秦始皇统一天下后，废除了分封，实行郡县制，不再像周朝那样划分诸侯国，而是将中国分为36个郡。
秦始皇在汉阳宫大宴百官时。周青臣则称赞秦始皇说：“陛下，让天下安心，而实行郡县制，而不是分封！是历史从未有的"。于是秦始皇很是高兴。这时候博士淳于越说："据我所知，商朝、周朝可以延续千年。这是因为诸侯实行分封，以便保卫中央。如果陛下没有分封，如果叛军或权臣出现，陛下会请谁来救呢？“秦始皇这时候很生气。大臣李斯推测出秦始皇的意思，于是提出淳于越以古书为据否认当今，一定会对皇帝的威信产生质疑。所以主张实行“焚书”，烧掉与秦朝历史无关书籍。
除了秦博士（这里所说的博士在文末有解释，不懂的可以查看）之外，民间敢秘密藏儒家《诗》 《书》和百家书籍的，地方官都将全部没收烧掉；谈论儒家经典，都将斩首，以古书否定当朝的，则灭九族，官员知道不报的处以同罪行。这就是历史上著名的“焚书”。在”焚书“一年后，侯，卢姓的两位学者，以前是受命于秦始皇求长生不死药，后来得知秦始皇贪求权势，药也白求，于是便辞职。秦始皇得知后，大怒，想起过去都无法求到仙药，觉得是被这些学者所坑了，于是命令将国内460多名方士和学者都活埋。这就造成了历史上著名的“坑儒”。
在”焚书坑儒“后不久，陈胜、吴广起义，这次起义带领了国家的反秦狂潮，不久后，秦国灭亡。陈胜起义时，齐鲁大地的读书人都归附了陈胜。甚至有孔子的后代孔甲也成了陈胜的博士。
在汉朝建立后，很多民间学者都做了博士，或其接班人被立伟官学，比如治《诗经》的申培公、辕固生、韩婴等，还有治《仪礼》的高堂生、《周易》的田何等等。这些学者在先秦焚书后普遍被边缘化，而在汉代建立后，由于文化重建的需要，逐渐回到了政治中心。而汉武帝时期以《诗经》博士和各种传记博士为基础外，还设立了五经博士，除了《诗经》博士外，还有《尚书》欧阳生、《仪礼》后苍、《周易》杨何、《春秋》公羊家。
汉武帝还为博士设立弟子，如果弟子中成绩优秀，将授予郎文学首席掌故职位。而汉宣帝时期五经博士又增加了十二博士，是同一部经典，家法可以同时设立不同的博士。
儒家学派直到董仲舒“罢黜百家，独尊儒术”，儒家才完全确立正统，所谓的”罢黜“并不是禁止的学术，而董仲舒自己的很多学说都使用了阴阳家的思想。“罢黜”仅仅是不为立博士，最终的目的也不是建立文化独裁，而是建立五经的尊严。《孟子》虽然是儒家，但不属于五经，因此原《孟子》博士也被废除。钱穆、徐复观都有专文，说罢黜百家，并不是文化独裁。
至于《诗经》 《尚书》等古典文学在”焚书“后重新确定，秦国不能洗劫世界上所有书，所以偶尔漏网也是不可避免的。特别是像《诗经》这样琅琅上口，容易记忆的经文，很容易流传。但是《周易》是占卜的书，所以反而不在分册的目录中。另一方面，部分学者冒着生命危险保护了这些书。例如，治《尚书》的伏胜，原来是秦国的博士、秦始焚书后，伏胜将《尚书》藏在家里的墙壁里，他害怕受到牵连。
在汉朝建立后，汉高祖请伏胜出来做官，当时的伏胜已经90多了岁，不愿出行，于是汉高祖便让晁错向他学习《尚书》。于是伏胜回家后在墙上找到了《尚书》，但是因为离家太久，只剩下29篇，其余的全部被损坏，所以这29篇是作为可靠的“金文尚书”流传了下来。
伏胜的故事在《尚书序》中记载的更加曲折。晁错来找到伏胜，而这时候的伏胜则很老了，藏在墙壁中的书完全的被损坏，而伏胜借助自己90多岁的记忆，把《尚书》的内容背了一节。伏胜已经脱口而出，而晁错却听不懂他在说什么，伏胜只好通过自己的女儿传达给晁错。
文化是民族的心理结构，则不能被政治的力量抹去。相反，在中国崇文厚德的国家，政治往往需要从文化中获得自己的正当性和合法性。秦始皇的焚书坑儒，正是因为自己的统治经不起文化的质疑，而汉武帝尊重儒术，并且自己的统治需要文化的支持。而文化制约政治，也引导政治，政治实现文化，扩充文化。中国5千年的历史，事实上是政治和文化相互作用的历史。这种健康的互动应该成为文化和政治的基础。
博士：指古代官名。是秦朝和汉朝时期掌管全国的书籍文典以及史事典章的官职。
