唐前期局勢圖
李唐王朝定都長安以後，潼關以東的形勢發生了很大的變化。
竇建德的農民軍在河北建立夏國。輔公祏、杜伏威佔領江淮，自稱吳國。東都王世充擊潰了瓦崗軍，於武德二年四月自稱鄭國皇帝。長江中游，還有蕭銑割據。劉武周被突厥封為定揚可汗，佔了晉陽，並向汾水下游進犯，威脅關中的安全。
唐政府雖然穩定了關隴局勢，但是要想統一全國，必須打出潼關，消滅突厥傀儡劉武周，平定王世充，鎮壓農民起義。
李元吉喪失晉陽以後，皇帝李淵和李元吉等被突厥嚇破了膽，主張
“棄河東之地，謹守關西”（《舊唐書》卷二《太宗紀》上）。
而秦王李世民認為太原乃王業的基礎，河東物產豐饒，如果放棄這個地方，關中也難以保全，所以堅決主張討伐劉武周。
武德二年十一月，李世民引兵到達龍門，乘河水封凍，大軍過了黃河，集結柏壁，與劉武周大將宋金剛對峙。李世民堅壁不戰，只命令後勤人員加速運糧，並命令主力休整，只利用小股兵力抄掠敵營，敵出即退，敵退便追。宋金剛被迫撤離。
宋金剛撤兵不久，李世民得知永安王李孝基在夏縣戰敗被俘。他本來準備親自前往征討，由於部將殷開山、秦叔寶懇切請戰，就答應了他們。李世民估計敵人的主力業已轉移，要求他們攻敵不備，中途截擊。殷開山、秦叔寶也瞭解到，俘李孝基的是劉武周的部將尉遲恭和尋相，於是按照李世民的指示出戰，結果在美良川一戰大獲全勝，俘了尉遲恭和尋相等。此後，唐軍繼續避實就虛，養精蓄銳，等待有利戰機，兩軍相持3個月之久。
到武德三年二月，劉武周進攻潞州（今山西長治），被唐將王行敏打敗，後來又遭李仲元襲擊，軍威大挫。宋金剛的軍威已衰，同時糧道又被切斷，被迫退走，秦王乘機銜尾猛追，一晝夜追趕200餘里，一直追到雀鼠谷，才追上宋金剛。敵軍且戰且走，一天之內交鋒八次，都被唐軍打敗，俘斬數萬人，宋金剛落荒逃竄。五月，李世民收復了晉陽，穩定了河東的局勢。
關中兩面的威脅基本解除後，唐政府進攻的鋒芒，便指向中原。
武德三年七月，秦王率領唐軍東進。第一個勁敵就是王世充。唐軍對王世充的作戰方針，大體採取兩個步驟：一是打東都外圍據點，設法切斷其補給線。二是包圍洛陽，全殲守軍。
王世充聽說唐軍壓境，大為惶恐，特派其親信防守要地。王世充又怕他的部隊投降，特立禁約，宣佈一人失蹤，殺其全家。
同年七月，唐將史萬寶，從宜陽佔了龍門，劉德威則越太行東下，包圍了河內。王君廓進攻洛口，準備切斷王世充的糧道。李世民自率主力軍，佔領了邙山，步步進逼，形勢對隋軍非常不利。不久，隋洧州長史張公謹與刺史崔樞，舉州降唐。鄧州土豪捕王世充所置刺史，送進唐營。唐懷州總管黃君漢，打下回洛城，連下20餘堡。顯州總管田瓚，舉所部25州也來投降。
武德三年末，汴州、滎州、隋州、許州、亳州、陽城等地，全部被唐軍佔領。王世充的補給線，基本上被唐軍切斷。至此，李世民下令向東都發起總攻。唐軍晝夜反覆衝殺，但因城內守衛甚嚴，唐軍傷亡甚大。大總管劉弘基曾請求班師還朝。秦王說：“我領大軍前來，是為了一勞永逸。現在中原各地已望風畏服，紛紛投降，只剩東都一座孤城。目前這座孤城，內無糧草，外無救兵，指日可下。現在我軍功在垂成，為什麼不能堅持下去呢？”於是給全軍下令說：“東都一日不破，我軍一日不還，今後再有敢說班師者，一律斬首。”從此將士不敢再要求撤兵了。
