公元542年，位于欧洲东南部的拜占庭帝国首都君士坦丁堡出现了一次大灾难。
前一年，帝国其他地区便已出现了类似的灾难。这灾难在之后的二百多年间继续在地中海地区肆虐，夺去了几千万人的性命，到了公元750年才告结束。这场可怕的灾难，在历史上称为「查士丁尼瘟疫」。
瘟疫的出现及传播
这种病确切的发源地实难考证。拜占庭帝国的史学家普罗科匹厄斯曾指出，查士丁尼瘟疫的原发点是埃及的尼罗河流域，而传染病在这里分别向北面的亚历山卓城和东面的巴勒斯坦地区传播。
传染病是如何迅速传开去呢？
黑鼠便是一个重要的媒介。在公元六世纪，北非地区仍是拜占庭帝国的主要粮仓，也是大量资源的供应地。这些运载粮食、物资和战利品的商船是老鼠的绝佳容身之所，他们偷吃粮食时，会在这些地方留下病原体。
一般来说，黑鼠从出生到死亡，活动范围都不会多过二百公尺，但唯有这些商船，无意间把牠们运送到整个帝国的每一个角落。
同时，意大利南部也正在经历气候转变。夏天不寻常地下雪，温度也比正常要低，加上当时意大利南部战祸连绵，农作物歉收，居民因此开始变得流动失所，传染病也就因此传播得更快。直至公元542年，鼠疫终于在拜占庭帝国全面爆发。由于当时统治帝国的皇帝名叫查士丁尼一世，因此这场鼠疫便被称为「查士丁尼瘟疫」。
黑死病的病征
这场鼠疫也被称之为「黑死病」。普罗科匹厄斯在他的着作《秘史》提到，患上黑死病的人会有出现幻觉、噩梦、高烧，而且腹股沟、腋窝和耳朵后面会红肿，有些人更会受不住而晕倒。这些病人出现如此痛苦的病征几日后才会死亡。
普罗科匹厄斯认为，瘟疫的大爆发是上帝对查士丁尼一世穷兵黩武、涂炭生灵的惩罚。
频繁的战争和贸易促进了瘟疫的传播，导致整个拜占庭帝国都受着瘟疫的侵袭。查士丁尼一世在统治初期征服了不少地区——先是打败汪达尔人和柏柏人并控制了北非地区，后来打败东哥德人并控制了意大利地区，抵御了法兰克人、斯拉夫人和阿瓦尔人和其他蛮族部落对帝国的入侵。因为战争，士兵行军和粮饷补给线就成了传播病菌的绝佳途径。
当公元542年时大部份战争都已落幕，人们开始安定下来，造成了瘟疫的社区爆发。尤其君士坦丁堡作为帝国政治和商业中心，情况便更加严重。这座城市位于亚欧要冲，是中西贸易路线的必经之地，来自中国、中东和北非的商旅都汇聚于此，疫症也因此轻易传播到这里。
不过，欧洲北部和内陆郊区并没有受到瘟疫的影响，这是因为传播病菌的黑鼠只会出现在港口和商船附近。当时的欧洲北部和内陆郊区并非处于贸易路线要点，因此也就没事了。查士丁尼瘟疫在君士坦丁堡持续了四个月之久，然后在接下来的三个世纪继续在欧洲肆虐。最后一次瘟疫爆发出现在公元750年，一直到十四世纪时一场更大规模的瘟疫爆发之前，都未再有如此严重的瘟疫发生。
在当时还没有病理学研究的中世纪里，患了黑死病的人会如何求医呢？
如果是有钱人或贵族，他们会找一些在埃及亚历山卓城学习过的医生治疗。他们所学的医学理论源自于古希腊医学家盖伦。盖伦曾提倡一种名叫「体液学说」的概念，认为人体是由血液、黏液、黄胆汁和黑胆汁四种体液构成，如果这四种体液失衡，人便会患病。当然，依靠这学说从而治疗黑死病的效果成疑。
至于其他平民，就无法那么容易得到医生的治疗了。他们只好依赖一些「偏方」，例如用冷水浸浴、服食被「祝福」过的粉末、配戴护身符或手环，甚至服用生物碱。当然，这些「偏方」不会有效，他们最终只好到医院求助，但他们反而会被隔离自生自灭。有少数人会大难不死自然痊癒，他们会被认为是因为得到上帝的宽恕而康复。
爱琴海北部腓立比未完工教堂遗迹，据信是因查士丁尼瘟疫而停工
瘟疫对拜占庭帝国的打击
普罗科匹厄斯认为在瘟疫肆虐期间，君士坦丁堡每天有接近一万人死亡。但近代史学家认为这个数字是被高估了。但无论如何，帝国因为这次灾难的死亡人数估计为2500万到5000万，占整个帝国人口25％。
这场横扫拜占庭帝国的瘟疫为帝国不论在政治上和经济上都带来极沉重的打击。
首先，因为疫症的蔓延，帝国抵抗外族入侵的能力大减。公元568年，伦巴底人征服北意大利，导致了意大利的分裂，直到十九世纪才再告统一。
至于本属于拜占庭帝国的北非和近东地区，在查士丁尼一世死后便迅速被阿拉伯人占领，更曾一度威胁君士坦丁堡。失去北意大利、北非、近东地区后，拜占庭帝国变成了一个环爱琴海的小帝国，而且因为人口大减，帝国无法维持所需军力作为国防之用，经济及行政结构也随之逐渐崩坏。
贸易也因为疫症而停滞，人口骤减使农夫数目下降而导致粮食短缺。但查士丁尼一世继续执着于「罗马帝国复兴梦」，他依然向自己人民征收重税，以维持他发动的战争和在首都兴建的各项建筑——包括着名的圣索菲亚大教堂，造成帝国财政在他死后几近崩溃。
拜占庭帝国在六世纪到七世纪年间，经历了接近亡国的艰苦时刻，这也导致了帝国摆脱古罗马，变成了一个完全迥异的帝国。
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