贵由，成吉思汗铁木真之孙、蒙古第二代大汗窝阔台之长子，蒙古第三代大汗。贵由成为蒙古帝国的大汗既有蒙古习惯经过忽里勒台大会推举，并且也符合窝阔台汗和蒙古诸王亲贵向长生天盟誓蒙古帝国的汗位只由窝阔台系所出，贵由在蒙古帝国的大汗称制是受到法理承认的，完全符合蒙古传统。
贵由本不是蒙古大汗的第一人选，而是窝阔台三子阔出，但阔出在征宋朝的战争中战死，使得贵由成为大汗的机会大增。阔出死后，窝阔台有让阔出之子失烈门继承，但并未定制。1241年11月，窝阔台因常年沉迷酒色中风而死，使得在外征战诸王匆匆停止进攻，回军本部。而此时西征军队正雄吞东欧，兵临维也纳；南方，蒙古军队和宋朝拉锯巴蜀地区。窝阔台的死，让蒙古军队数年的努力全部付之东流！蒙古下一个大汗是谁，才是诸王最关心的问题。
窝阔台死时，有军权，有继承资格的诸王远在千万里之外。贵由之母，六皇后乃马真趁机联合权贵，控制都城（哈刺和林城）。在诸王回师过程中，大肆贿赂有推举权的亲贵，给儿子贵由铺路。在母亲乃马真运作下，贵由成为首先赶到都城的诸王之一，贵由也成功在忽里勒台大会被推举为蒙古大汗。
贵由成为大汗后，对统治阶层进行了大规模调整和整治，以确保自身的绝对权威。贵由称汗只有两年，虽和诸国还有战事，不过更多的是小规模冲突。贵由主要将精力转移对内，梳理各部的脉络关系。窝阔台时期，贵由听令西征，知晓蒙古本部对万里之外的军队约束力几何。远在万里的军队对本部的忠诚取决于统帅的想法，一己之差都可能会导致两者之间关系的崩裂。
贵由西征期间，和长期征战、镇守西方的军将多有接触，也知晓随着大汗更迭、亲疏离别，西征军队对蒙古本部离心力的加大。东方的军队由于距离本部较近，而大汗的命令来往转递较快，所以约束力和忠诚度远高于西方的蒙古军队。蒙古军队早不不像成吉思汗时期一样，军队完全团结在大汗周围，赤术系在西方的做大已是事实。在推举贵由为大汗的忽里勒台大会期间，拔都就找借口不参加，将蒙古本部和西征军的矛盾公开化。西征军实力强大，几乎和蒙古本部也不逞多让。贵由在成为大汗后，对内部进行整合。第二年，贵由集结重兵，以巡视帝国和养病的名义西巡，想出其不意的突袭拔都，让取屈服。但贵由西巡的目的被托雷之妻唆鲁禾帖尼密告拔都，使贵由的计划落空，拔都调集兵马东行抗敌。拔都率领大军行至阿刺豁马黑（阿富汗地区），贵由在行至横相乞儿（今新疆亲河）暴毙，使得西巡在仓忙中结束。贵由汗的死，标志着一场大风暴向蒙古帝国袭来！
贵由汗死后，大权被皇后海迷失掌控，但海迷失并没有如贵由的母亲乃马真一样拉拢亲贵和辨别异己，也没有明确在窝阔台家族挑选一个继承人，任由贵由的两个儿子忽察、脑匆成立自己的府衙，另外阔出之子失烈门也被窝阔台家族和察合台家族的一些王合亲贵们推举出来成立府衙。驻守本部的窝阔台家族合察合台家族短视的争权夺利，使得本部出现了“一帐三府”的奇观，同时也忽略了来自托雷系和赤术系的威胁，完全忘记了窝阔台为何杀死托雷，贵由汗因何而死！
托雷系的蒙哥在赤术系的拔都的帮助下，成功取得蒙古帝国的汗位。在托雷系主导的全体蒙古诸王、亲贵参加的忽里勒台大会中，拔都派遣子嗣和十万大军护送蒙哥，成功威慑到达的诸王、亲贵，蒙哥正式取得了大汗位。
蒙哥取得汗位后，为了回谢拔都在推举大汗时拔都的帮助，给予了拔都在名义和事实上的统治特权。当然，此时的拔都在其西方驻地拥有远高于蒙古本部对其驻地的影响力，只不过这一次蒙古将拔都对驻地的权威明朗化。蒙古本部对拔都的金帐汗国权力和拔都是对等的，而对其他汗国却是明显的统治地位。这也足以说明拔都的强大使得蒙哥不得不妥协，虽然拔都帮助其争夺汗位，蒙哥的这一举动，使得金帐汗国在事实上和蒙古本部处于同一地位，高于其他世系的汗国。蒙古帝国虽名义上还在蒙古的掌控中，但实际上已经在西部分裂出来一部分。拔都金帐汗国的成功极大的激发了其他汗国的野心，让整个蒙古帝国躁动起来！
蒙哥登上汗位后，还对反对他的窝阔台系和察合台系的诸王、亲贵、附庸进行了大清洗。贵由的皇后海迷失、子嗣忽察、脑匆，窝阔台选定的继承人阔出之子失烈门、其母合答合赤，大臣镇海、合答等皆被处死。蒙哥还将侵袭延伸到附属国中，一大批支持和同情窝阔台系和察合台系的掌权者被杀和被囚禁放逐。蒙哥对窝阔台系和察合台系的清洗违背了蒙古的传统，也从根本上撕裂了成吉思汗世系的团结，让帝国上下处于隐形的动荡之中。
蒙哥成为大汗本就违背了原先窝阔台汗和诸王亲贵的盟誓，同时又大肆清洗迫害窝阔台系和察合台系让其他世系人心惶惶不可终日。金帐汗国在蒙哥即位后的特殊待遇也让其他汗国眼红，这让很多汗国心存不满。蒙哥成为大汗仅仅得到托雷系和赤术系的支持，蒙古本部的基本都反对其掌权，蒙哥从即位后，便在一定意义上失去了大多数蒙古人的支持。
蒙古帝国在贵由时期只有拔都依靠山高皇帝远，兼自身兵强马壮稍有听调不听宣的意思，但在蒙古即位后，诸王之间的争斗加剧，大汗的神圣地位急剧下降，蒙古大肆封锁托雷系诸王亲贵，其蒙古帝国成为托雷系的蒙古帝国，不再如过去一样成为大多数人的蒙古帝国！
贵由汗的死，标志着蒙古帝国的正统大汗一去不返，传统和盟约的效力不再，蒙古帝国维系的根本失去了，也就开始走向崩溃！
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