圖1 靈長類家族中的五個成員從左到右：長臂猿，人類，黑猩猩，大猩猩，紅毛猩猩。
上圖為靈長類家族中的五個成員，人類和猿類的骨骼有著類似的解剖學結構，這一點在幾個世紀前就確認了。但是科學家們採用分子生物鐘方法來研究靈長類動物的DNA時鐘時，他們發現最大的差異出現在猴類這個分支與猩猩、人類另一個分支之間，如圖2所示。
分子鐘顯示猴類同人類、猿類之間有著7%的DNA結構差異。分子鐘還表明長臂猿是最疏遠的猿類親戚，它們同其他猿類、人類之間有著5%的DNA結構差異。紅毛猩猩則和大猩猩、黑猩猩、人類之間有著3.6%的差異。這些發現表明長臂猿和紅毛猩猩在很久以前就同猿類家族中的其他成員發生了分化。今天，長臂猿和紅毛猩猩只在東南亞有出現。相反，大猩猩和黑猩猩只在非洲有發現，而那裡正是最早期的人類的家園。
在猿類中，最親近的兩個物種是兩類黑猩猩，即普通的黑猩猩和波諾波猿，它們的DNA有99.3%是相同的。我們的DNA與大猩猩之間有著大約2.3%的差異，與兩種黑猩猩之間都有著大約1.6%的差異。這也就是說我們的DNA與黑猩猩這一我們最親近的現存親戚之間有著98.4%的共同之處。換個角度說，黑猩猩最親近的親戚並不是大猩猩，而是人類。
圖2 左側的數字代表這些現代靈長類動物在DNA上的基因差異比例，右側的數字則對它們最近的共同祖先的生存時間以百萬年為單位進行了估計。
在圖2中可見，普通黑猩猩和倭黑猩猩之間有著大約0.7%的基因差異，並且是在大約300萬年前開始分化的；我們與任意一種黑猩猩有著1.6%的基因差異，並且是在大約700萬年前和它們的共同祖先產生了分化；大猩猩們的DNA和我們或者黑猩猩都有著大約2.3%的差異，大概是在1000萬年前同我們和兩種黑猩猩的共同祖先發生了分化。人類祖先同黑猩猩分開演化大概是在700萬年前，換句話說，人類在自己的道路上進行演化的歷程已經有700萬年了。我們同黑猩猩之間的基因距離要比兩種長臂猿之間的差異（2.2%）還要小。
我們和黑猩猩之間的基因差異要比任何兩個人類族群或任何兩個狗類族群之間的差異大得多。但相比其他相鄰的物種組對而言，我們和黑猩猩之間的差異是微小的。這意味著黑猩猩的基因上只出現了一個微小的改變就導致了人類行為上的巨大差異。按照基因距離的理論觀點，人類、普通黑猩猩和波諾波猿應該劃歸到同一個屬。從這個角度看，人類是黑猩猩物種下的第三個分支。
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