首先，為什麼清算張居正？肯定是多方面的因素綜合在一起，在官場的鐵腕陰狠手段，官場樹敵太多，個人僭越的行為等等都可以算，最後在萬曆十五年一件小事壓死了駱駝。徹底清算的種子在萬曆心中埋下了。我覺得主要原因還是皇權的絕對權威被挑戰了。下面詳細說一下原因。一、大的時代背景。
明嘉靖帝開始，由於疏於朝政，長期不上朝，雖然沒有讓國家有什麼大的動，亂，國家機器正常運行，但是朝中開始形成了不同利益代表集團：黨派，從萬曆往後不斷髮展壯大，黨派之間的爭鬥不斷加深，這就是明代滅亡的一股重要的催化劑：黨爭！不同黨派之間的攻擊在後來越發嚴重，皇帝都控制不了。
二、張居正的功績。張居正經歷三朝，從嘉靖到隆慶再到萬曆，從小學徒慢慢成長成內閣首輔，47歲那年正式從“進修班”畢業，期間經歷過徐階扳倒嚴嵩集團，高拱擠掉徐階，最後自己親手幹掉高拱，開始了歷史上轟轟烈烈的萬曆改革，採用了“一條鞭法”、“考成法”等等一系列鐵腕整治措施，個人性格極其張揚，政治上剷除政見相左者，經濟上讓萬曆朝國庫豐盈，人民生活水平也有了提高，絕不誇大，張居正的改革讓明朝實現了“中興”，為其續了一口氣，不然，明朝滅亡很可能會提前很多年。
三、這是萬曆其人。萬曆是一個從小和太監馮保非常親近的小皇子，由於明朝特殊的政治制度，導致宦官在皇帝的人生旅程中佔有比較重要的地位。而他個人的成長還離不開兩個人：他母親和張居正。母親是親人，張居正是他老師。野史喜歡說他母親和張居正有一些故事，這個不做評論，野史豈能當真？萬曆成年之後，張居正依舊大權在握，執行著自己的改革計劃。萬曆早年還算勤政，但是到了後期，開始了長達28年不上朝的記錄，而且後來還不願意立太子，誰觸碰這個問題就罷免誰（這一點很有意思，你慢慢看，我覺得也和清算張居正事件有關）。四、清算張居正主要原因。萬曆上臺時，是其母親聽政，張居正當主心骨管理國家。
後來一系列的鐵腕改革措施都是由張居正主張，皇帝象徵性的同意然後去執行的，底下的官員都知這是張首輔的政治主張，而不認為這是天子的智慧命令。後來改革成效很好，國家實現了“中興”，但是普通人民心中記住的依舊是張居正這個人（不排除官場會存在對於張居正的惡評以及聲討）。老百姓感恩戴德第一位的不是皇帝，而是張居正。這個在萬曆逐漸長大的心裡，至少作為一個皇帝心裡應該是很難承受的吧。而在他死後，普通老百姓依舊忘不了這位大恩人，在全國建祠堂祭拜，日常聊天感恩這位改革家，普通百姓知道他劣跡的也不算多，就算多也是功大於過的恩人。明代間諜和輿論監控系統非常完善，普通老百姓對於皇帝的評價當然會被萬曆知道。
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