位于商丘古城南帝喾陵
三皇五帝
数万年前，三皇之首的燧人氏出生于商丘并在这一带建立燧明国。[1]
8500年前，栗陆氏建都于栗（今商丘夏邑县）。
6000年前，炎帝朱襄氏建都于朱（今商丘柘城县）。葛天氏建都于葛（今商丘宁陵县）。
公元前24世纪，颛顼由穷桑迁都于商丘（今商丘睢阳区）。帝喾高辛氏出生并封于高辛（今商丘高辛镇），成为天下共主后，定都亳（今商丘谷熟镇）。
帝尧时代，商丘为羿的封地。
帝舜时代，帝喾之子契（阏伯）佐禹治水有功，被虞舜封于商（今商丘睢阳区）做火正，为商族人的始祖，深受人民的爱戴，故人们尊他为“火神”。阏伯死后葬于封地，由于阏伯的封号为“商”，他的墓冢被称为“商丘”。
夏商周时期
大禹接受舜帝禅让后，将帝舜之子商均封于虞（今商丘虞城县），承继舜帝“有虞氏”之号。
夏朝前期（公元前1943年），君主姒相迁都于商丘（今商丘睢阳区）。公元前1875年，姒少康在有虞国的帮助下，定都纶城（今商丘夏邑县），恢复了夏王朝的统治。史称“少康中兴”。从契封于商（今商丘睢阳区）至汤建立商朝，中间历十三代，约470年，为古商国时代。
在古商国时期，阏伯的孙子相土在这里发明了乘马；阏伯的六世孙王亥在这里创造了商业文明，被尊为商人始祖。
公元前16世纪，契的14世孙成汤，灭夏称商，建立商朝，定都亳（今商丘谷熟镇西南），从先王居。 至仲丁元年，因洪水淹没亳都，商朝都城开始西迁。
公元前1045年，周武王姬发封女婿陈胡公于胡（今商丘柘城胡襄镇）建立陈国。周成王姬诵三年（公元前1040年），周公旦平定武庚叛乱后，成王封殷商后裔微子启于商丘，建立宋国。周赧王二十九年（公元前286年）齐灭宋，齐、魏、楚三分宋地，商丘大部分属魏。魏国占领商丘地区后，封魏国公子魏无忌于信陵（今商丘宁陵县），史称“信陵君”。
秦汉时期
秦朝时期，商丘境内除柘城属陈郡外，其余均属砀郡，砀郡治所在睢阳。
陈胜、吴广大泽乡起义，攻下商丘境内的酂县（今永城西）、柘县（今商丘柘城县），成为张楚政权的一部分。
西汉高祖五年（公元前202年），砀郡升为梁国，国都为睢阳（今商丘睢阳区），属豫州。梁国国王刘武因为是窦太后的幼子，有宠。其封地梁国是拥有四十余城的大国，居天下膏腴之地，地理上居于牵制东方诸国、屏蔽朝廷的关键位置。梁孝王刘武凭借着七国之乱为朝廷立下的赫赫战功，梁国与汉朝所杀伤和掳掠的敌军、物资大约相等。朝廷又对刘武赏赐不可胜道，府库金钱且百巨万，珠玉宝器多于京师。梁孝王在睢阳大治宫室，建起了三百里梁园，兴起了一股梁园文学风尚。
三国魏文帝黄初元年（公元220年），曹魏将梁国改为梁郡。
商丘市南北朝时期
后赵、前燕、前秦、后燕、后秦时仍为梁郡。后秦在此设置徐州（治今商丘睢阳区）。
北魏属徐州，境内设梁郡（治今商丘睢阳区）、谯郡（治今商丘市梁园区蒙墙寺村）。
北魏永安二年（公元529年）四月，元颢在梁国睢阳（今商丘睢阳区）登基称帝，建元为孝基，是为北魏建武帝。
东魏时期，在平城（今商丘夏邑西南马头寺村）增设马头郡，废谯郡。
隋唐五代时期
隋朝开皇初梁郡废，十六年（596年）置宋州，大业三年（607年）复置梁郡。
唐朝武德四年（621年）又改为宋州，治所称为宋城县（今商丘睢阳区）。天宝元年（742年），置睢阳郡，属河南道。
唐肃宗至德元年（公元756年），由张巡领导的唐朝最为惨烈的睢阳保卫战，成功遏制了安史之乱的叛军南下侵犯江南，但付出的却是睢阳城十室九空的惨痛代价。
乾元元年（758年），睢阳郡复为宋州。
五代梁三年（909年），升为宣武军。五代唐庄宗同光元年（923年），改为归德军。五代后周时仍为宣武军。
两宋金元时期
赵匡胤在后周任归德军节度使的藩镇所在地为宋州（今河南商丘） ，遂以宋为国号，建立宋朝。
