清軍之所以難以攻克大小金川，除了與當地之地形、碉樓、氣候、土司及番眾同心誓死等客觀因素緊密相關外，還與乾隆皇帝和清軍將領之措置不當，以及兵丁之怯懦等主觀因素頗為相關。可以說，清軍方面的諸多失誤極大阻礙了兩次金川戰爭（特別是第一次金川戰爭）的進程，甚至影響了戰爭的結局。那麼在這其中乾隆皇帝有哪些失誤呢？
乾隆皇帝雖然沒御駕親征，但是他遙握兩次金川戰爭的實際決策權，譬如出兵與否、納降與否，如何選將調兵、是否增兵增炮等，均由其乾綱獨斷。是故，乾隆皇帝的相關決策或態度難免會影響戰爭進程，乃至戰爭的最終結果。
一、沒有采納慶復的建議
在第一次金川戰爭爆發前夕，四川總督慶復曾試圖奏請不要輕易用兵金川，奏曰：
“臣愚以為金川四面環山，羊腸鳥道，用兵之際饋運艱難，止可令鎮將帶兵各據要害，仍用以蠻攻蠻之法，使小金川、革事咱、巴旺各伸報仇之心，舉戈向相向，又令川西雜谷、梭磨等侵擾其後，我兵既無深入之憂，又可行可止，操之在我，似為得策。”
慶復此前曾督戰瞻對之役（乾隆十年六月正式宣戰，乾隆十一年五月草草撤兵），深知用兵川西之不易，故指出，與其大肆舉兵深入，不如鼓動大金川周邊土司環攻之，以為牽制。
應當說，慶復之議較為客觀，也具有一定的可行性。然而，乾隆皇帝原本就對瞻對之役草率了局頗為不滿，此時又值大金川土司派番人四出侵擾鄰封，甚至敢與前往鎮壓之官兵相抗，這使其大為光火，遂不肯採納慶復之議，執意出兵大金川。結果，大批清軍匆忙捲入一場無謂的山地戰爭，併為之付出了巨大的代價。
二、急於一雪前恥
乾隆十二年初，乾隆皇帝之所以輕率用兵大金川，既與其急於洗刷瞻對戰役之恥有關，又與其盲目輕敵並對大金川番眾作戰能力和當地環境缺乏應有的認識有關。
乾隆十年三月，駐防颱站官兵回營，途遇瞻對“夾壩”搶劫，而下瞻對土司班滾只肯繳出贓物數件，並不查獻搶劫之首惡，川陝總督慶復便奏請出兵，而乾隆皇帝同意發兵。始料未及的是，因瞻對土司班袞率眾拼死抵抗，清軍經一年激戰，非但沒能“犁庭掃穴、擒獲班袞”，反而不得不草草撤兵了事。
此乃乾隆皇帝繼位以來首次用兵，結果甚為狼狽。更重要的是，此戰處處受阻，幾無戰績可言，不僅暴露了清軍的諸般積習，而且讓瞻對附近之諸土司開始質疑清軍的實際戰鬥力，這使得清廷顏面掃地。
不久，大金川土司多次派人出侵掠鄰近土司，大張其勢。乾隆皇帝認為，大金川土司如此囂張，“總因前此瞻對之事辦理未善，無所懲創，不足以震攝蠻心”，而且，他還懷疑瞻對土司班袞已逃往大金川，並與大金川土司串通一氣，遂決意出兵金川，以為這樣辦理，一可擒獻莎羅奔，以震懾番蠻、永靖邊陲，二可抓獲班袞，以雪前恥。可惜，事與願違，清軍此番進剿大金川同樣遭到各種掣肘，亦沒能取得實質性勝利。
三、嚴重輕敵
乾隆皇帝急於出兵大金川，盲目以為“軍前有張廣泗一人足資辦理”。張廣泗則自恃有用兵黔東南苗疆之經驗，以為“酋首不日可以殄滅”。因此，他們對進剿大金川的估計均嚴重脫離實際。這對清軍作戰極不利。
雙方交戰不久，大金川土司莎羅奔為保存實力，故意將外圍防守之番眾撤回勒烏圍、噶喇依二官寨附近，以便集中優勢力量死守。張廣泗因之很快統兵進入大金川腹，便驕傲地以為不久即可擒獲莎羅奔。殊不料，莎羅奔早在各險隘處俱設碉卡，並派撥番人據險力守，以致官兵竟無所措手，長期頓兵不前。
