第一件大事是10月28日，山西新軍第四十三協第八十五標奉命出發南下平亂，領到子彈後，閻錫山等中國同盟會會員當即決定起義。29日晨，該標中國同盟會會員楊彭齡、張煌等宣佈起義，公推管帶姚以價為起義軍總司令。起義軍攻入城內，殺死山西巡撫陸鍾琦，成立軍政府，公推閻錫山為山西都督，宣佈山西獨立。
第二件大事是駐守灤州第二十鎮統制張紹曾，突然聯合第三鎮協同盧永祥、第二混成協協統蘭天蔚、第三十九協協統任祥禎、第四十協協統潘榘楹發動兵諫，要求清廷在年內改組皇族內閣，召開國會，實行憲政。
對此，清廷令駐紮在石家莊的第六鎮統制吳祿貞前往鎮壓。而吳祿貞卻是最堅決的革命黨人，他秘密聯絡山西閻錫山組織的革命軍，成立燕晉聯軍，並密電張紹曾協同行動，準備共同直搗北京。兵諫的發生，促使清廷最終全部允諾袁世凱提出的條件，11月1日，清廷皇族內閣集體辭職，袁世凱被任命為內閣總理大臣，負責組織完全內閣。
吳祿貞、張紹曾和閻錫山聯合進攻北京的隱患如果成為現實，北方局勢將大亂，這就是袁世凱“頗以為憂”的事情。如何解決這個難題，也讓袁世凱傷透腦筋。他找來心腹愛將段祺瑞商量。段祺瑞曾任第六鎮統制，對該軍隊比較熟悉，當他聽袁世凱表示要親率大軍去平定北方時，他滿懷信心地說：“此小事，無煩大兵，祺瑞了之足矣。”於是，袁世凱就將這個重任交給了段祺瑞。
段祺瑞在袁世凱面前誇下海口，實際上具體怎麼辦也是毫無頭緒，忙找徐樹錚等商議。沒想到徐樹錚那一段在第六鎮的短暫停留卻給瞭解決這個難題的機會。徐樹錚表示，燕晉聯軍能否成功進攻北京的關鍵人物就是吳祿貞，擒賊先擒王，幹掉吳祿貞就可以瓦解燕晉聯軍。而這個刺殺吳祿貞的人選就是徐樹錚的小同鄉，第六鎮騎兵第三營管帶馬步周。馬步周不但與徐樹錚關係很好，而且也是段祺瑞在保定陸軍速成學堂任督辦期間的學生，最關鍵的是馬步周深得吳祿貞的信任，易於動手，於是刺殺吳祿貞的計劃就此定議。
11月7日晚間，吳祿貞在石家莊司令部的樓房內正要就寢，忽然有幾名部下敲門要見“吳大帥”，說是要報告公事。吳祿貞將房門打開，卻見馬步周等人拿著手槍，氣勢洶洶地闖了進來。他情知不妙，急忙跳後窗逃命，但剛剛跳出窗口即中彈身亡，事後不但沒有查出兇手，吳祿貞的項上人頭也被割去。
當日，天還沒亮，段祺瑞專車前往武漢，途中經過石家莊。馬步周拿著吳祿貞人頭上車將事情經過向段祺瑞做了彙報，並請示如何處理善後。刺殺吳祿貞的行動乃政治陰謀，是見不得光的，段祺瑞告知其此案將由朝廷處理，眼下最重要的是瞞天過海。隨後拿了5千大洋給馬步周，讓他千萬不要聲張，以免留下後患。
吳祿貞被殺，燕晉聯軍無形中瓦解，破壞了北方軍人統一起義的計劃，穩定了北方的局勢，為袁世凱安心對付清廷和南方革命黨提供了有利條件。這又是徐樹錚給段祺瑞立下的一件大功勞，從此段祺瑞對徐樹錚更加信任。
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