non-coding RNA databases彙總

作為蛋白質合成的模板，mRNA長期以來是RNA領域研究的重點，而ncRNA被認為幾乎沒有生物學意義而備受冷淡。自從1950s後期，rRNA和tRNA的發現以來，各種RNA也相繼被發現鑑定，RNA世界逐漸變得豐富多彩，同時非編碼世界的研究之門也逐漸在打開（見表1 ncRNA分類）。21世紀初期，通過對人類和小鼠基因組分析發現，98%的序列被劃分到“junk“ DNA之列，除被註釋的mRNA之外，大多收轉錄本似乎是不能encode蛋白質的，而這些轉錄本便是ncRNA, ncRNA因此也正式進入科學家的視野。隨著測序技術的發展與計算生物學的興起，使得人們對RNA領域的理解越來越深入，ncRNA領域也越發火熱。ncRNA參與了大多數生物學過程，調節生理，發育甚至疾病。在對癌症的研究中也發現ncRNA十分重要，扮演抑制腫瘤與導致腫瘤的角色, 這些研究為癌症治療藥物的開發提供了契機。隨著HGP，ENCODE等Project的提出，大規模測序數據的湧現，許多ncRNA databases也相繼出現，如Rfam、NONCODE、miRbase等，這些數據庫為ncRNA進一步研究提供了很好的幫助。以下內容是我們彙總的ncRNA相關數據庫。

表1. ncRNA分類（J Integr Bioinform. 2019 Sep）

miRNA相關數據庫

miRBase：http://www.mirbase.org

miRBase數據庫是一個提供包括已發表的miRNA序列數據、註釋、預測基因靶標等信息的全方位數據庫，是存儲miRNA信息最主要的公共數據庫之一。

TargetScan：http://www.targetscan.org 預測miRNA靶基因

microRNA.org：http://www.microrna.org/ 預測miRNA 靶標

starBase v2.0：http://starbase.sysu.edu.cn/ 搜尋miRNA靶標

PITA：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html 預測miRNA 靶標

PicTar：http://www.pictar.org/ 鑑定miRNA靶標

RNAhybrid：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ miRNA靶基因預測

miRWalk 2.0：http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/

miRWalki是一個綜合性數據庫，提供來自人類、小鼠和大鼠的miRNA的預測信息和經過驗證的位於其靶基因上的結位點。

miRNAMap：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ miRNAMap數據庫涵蓋了多個物種的經過試驗證明的miRNA和miRNA靶基因，其中包括人類的、小鼠的、大鼠的以及其他多細胞動物的基因組

Deepbase v2.0：http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

psRNATarget：http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/ 植物miRNA的靶基因預測工具

TAPIR：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/ 植物miRNA的靶基因預測工具。

miRecords：http://mirecords.biolead.org/

PMRD：http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ 植物miRNA數據庫

CoGeMiR：http://cogemir.tigem.it/

MicroRNAdb: http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php miRNA綜合性數據庫

TarBase: http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/ miRNA的靶基因

miRGator: http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html miRNA的生物學功能進行預測

miRGen：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html

預測動物miRNA靶基因

Vir-Mir: http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi

ViTa：http://vita.mbc.nctu.edu.tw/

ASRP Database: http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/

miRNApath: http: //lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miRex: http://miracle.igib.res.in/mirex/ 分析microRNA基因表達

PolymiRTS: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 自然產生的miRNA的靶標位點DNA變異的數據庫

SeqBuster: http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/ 設計miRNA

WMD3: http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi

microInspector: http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/

TripletSVM: http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/

TransmiR：http://www.cuilab.cn/transmir

miR2Disease: http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp

S-MED：http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php

RNA22：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

miRTarBase：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

miRanda：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//www.microrna.org/microrna/home.do

DIANA-microT：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//www.microrna.gr/microT miRNA靶基因預測

