同治七年七月二十日，曾国藩奉命调任直隶总督，成为天下各省督抚之首。直隶总督全称为"总督直隶等处地方，提督军务、粮饷、管理河道兼巡抚事"，驻保定，辖区包括了今天的北京、天津两市，河北省大部，河南、山东以及内蒙古和辽宁部分地区。因为手握兵权、负有拱卫京师之重责，故直隶总督在清代一直是最重要的一个总督职位。在直隶总督任上，曾国藩也开始一场吏治整顿。
清除劣员，整顿官风
在赴保定就任途中，曾国藩一路留心考察直隶的吏治，结果令他十分惊讶。他说直隶"风气之坏，竟为各省所未闻""此间吏治极坏"。
他发现，有的直隶地方官到任一年多，竟然没有升堂问过一次案。另一个问题是各地随便摊派抓差，以致穷人纷纷逃亡。
他认为，造成直隶吏治"败坏"的因素，首先是由于"大吏过于宽厚"，也就是以前的总督过于宽纵，给不法之徒以可乘之机："劣员此处败露，方惧严参，而彼处钻营，反得优保"；"玩上则簸弄是非，虐民则毫无忌惮"。
曾国藩决心一改在江南实行的宽厚政策，对当地官场痛加整顿，"大加参劾""严立法禁，违者重惩"。他对朋友们说，自己"素非苛刻者流"，这样做实在是基于形势迫不得已，"非刚猛不能除此官邪"。
在对属下官员们进行深入考察了解之后，曾国藩于同治八年（1869）四月将第一批应参应举之员汇奏朝廷。这次参劾的十一名劣员均为知县、知府以上官吏，他们大都是捐班出身，主要劣迹或是"性情卑鄙，操守不洁"，或是"貌似有才，心实贪酷"，
或是"擅作威福，物议沸腾"，或是"品行卑污，工于逢迎"，或是"专事夤缘，贪而多诈"，或是"浮征勒派，民怨尤甚"，或是"词讼置之不理，积压尤多"，或是"疏慵不理公事，……浮收勒派，贪名久著"。与此同时，又保举十名"贤员"。
九月上旬，他又递上第二批举劾官员的名单，包括参劾劣员八名，保举贤员九名。
清理积案，改变风气
汰换官员之外，曾国藩整顿直隶吏治的另一个着力点是清理积案。直省"风气甚坏"的一个重要表现是各级官员懒于公事，极善拖延。曾国藩发现到同治八年（1869）旧历三月底止，直隶积压的同治七年以前的案件竟达一万二千余件。
仅保定府衙门中由朝廷交下来处理的重大京控上访（即越级直接上告到京师大理寺、刑部、都察院等衙门的案件，这些上访案件的处理原则一般都是发回当事的省份处理）案件就达一百三十余件。
这些案件，有延搁二三年的，有一拖就是八九年者。曾国藩说："吏治之弊，民生之困，端由于此。"
曾国藩接印视事仅一个月后，就拿出了积案处理方案：《直隶清讼事宜十条》及《直隶清讼限期功过章程》。
在章程中，他要求：第一，"通省大小衙门公文宜速"。曾国藩指出，办事拖延之病，虽各省都有，但"直隶则似更甚"。现在军务已竣，曾国藩发誓要"力挽积习，与诸君子舍旧图新"，他要求"通省上下皆以勤字为本"。凡是上司要下属查明或办理的事，都要明定期限，违限记过，凡小过达到六次，大过达到三次，就要撤差撤官。
第二，首先整顿保定府发审局。保定为首府，起着全省的表率作用，因此率先整顿。他要求保定府彻底杜绝府役、门丁得钱卖放、行贿嘱托、任意讹索之弊。
第三，要求州县官必须躬亲"六事"，不得听信幕友丁书。所谓六事，即"亲收状纸""亲核案情""亲发传票""亲自勘验""亲定期限""上报案件亲自经理"。直隶向来逢三日、八日为老百姓告状之期，由门丁、典史等受理讼状，地方官从不亲自受理，积压多日，且最后往往由幕友拟定处理意见，地方官根本不过目，甚至缠诉已久而地方官还不知道告的是什么事。官府效率之低下通常拖得原告被告精疲力竭、倾家荡产，有时双方不想再打官司了，想收回诉讼，仍然被按例拖延，迟迟无法撤诉。
所以曾国藩提出了这六条要求：第一，放告之期，地方官必须亲自收状。即收押、释放人犯和处理、判决的文件、布告、榜文，要地方官亲自拟稿、过目、审定。
