行政事業單位工資項目包括基本工資、國家統一規定的津貼補貼、規範津貼補貼（績效工資）、改革性補貼。
新政府會計制度設置了“應付職工薪酬”科目，核算單位按照有關規定應付給職工及為職工支付的各種薪酬，包括上述工資項目、社會保險費（如基本養老保險費、職業年金、基本醫療保險費等）、住房公積金等。
注意：這裡的社會保險費和住房公積金既包括單位為職工繳納的那部分，也包括單位從職工工資中代扣代繳的部分。
具體賬務處理
此處，有一點需要明確，行政事業單位是政府會計主體的重要組成部分；其會計核算應當具備財務會計與預算會計雙重功能。也就是說，行政事業單位發生的一筆業務，有可能即涉及財務會計又涉及預算會計，需要雙重核算。
一、計提工資
借：業務活動費用/單位管理費用（計提從事專業及其輔助活動人員的職工薪酬）
在建工程/加工物品/研發支出等（計提應由在建工程、加工物品、自行研發無形資產負擔的職工薪酬）
經營費用（計提從事專業及其輔助活動之外的經營活動人員的職工薪酬）
貸：應付職工薪酬
二、代扣個稅、保險費、住房公積金
1、代扣代繳個稅
借：應付職工薪酬
貸：其他應交稅費——應交個人所得稅
2、代扣社會保險費、住房公積金（單位+個人）
借：應付職工薪酬
貸：應付職工薪酬——社會保險費
應付職工薪酬 ——住房公積金
3、代扣為職工墊付的水電費、房租等費用時：
借：應付職工薪酬
貸：其他應收款
三、支付款項
1、繳納保險費、住房公積金、個稅
借：應付職工薪酬——社會保險費
——住房公積金
其他應交稅費——應交個人所得稅
貸：財政撥款收入/零餘額賬戶用款額度/銀行存款等
同時：
借：行政支出/事業支出/經營支出等
貸：財政撥款預算收入/資金結存
2、支付工資：
借：應付職工薪酬
貸：財政撥款收入/零餘額賬戶用款額度/銀行存款等
同時：
借：行政支出/事業支出/經營支出等
貸：財政撥款預算收入/資金結存
此外，補充一下因解除與職工勞動關係而給予補償的分錄：
借：單位管理費用
貸：應付職工薪酬
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