• lncRNA數據庫

TRlnc：http://bio.licpathway.net/TRlnc

exoRBase：http://www.exoRBase.org

TANRIC：http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview

NONCODE：http://www.noncode.org/

LncRNAdb：http://www.lncrnadb.org/

Linc2GO：https://omictools.com/linc2go-tool

LNCipedia：https://lncipedia.org/

Starbase：http://starbase.sysu.edu.cn/

DIANA-LncBase V2：www.microrna.gr/LncBase

miRcode：http://www.mircode.org/index.php

NRED: http://nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl

lncRNome:http://genome.igib.res.in/lncRNome/

lncRNAs Atlas (LNCat)：http://biocc.hrbmu.edu.cn/LNCat/

RNAfold：http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/jakj/dianzi/Bioinf4/miRNA/miRNA1.htm

LncRNA2Function：http://mlg.hit.edu.cn/lncrna2function/

LncRNAMap：http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

NPInter：http://www.bioinfo.org/NPInter/

Co-LncRNA：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/

LncACTdb：http://www.bio-bigdata.net/

PNRD：http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD/

ncFANs：http://www.ebiomed.org/ncFANs/

Annolnc：http://annolnc.cbi.pku.edu.cn/index.jsp

LncRNA Disease: http://210.73.221.6/lncrnadisease

LNCipedia Expert Database：https://rnacentral.org/expert-database/lncipedia

ncRDeathDB2.0：http://www.rna-society.org/ncrdeathdb/index.php

LDAP：http://www.lncrnablog.com/ldap-a ... ciation-prediction/

DES-ncRNA：http://www.cbrc.kaust.edu.sa/des_ncrna/home/index.php

lncRNABlog：http://www.lncrnablog.com/ldap-a-web-server-for-lncrna-disease-association-prediction/

Linc SNP2.0：http://210.46.80.146/lincsnp/search.php

lncLocator：http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/

RNAlocate：http://www.rna-society.org/rnalocate/

CPC：http://cpc.cbi.pku.edu.cn/

CPAT：http://lilab.research.bcm.edu/cpat/index.php

miRFold web server：http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi

RBPDB：http://rbpdb.ccbr.utoronto.ca/

Tarbase：http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=tarbase/index

starbase V3.0：http://starbase.sysu.edu.cn/

CHIPBase v2.0：http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/

RegRna2.0：http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/

TargetscanHuman7.1：http://www.targetscan.org/vert_71/

DIANA-LncBase：http://carolina.imis.athena-innovation.gr/index.php?r=lncbasev2

catRAPID：http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group

• circRNA

exoRBase：http://www.exoRBase.org

circBase：http://www.circbase.org/

circBank：http://www.circbank.cn/

circRNADB：http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php

CIRCpedia V2：http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

circRNA_finder：https://omictools.com/circrna-finder-tool#tool-reviews

CircNet：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

RegRna2.0：http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/

deepBase 2.0：http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

TargetscanHuman7.1：http://www.targetscan.org/vert_71/

Circinteractome：https://circinteractome.nia.nih.gov/

Starbase：http://starbase.sysu.edu.cn/

CircPro：http://bis.zju.edu.cn/CircPro/

TSCD：http://gb.whu.edu.cn/TSCD/circRN組織特異性表達分析數據庫，人和小鼠

circRNA disease：http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/

CSCD：http://gb.whu.edu.cn/CSCD

Circ2Traits：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24339831

• ceRNA

starbase V3.0：http://starbase.sysu.edu.cn/

circlncRNAnet：http://app.cgu.edu.tw/circlnc/

circnet：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

miRSponge：http://www.bio-bigdata.net/miRSponge/

linc2GO：http://www.lncrnablog.com/linc2go-a-human-lincrna-function-annotation-resource-based-on-cerna-hypothesis/

GDCRNATools：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/GDCRNATools/inst/doc/GDCRNATools.html#case

POSTAR2：http://lulab.life.tsinghua.edu.cn/postar/index.php

cefinder/ceRDB：https://www.oncomir.umn.edu/cefinder/

mircords：http://mirecords.biolead.org/

• piRNA

piRBase：http://www.regulatoryrna.org/database/piRNA/

piRNA cluster database：http://www.smallrnagroup-mainz.de/piRNAclusterDB.html

piRDisease：http://piwirna2disease.org/

IsopiRBank：http://mcg.ustc.edu.cn/bsc/isopir/index.html.

• 其他ncRNA數據庫

ncRPheno database platform：http://lilab2.sysu.edu.cn/ncrpheno

ncEP：http://www.jianglab.cn/ncEP/

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