正在這千鈞一髮之際，由武牢關方面傳來警報，說竇建德大軍挺進中原，支持王世充，來勢很猛。王世充原來是鎮壓農民起義的大劊子手，竇建德為什麼能和他並肩戰鬥呢？因為當時竇建德的政治態度已經發生變化，從他稱夏王后，就千方百計保護隋朝官員。如河間郡丞王琮，原是在農民軍長期圍攻下被迫投降的。他過去親手屠殺很多農民軍，民憤極大。但竇建德認為他長期頑抗對朝廷是
“忠良”，是“義士”，並宣稱：“從前在高雞泊起兵時，我們曾隨便殺人，現在要安百姓定天下，不能再殺人了。如果有人不服從我的命令而擅自殺了王琮，一定要滅其三族。”竇建德還任命王琮為瀛州刺史。又如滑州刺史王軌被其家奴殺了，他的家奴帶著王軌的人頭來參加起義。竇建德卻說：“奴隸殺主人是大逆不道”，結果殺掉了主動參加起義的奴隸，把封建官僚的頭送還原主。其次，在打敗宇文化及以後，俘隋朝貴族官員1000餘人，除殺了數人以外，95％以上的貴族官員都被釋放或留用。以上這些現象說明竇建德業已蛻化變質，在這樣的情況下，他和封建官僚王世充合作就不足為奇了。在聊城戰役以後，竇建德軍繼續向南發展，武德四年初，攻下了周橋（今山東城武縣），吞併農民軍孟海公部。
正在此時，秦王李世民率領大軍討伐王世充，包圍了東都。竇建德為了保全自己，向西擴充地盤，於是決定出兵支援王世充。
武德四年二月，竇建德指揮大軍挺進中原，攻下了管州、陽翟等地。竇建德與王世充合作的消息傳來以後，對唐軍有很大影響，將領們對戰局產生不同看法。肖瑀和封德彝認為：“現在竇建德乘打敗孟海公之威，士氣旺盛，銳不可當。而我軍戰線太長，東西兩面作戰，腹背受敵，主張暫時退至新安，進行休整，等待良機，再行決戰。”郭孝恪有不同看法，他認為：“王世充現在是日暮途窮，勢將必降，目前我軍仍舊要固守武牢，伺機進攻，必能破敵。”薛收認為：“王世充據守東都，府庫充實，部下皆江淮精銳，勇敢善戰，只因缺乏糧餉，所以困守孤城，坐以待斃。現在竇建德和他聯合，運糧相濟，恐怕賊勢更強，戰爭將曠日持久，前途不堪設想。請分兵固守東都，深溝高壘，不與爭鋒，秦王親率精銳，先據成皋，以逸待勞，一定能打敗竇建德。竇建德如果失敗，王世充必然投降。”
李世民採納了薛收的意見。他根據新的形勢，調整了作戰部署。首先，從武牢召回屈突通，叫他輔佐李元吉，繼續圍攻東都。秦王自己則親率徐世勣、秦叔寶、尉遲恭等，到武牢阻擊竇建德。
這時竇建德領導的農民軍已達成皋東原，築宮板渚，作為行轅，並且派人通知王世充。唐將王君廓率輕騎千餘，切斷農民軍的糧道，俘虜其大將張青特，給竇建德以很大打擊。此時有人給竇建德建議，叫他攻取懷州、河陽，進入汾晉，奪取關中，如果唐軍腹背受敵，他們可能從中原撤兵。竇建德拒不接受這個建議，貿然進攻武牢。他調齊人馬，從板渚出牛口，列陣20餘里，擂鼓而進，被唐軍打敗，死傷五六萬人，自己也做了俘虜。王世充也投降了唐朝。唐兵進入洛陽。
竇建德的部眾除了被俘或犧牲者以外，還有一些人解甲歸田。唐政府強迫竇建德部將董康買、範願、高雅賢、劉黑闥等到長安報到。範願說：“我等至長安，必無保全之理。”於是大家一致推舉劉黑闥為首，於武德四年七月，在漳南二次起義。第二年正月，進取洺州，劉黑闥自稱漢東王。在這一年內，連續打敗河北唐軍，恢復了夏王時期的故地，取得了重大勝利。
