空軍獨立
二戰後，美軍一躍成為世界最強大的軍隊，但陳舊的軍事體制已不適應新的軍事環境，軍事機構改革勢在必行。
首先，如何化解陸海軍根深蒂固的矛盾，是一大難題。美國憲法頒佈後，正式建立了美國陸軍與海軍。從建軍之日起，兩軍種間的鬥爭就從未停止過，而美軍部隊的作戰指揮權則一直由海陸兩大部分別把持，這令美軍難以有效行使統一軍令。
其次，各軍種間各自為政、重複建設的浪費現象嚴重。早在杜魯門擔任國防計劃委員會主席期間，陸海軍的雙重浪費就曾給他留下過深刻的印象。二戰期間，美軍實施聯合作戰的戰例還鳳毛麟角。美軍最大規模的兩棲登陸作戰諾曼底登陸，是由陸軍為主組織實施的；而瓜島和沖繩戰役，則是由海軍為主實施的。二戰的經驗和教訓，無疑是美軍建立統一領導指揮體制和組建一個統一的軍事機構的催化劑。
1945年10月，一項統一陸海軍的議案提交到國會。然而由於各軍種間利益分歧嚴重，始終無法達成共識。以艾森豪威爾為首的陸軍，不遺餘力地宣傳軍種聯合的好處，其“醉翁之意”是力圖將海軍陸戰隊歸併到陸軍中來，組建陸軍的兩棲作戰部隊，樹立陸軍在新的國防機構中的主導地位，因此陸軍直對美軍的政令一體化制度持積極態度。與此同時，陸軍航空兵部隊已經脫胎換骨，逐步成為一個名副其實的“第三軍種”。陸軍航空兵部隊司令人主參謀長聯席會議，標誌著美軍組建獨立的空軍不過是時間問題。此外，戰後狂熱的空軍活動分子到處鼓吹組建獨立的空軍，要求將陸海軍的飛機統一劃歸空軍指揮。陸軍雖對陸航隊的“自立門戶”心有不甘，但陸軍深知陸航隊的獨立和空軍的組建是遲早的事。於是，陸軍通過力挺空軍來換取其對陸軍“併購”海軍陸戰隊的支持。海軍當然清楚統一作戰指揮的意義，但海軍既想擁有自己的空中部隊也想擁有自己的地面部隊，所以海軍將領特別擔心一體化制度和空軍的組建，會使其失去海軍航空兵和陸戰隊兩大核心兵種，進而損害海軍的整體利益。
為平息紛爭，杜魯門不得不在一些關鍵問題上妥協：採納陸軍的意見，成立政令統一的國防部；響應空軍活動分子的要求，組建獨立的空軍；支持海軍的意見，艦載航空兵和海軍陸戰隊繼續留在海軍。在此背景下，美國陸海軍部長最終在統一管轄問題上達成協議。1947年7月26日，杜魯門總統簽署《國家安全法》，組建了國家安全委員會、國家軍事部（國防部的前身）、空軍部和參謀長聯席會議，並建立了由國防部長、參謀長聯席會議以及獨立的空軍、陸軍、海軍部組成的國家軍事體制。然而，1947年的《國家安全法》是在暫時妥協的基礎上建立起來的，因此國家軍事部只是一個鬆散的聯盟，難以充分行使統帥機關的職權，而且該法案未對各大軍種的具體任務和角色分工作出明確規定。先天不足的法案，因此為戰後美軍內部爆發的規模最大的紛爭埋下了伏筆。
海軍造反
美軍認為：隨著核武器的誕生，戰略核轟炸必將成為未來具有決定意義的作戰新模式。戰後，杜魯門政府對蘇“遏制”政策的出臺，更加堅定了美國發展戰略空軍的決心。剛剛成立2年的戰略空軍，在1949財年的軍費預算中就獲得了100多億美元的鉅額撥款，引起陸海軍的強烈不滿。而同時擁有航空兵部隊的海空軍，為爭奪戰略空軍部隊，展開了一場新的惡鬥。這場鬥爭的焦點主要集中在2大軍種武器發展計劃上：即海軍的CV-58“合眾國“號超級航母計劃和空軍的B-36°飛行武器庫”戰略轟炸機計劃。
海空軍運用各自的影響力，在公開和秘密場合互相攻擊。由於國家軍事部只是一個鬆散的聯盟，對兩大部的明爭暗鬥根本無法進行制止。以尼米茲為代表的海軍認為，”合眾國”號是海軍在戰後裝備的第一艘超級航母，該航母具有起降戰略轟炸機等大型飛機的能力，是海軍在核時代爭奪預算的本錢。而以李梅為代表的空軍則認為，B-36作為世界上第一種具備洲際轟炸能力的戰略轟炸機，對保持美國的核優勢具有舉足輕重的意義。
