聽說大家都在CIBERSORT，而我偏偏來安利EPIC
大家好，我是風。今天來跟大家安利一個網站。最近免疫浸潤真的是火的不行，連我隔壁實驗室的小師弟都說發了一篇4+免疫浸潤的純生信文章。問他用的什麼分析方法？好小子，神秘一笑：“我用了好幾種計算免疫細胞的方法”，額，你這不是等於沒說嗎？哎，不過無非主流就那幾種吧，你以為你不說我就不知道了？你師哥還是你師哥，我不僅知道，我還要跟大家說！今天就來跟大家說說CIBERSORT......
啊，錯！是跟大家說說另一個計算免疫浸潤細胞的網站——EPIC（https://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/）。
EPIC網站2017年首發於eLife雜誌，目前影響因子7+。網站可以計算8種免疫細胞類型比例，關於這個網站更多的介紹大家可以參閱發表的文章，doi：10.7554/eLife.26476，或者後臺直接回復“風02”即可獲取，方便快捷，懶人（wo）必備。我們還是看怎麼操作吧！
EPIC網站要求上傳自己的數據計算免疫細胞比例，每一份數據不能超過100M，假設我們從GEO下載並處理好了一份數據集，行名是基因名，列名是樣本名，長相是這樣滴：
別吐槽我用Excel，誰電腦還沒個Excel，但不是誰都跟我一樣電腦渣到只能裝個Excel/(ㄒoㄒ)/。
然後打開網站，點擊首頁的Browse，開始上傳數據，成功後長這樣：
接著進行相應的設置，簡單粗暴，簡潔明瞭，簡直秒愛：
首先選擇計算的細胞類型，是計算腫瘤浸潤細胞還是計算循環免疫細胞，這個大家各取所需；
▲ 選擇計算的細胞類型
接著設置結果呈現形式，一般cell fractions用的相對較多？emmm我也這麼覺得；
▲ 設置結果呈現形式
然後直接點擊run開始運行，結果表格如下：
▲ 運行結果
最後進行結果分析，可以直接download結果表格導入R進行分析，也可以點擊Figure查看結果圖片，有啥圖片呢？也不多，就三個：
柱狀圖，每一根柱子比例都是1，不同顏色表示不同的免疫細胞在樣本中所佔的比例；
▲ 柱狀圖
箱式圖，emmm，好像很直觀了，應該不用解釋吧？
▲ 箱式圖
熱圖，就是把剛剛結果數據映射到圖片上（其實就是比例越高顏色越深嘛，說那麼深奧幹啥子？）。
▲ 熱圖
好了，網站真的很簡單粗暴，當然計算免疫浸潤細胞的方式還有好多好多種，比如你們見的最多的CIBERSORT，比如生信全書下篇說的xxx和xxx，比如ssGSEA，這麼多種好好應用一下，也許你也能夠發一篇讓隔壁師哥羨慕的SCI哦！（我真的不羨慕(￢︿̫̿￢☆)）
10天領悟3分SCI套路
成為會寫SCI的人
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