至此，張廣泗才意識到攻打金川極為不易。乾隆皇帝面對如此窘局，竟傳諭張廣泗移師向陽平曠地方稍微休息，待來年春暖，再加調官兵，厚集軍威，以成一舉掃除之計。
顯然，此時官兵已進駐大金川腹地，若後遽然後退，此前佔領的地方必被番人再行佔據，待來年春天再投入戰鬥，只會更加艱難。就這樣，進兵半載，數萬大軍即陷入前不能進，後不能退的境地。
四、命令前後不一，官兵喪失鬥志
面對如此不利戰局，乾隆皇帝一時方寸大亂，轉而又對用兵大金川一事舉棋不定：先提出“綠旗兵丁不足取勝，與其日久而師老，不如選京師旗兵之精銳，一以當十，汰綠旗之閒冗，以省無用之費，益勁旅之資”；隨後又諭：“因思彼地鄰近西藏，來往之所必經，若即歸入西藏，令王子珠爾墨特那木札勒就近管束，受達賴喇嘛化導，其一應鈐轄稽查，悉令王子派頭目前往經理，以專責成，現有駐藏大臣總轄統率，足資彈壓，如此則西爐藏路，俱可永遠寧謐，不致勞動官兵。”
通過這些相隔很近卻又前後矛盾的諭令不難看出，乾隆皇帝對此次出兵金川既盲目，又底氣頗為不足。這樣一來，徒令前線將領和官兵喪失鬥志，坐待時日，靡費軍餉。及至清軍撤出大金川前夕，乾隆皇帝不得不承認：“金川用兵一事，朕從前實未悉彼地情形。”
這印證了：未了解敵方實情，便盲目出兵，此乃兵家大忌。 不過，乾隆皇帝並未吸取此前盲目出兵金川且盲目輕敵帶來的教訓。
五、沒有深入瞭解實際情形，再次出兵
乾隆三十六年，因小金川趁大金川出兵四掠之機攻打沃克什，乾隆皇帝決計再次出兵川西。他先入為主地認為，小金川地勢非若大金川之有險可憑，自不難進兵，進而幻想剿滅小金川之後，大金川必聞風畏懼，甚至僅據番人性素貪利，便妄想通過鼓動大金川搶掠小金川財物和人口，以達到速滅小金川之目的。
殊不知，小金川境內亦山多路險，且已佔據沃日、瓦寺二司之險隘，並在巴朗山一帶修築碉卡以為阻遏，清軍萬難長驅直入，更何況大小金川二司本屬一家，土司索諾木之姊乃小金川少土司僧格桑之妻，清軍大舉進剿小金川，大金川土司深知唇亡齒寒，既沒有袖手旁觀，也沒聽信清廷利誘而助滅之，反而多次助兵小金川。
乾隆皇帝以為，只要從成都調滿洲兵一千名，令鐵保帶領前往，再從綠營內選派精銳數千，加上土練五千名，辦理小金川自屬易事；實際上，小金川之實力遠在瓦寺、木坪等鄰近土司之上，即便是以人多勢眾著稱的三雜谷亦非其勁敵。
可見，乾隆皇帝沒有深入考察大小金川土司的實際情形，再次輕率出兵。結果，清廷為之投入近萬大軍和數十萬伕役，耗費上億兩白銀，非斷沒能如預設的那樣速滅小金川、震攝大金川，反而捲入一場長達五年的山地戰，欲罷不能。
小結：
總之，乾隆皇帝既不太瞭解對大小金川土司地區的作戰環境，也低估了兩金川番眾誓死保衛本司利益所蘊藏的巨大作戰能量，因而盲目輕敵，妄自尊大，以為清廷兵多、炮多、糧餉充裕便可迅速平定彈丸之地的兩金川，結果一再遭到重創，而兩金川番人則早已從清軍瞻對戰役中充分了解到官兵之作戰特點，並且在清軍抵達之前便大肆增修碉卡、城柵、挖掘壕溝，做好了周密的應戰準備，遂能“知己知彼，百戰不殆”。
