的，地方官都將全部沒收燒掉；談論儒家經典，都將斬首，以古書否定當朝的，則滅九族，官員知道不報的處以同罪行。這就是歷史上著名的“焚書”。在”焚書“一年後，侯，盧姓的兩位學者，以前是受命於秦始皇求長生不死藥，後來得知秦始皇貪求權勢，藥也白求，於是便辭職。秦始皇得知後，大怒，想起過去都無法求到仙藥，覺得是被這些學者所坑了，於是命令將國內460多名方士和學者都活埋。這就造成了歷史上著名的“坑儒”。
在”焚書坑儒“後不久，陳勝、吳廣起義，這次起義帶領了國家的反秦狂潮，不久後，秦國滅亡。陳勝起義時，齊魯大地的讀書人都歸附了陳勝。甚至有孔子的後代孔甲也成了陳勝的博士。
在漢朝建立後，很多民間學者都做了博士，或其接班人被立偉官學，比如治《詩經》的申培公、轅固生、韓嬰等，還有治《儀禮》的高堂生、《周易》的田何等等。這些學者在先秦焚書後普遍被邊緣化，而在漢代建立後，由於文化重建的需要，逐漸回到了政治中心。而漢武帝時期以《詩經》博士和各種傳記博士為基礎外，還設立了五經博士，除了《詩經》博士外，還有《尚書》歐陽生、《儀禮》後蒼、《周易》楊何、《春秋》公羊家。
漢武帝還為博士設立弟子，如果弟子中成績優秀，將授予郎文學首席掌故職位。而漢宣帝時期五經博士又增加了十二博士，是同一部經典，家法可以同時設立不同的博士。
儒家學派直到董仲舒“罷黜百家，獨尊儒術”，儒家才完全確立正統，所謂的”罷黜“並不是禁止的學術，而董仲舒自己的很多學說都使用了陰陽家的思想。“罷黜”僅僅是不為立博士，最終的目的也不是建立文化獨裁，而是建立五經的尊嚴。《孟子》雖然是儒家，但不屬於五經，因此原《孟子》博士也被廢除。錢穆、徐復觀都有專文，說罷黜百家，並不是文化獨裁。
至於《詩經》 《尚書》等古典文學在”焚書“後重新確定，秦國不能洗劫世界上所有書，所以偶爾漏網也是不可避免的。特別是像《詩經》這樣琅琅上口，容易記憶的經文，很容易流傳。但是《周易》是占卜的書，所以反而不在分冊的目錄中。另一方面，部分學者冒著生命危險保護了這些書。例如，治《尚書》的伏勝，原來是秦國的博士、秦始焚書後，伏勝將《尚書》藏在家裡的牆壁裡，他害怕受到牽連。
在漢朝建立後，漢高祖請伏勝出來做官，當時的伏勝已經90多了歲，不願出行，於是漢高祖便讓晁錯向他學習《尚書》。於是伏勝回家後在牆上找到了《尚書》，但是因為離家太久，只剩下29篇，其餘的全部被損壞，所以這29篇是作為可靠的“金文尚書”流傳了下來。
伏勝的故事在《尚書序》中記載的更加曲折。晁錯來找到伏勝，而這時候的伏勝則很老了，藏在牆壁中的書完全的被損壞，而伏勝藉助自己90多歲的記憶，把《尚書》的內容背了一節。伏勝已經脫口而出，而晁錯卻聽不懂他在說什麼，伏勝只好通過自己的女兒傳達給晁錯。
文化是民族的心理結構，則不能被政治的力量抹去。相反，在中國崇文厚德的國家，政治往往需要從文化中獲得自己的正當性和合法性。秦始皇的焚書坑儒，正是因為自己的統治經不起文化的質疑，而漢武帝尊重儒術，並且自己的統治需要文化的支持。而文化制約政治，也引導政治，政治實現文化，擴充文化。中國5千年的歷史，事實上是政治和文化相互作用的歷史。這種健康的互動應該成為文化和政治的基礎。
博士：指古代官名。是秦朝和漢朝時期掌管全國的書籍文典以及史事典章的官職。