北宋初复置宋州，景德三年（1006年）升宋州为应天府，属京东西路（应天府始为京东东路路治，后为京东西路路治）。
大中祥符七年（1014年），应天府诏升为南京，为北宋陪都。南京城内设有隔城，将城区分成南、北两个部分。城东的南北分别有延和门和昭仁门，城西的南北分别有顺成门和回銮门，城南有崇礼门，城北有静安门，隔城也开两门，东有承庆门，西有祥辉门。宫城周长二宋里三百十六宋步，另开两个城门，南门叫重熙门，北门叫颁庆门，一个正殿叫归德殿。在城北建造圣祖殿，以圣祖殿为鸿庆宫，奉宋太祖、宋太宗、宋真宗像，侍于圣祖殿之侧，名神御殿，又名三圣殿，成为赵宋的原庙。
靖康二年（1127年）五月，赵构在南京应天府（今商丘古城）即位，是为宋高祖，商丘成为南宋开国都城。绍兴二年（1132年）初，金兵大举南侵之时，赵构带领朝中文武群臣南迁至扬州，而南京知府凌唐佐则留守在南京御敌，九月五日，南京城遭数十万金兵围困；九月八日，南京最终被完颜宗弼攻陷；南京知府凌唐佐诈降。 金朝所扶持的伪齐皇帝刘豫将南京降为归德府。
公元1138年（天眷元年），金朝领三省事宗磐、宗隽在朝廷专权，外结左副元帅挞懒，将河南、陕西地归还给宋朝，南京（今商丘）也在其中。
公元1140年末，金兵重新占领南京（今商丘）。天元元年（1232年）十二月，金哀宗迁都归德府。
元朝，称归德府，属河南江北等处行中书省。
明清时期
明朝太祖洪武元年（1368年）降府为州，属河南承宣布政使司。嘉靖二十四年（1545年），升州为府。
清朝沿明制，仍为归德府，属河南省。
近现代时期
民国二年（1913年）撤归德府，所属各县划归豫东道。1932年至1948年间，为第二行政督察区。
民国二十七年（1938年1月初），蒋介石率领汤恩伯在商丘设置行辕，主持徐州会战。日军攻陷徐州后，大举西犯。国民党在商丘集中4个师25000人的兵力，全线防御。同年5月12日至6月3日，商丘的永城县、民权县、虞城县、夏邑县、商丘县、宁陵县、睢县、柘城县先后陷入日寇的铁蹄之下。同年6月，日军扶持张岚峰在商丘县城设立了日伪豫东总司令部。
民国二十八年（1939年10月），日军在商丘设立了“日军陆军特务机关”。民国三十七年（1948年11月），商丘被共产党解放，
设立为豫皖苏第一行政区。同年11月18日建立商丘市。于商丘县城城关设大同、博爱二镇。同年11月23日，中原军区支前司令部调整了支前部署，设立商丘为总兵站。同年12月31日，淮海战役总前委暨中原野战军司令部由安徽宿县迁至商丘（今商丘市睢阳区）张菜园村。淮海战役首先在商丘张公店打响，商丘在整个解放战争时期共计歼灭国民党军约55万人，是消灭国民党军最多的地区之一。商丘火车站获得了中原军区运输司令部的表扬，并获得了“在淮海战役中起了火车头的作用”的巨幅锦旗一面。淮海战役结束后，共产党在商丘成立渡江战役总前委。
1949年3月，设立朱集市。1949年3月，豫皖苏第一行政区改为商丘专区。商丘专区共下辖商丘县、虞城、民权县、睢县、宁陵、夏邑、柘城、永城8个县。
1950年，商丘县城关镇改为商丘市。1951年8月，朱集市、商丘市二市合并为商丘市，市治朱集市。
1953年，撤销淮阳专区，将淮阳、太康、鹿邑、郸城、沈丘、项城6县划归商丘专区，专区共下辖14个县。
1958年，商丘专区划入开封专区。
1960年，商丘县、虞城、夏邑、永城、宁陵、柘城、鹿邑、郸城8个县重新成立商丘专区。
1965年6月，鹿邑县与郸城县被划出商丘专区，民权县、睢县被重新划归商丘专区。1967年商丘专区改为商丘地区。
1996年永城撤县设市。
1997年6月，商丘地区行政公署、商丘市和商丘县撤并为地级商丘市，永城市由省直辖。
2014年永城市由河南省政府全面直管。
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