李世民到河北鎮壓劉黑闥起義。他從獲嘉、肥鄉進兵，和劉黑闥相持在洺水之上。當時，幽州的羅藝協助李世民打擊劉黑闥。劉黑闥先阻擊北面的羅藝，結果失敗，於是又返回冀南，攻打李世民。唐軍最初採取守勢，雙方相持60多天。劉黑闥攻陷了洺水城，殺唐將羅士信。秦王李世民估計劉黑闥遲早必來決戰，於是他派人把洺水上游堵塞住，同時囑令在雙方交戰以後，立即放水。不久，劉黑闥果然渡水南來，迫近唐營。秦王自率精騎，破其前鋒，同時另一股唐軍，又攻其後隊。劉黑闥督軍奮戰，漸漸支持不住，遂與其部將王小胡潰退。這時唐軍在洺水上游放水，河水暴漲，氾濫兩岸，農民軍溺死數千人，結果失敗。唐政府統一了中原各地。
河北的劉黑闥二次起義失敗以後，全國多數農民軍都被唐政府鎮壓下去，只有輔公祏、張善安在江南繼續戰鬥。
武德六年十一月，朝廷派趙郡王李孝恭率領強大水軍直奔江州；嶺南道大使李靖督交廣步騎北上宣州；懷州總管黃君漢從譙亳出發；齊州總管李世勣從泗水引兵入淮。四路大軍集中兵力圍剿輔公祏。當時唐軍方面的作戰方案劃分兩步：第一步是除掉輔公祏羽翼，控制長江中游。十二月，江南安撫大使李大亮奉命攻打洪州。他利用欺詐手段使張善安脫離自己隊伍，然後抓住他，瓦解了這支反唐武裝。
張善安部失敗以後，唐軍集中全力圍剿輔公祏。
武德七年三月，李孝恭破廬州、同安及宣州鵲頭鎮，後來又攻克蕪湖，奪取梁山等三鎮。
針對唐軍的部署，輔公祏設置兩道防線。第一道防線在當塗和州之間。具體部署在果山一帶，用鐵索截斷長江水道，阻止荊州漢水方面唐軍東下。同時派大將馮慧亮、陳當世率水師3萬屯駐林青山，並在沿江兩岸築城結壘，形成“巨障”。第二道防線設在丹陽外圍。當時李孝恭和李靖率水師到達舒州。另一路唐軍切斷了馮慧亮的補給線，使馮慧亮部發生糧荒。另一方面，李世勣領一萬餘人渡淮，佔據壽陽，迫近硤石，從北側威脅農民軍。
唐軍雖然把大軍集結前線，但他們對輔公祏的具體作戰方針，還有很大分歧。多數將領認為，馮慧亮佔據水陸險要地帶，我軍如果馬上進攻，短期無法取勝。因此，首先應集中力量進攻輔公祏的老巢丹陽，假若攻克了丹陽，前線敵軍必然聞風瓦解。
但是，李靖不同意上述打法，他說：“我軍到達前線以來，從來沒有打過大勝仗，連馮慧亮都打不了，怎麼能攻克丹陽呢？假若我軍貿然進攻丹陽，旬月不下，到了那個時候，如果馮慧亮調轉頭來兩面夾攻，我軍將腹背受敵。因此我們應當首先攻打馮慧亮和陳正通，集中優勢兵力突擊一點，是一定可以取勝的。”
李孝恭非常同意李靖的計策，於是組織老弱殘兵當先鋒，進攻博望山，把精兵安排在後面。等雙方接觸以後，唐軍很快敗下陣來。農民軍誤認為唐軍敗退，於是出兵追擊，追了幾里，中了李靖的伏擊，雙方激戰，農民軍傷亡慘重。正在這個時候，降將闞陵忽然出現在陣前，他脫下盔甲，煽動農民軍說：“你們不認識我嗎？快住手吧！”因為作戰的農民軍有些是叛徒闞陵部下，他們看到闞陵，有人下拜，有人放下武器。李靖利用這混亂時機大舉進攻，攻下了博山、青林等地，農民軍死傷1萬餘人。接著李靖領兵進迫丹陽。輔公祏見大勢已去，棄城逃走，後在武康被俘，慷慨就義。武德七年為止，李唐統一天下。
梁師都在突厥的支持下苟延殘喘。貞觀二年，唐太宗趁突厥衰亂，派兵攻滅梁師都。
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