第2， 能断的案件，立予断结。不能断的案件，交幕僚拟批。但必须亲自细核，分别准驳。
第3， 第三，准理者，差票传人，必须亲自删改。第四，命盗案件，以初起招供为重，必须亲自勘验，愈快愈好。第五，承审期限，何日解勘，何日详结，必须亲自计算。第六，监禁管押之犯，常往看视。每日牌示头门，每月册报上司，必须亲自经理。"六者皆能躬亲，则听讼之道，失者寡矣。如其怠惰偷安，不肯躬亲者，记过示惩；如其识字太少，不能躬亲者，严参不贷。"
第四，"禁止滥传滥押"。差役在办案时，通常会把尽可能多的人牵扯到案内，管押起来，以借机勒索。曾国藩规定，各级官吏在清理讼案时，"不准多传"人犯、人证；而所传之人证，"非命盗大案，不准轻于管押"，凡管押之人，必须挂牌明示，注明日期，"俾众周知"。如未悬牌，或牌上人数与实际管押人数不符，家属可以喊冤，总督还要派人秘查，查明属实，将记过严惩。
第五，"禁止书差索费"。曾国藩强调，丁书索费之恶习必须彻底改变，否则"一字到官，百端需索；疮痍赤子，其何以堪 !"他要求各级官吏必须尽除这一积弊。如果访察得有索费实据，必定"随时严惩"。
第六，"四种四柱册按月呈报悬榜"。"四种"指的是有关积案、监禁、管押方面的旧管、新收、开除、实在这四种不同类型；"四柱"指的有关逃犯方面的旧逸、新逸、已获、在逃这四种不同类型。曾国藩严格要求各州县官及时将这"四种""四柱"汇齐上报，"存于三处官厅，大众阅看"。如有不报者，或报而不实者，"立予记过"惩处。
第七，"严治盗贼，以弭隐患"。他要求各级文武官员"专讲捕盗之实政，不尚会缉之虚文"，将所获之"犯"分为两种办法处置：一是"赃少而情轻者"，仍照旧例"招解斟转"；二是"赃多而情重者"，及时禀请就地"照军法从事"。对于平时那些不能"治本治标"的官吏，予以"记过撤参"；而对那些能够认真缉捕的官吏，"则予以重奖"。
第八，久悬未结之讼案应"核明注销"。曾国藩认为，有些民事案件本来就不严重，只是打官司双方因一时愤起，事后原被告双方"情甘罢讼"；有些民事案件，本因刁民凭空捏造事实诬陷他人，所以不敢到案对质。对于此类案件只要查有实据而又无法了结，就应当在两个月之后将案件注销，"以清积牍"。
第九，"分别皂白，严办诬告、讼棍"。曾国藩认为，直隶"健讼逞刁者亦复不少"，要求各级官吏"确究虚实"，分清是非黑白，"不稍含混，一变向来麻木不仁之习"。对于那些"积猾玩法"之讼棍，除照法律断案之外，"再加严刑以痛苦"，以达"救一时之弊"的目的。
第十，"奖借人才，变易风俗"。要把扫除邪风与伸张正气同时推进。
在他的严厉督促下，整个直隶官场迅速行动起来。到同治九年二月初二日，也就是曾国藩接直隶总督印一年后，曾国藩奏报说，已经结清了同治七年（1868）以前的旧案一万两千零七十四件，同治八年以来的新案两万八千一百二十一件；现在旧案只剩九十五件，新案只剩两千九百四十件。在如此短的时间之内，将这三万余件复杂的新旧案件据实迅速结案，实在不是一件轻而易举的事情，可见曾国藩付出心血之巨大。
曾国藩的心血没有白费。他的所作所为给全国各省树立了良好的榜样。他制定的《直隶清讼事宜十条》及《直隶清讼限期功过章程》切中时弊，有相当大的可操作性，不久被清廷多次印行，颁发各省，以便各地督抚参照执行。
曾国藩拼了老命，直隶官风也大为改观，然而，曾国藩本人并不满意。他说："年内两次举劾，虽舆论尚谓不谬，而官场习气全未转移。"就在曾国藩准备将整顿吏治进行到底之际，发生了"天津教案"。之后他又调回两江总督原任，直隶吏治整顿半途而废。
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