由於預算有限，研發項目只能二選這使得海空軍原本已經劍拔弩張的矛盾再度激化。時任國防部長的福萊斯特曾擔任過海軍部長，所以海軍在最初的爭奪中佔據了上風。CV-58計劃順利通過，並於1949年3月18日開工，因此海軍不少將領不免對此沾沾自喜，但由於福菜斯特對杜魯門政府削減軍費開支政策持反對態度，加之媒體不斷曝光其精神狀況不佳，福菜斯特不得不於3月28日被追辭職。新任國防部長由空軍混路易斯約翰遜接任。約翰遜上臺後，不僅未經國會批准就取消了超級航母計劃，還在參謀長聯席會議上一再壓制海軍經費，這成為著名的“海軍上將造反事件的導火索。大批海軍名將紛紛表示抗議並憤而辭職，多位海軍退役將領海軍有關的政府與企業界人士，以及失掉定單的造船廠所在地的官民各界，都對杜魯門政府朝令夕改的政策極為憤怒。隨後，以太平洋艦隊司令阿瑟，雷德福上將為代表的海軍高級將領，再掀風波。他們公開發表叛亂性聲明，大肆攻擊約翰遜的國防政策和空軍的B-36轟炸機計劃，在美國上下引起了軒然大波。
海軍曾秘密組建了一個0P-23特別辦公室，主要負責爭奪美國國會和公眾支持，以便不擇手段地打擊空軍的B-36轟炸機計劃。1949年6月，一份匿名文件不僅記載了登菲爾德等海軍高級將領對約翰遜的國防政策的強烈不滿，還指控空軍部的有關官員和高級將領在B-36計劃中存在著敲詐舞弊和收受賄賂的不當行為。在國會聽證會上，空軍部長與空軍參謀長逐條批駁了雷德福的觀點，國會在調查後也認為海軍的許多指責缺乏合理性，經過深入調查，海軍所提供的“文件“被證明是偽造的，而其背後的始作俑者正是OP-23辦公室。
海軍在這場鬥爭中成為徹底的失敗者：海軍作戰部長登非爾德被迫“提前退休”，彈送了前程；海軍部長出身的前任國防部長福萊斯特，也由於軍種鬥爭所導致的精神失常而自殺身亡。最後，這場海空大戰”以海軍失信於天下而告終B-36計劃繼續進行。
表面上看，海空軍是在“合眾國“號航母和B-36轟炸機之間存在矛盾，但事實上，卻是兩大軍種爭奪核戰爭主導權的鬥爭。在“合眾國”號航母計劃下臺後美國國會立刻表示可以為海軍造一艘小點的航母，並很快通過了這一決議。這艘航母就是日後的“福萊斯特”號。“福菜斯特“號與“合眾國”號在噸位上相差無幾，造價也相當，唯一不同的是“福萊斯特“號不能起降戰略轟炸機。由此可見空軍提出的造價等理由只是一個藉口真實原因是海軍觸及到了空軍的核心利益。其實，海軍並不適合擔負戰略轟炸任務。然而此後相當長時間內，為了確保預算，海軍的攻擊機都被賦予了核轟炸任務，甚至連A-4“天鷹”都被賦予了核打擊的能力
“海軍上將造反”事件，使美國高層意識到強化國防部權威的重要性。1949年8月10日，國會通過了《國家安全法》修正案，將結構鬆散的“國家軍事部”更名為“國防部”，使其升級為內間部，並進一步強化了國防部長的權力將陸、海、空3大軍種部的級別由內圖部降為國防鄙的直屬部，軍種部長不再是國家安全委員會和內圈的成員。此外，為了限制軍種間的惡性競爭，設立了參謀長聯席會議主席一職，作為總統和國防部長的首席軍事顧問，由軍隊高級將領擔任，而這也奠定美國現代國防統帥體制的基礎。
陸空大戰
1950年6月，隨著朝鮮戰爭爆發美國各大軍種在國防體制改革過程中的恩怨暫時平息。然而，朝鮮戰爭結束後圍繞朝鮮戰爭中的利弊得失，以及全球戰略形勢和美國國防戰略的巨大變化各軍種間的矛盾再次尖銳起來，其中陸空軍圍繞軍費預算的分配而展開的“口水戰”，成為此次鬥爭的焦點。
1953年，艾森豪威爾上臺，對杜魯門政府的遏制戰略進行全面修訂。然而艾森豪威爾政府非但不修正全面核戰爭理論的謬誤，反而將對核武器與全面核戰爭理論的迷信推到了登峰造極的地步。在此背景下，艾森豪威爾政府提出了大規模報復”戰略。
“大規模報復”戰略認為：未來戰爭必定是一場核大戰，而戰略空軍的遠程轟炸機和陸基洲際彈道導彈將是其主要倚重的力量。上世紀50年代中期，空軍的軍費預算已佔總額的70%，大批新式戰機相繼列裝，空軍走向其發展的“黃金時代”。相形之下，在朝鮮戰爭中發揮重大作用並付出慘重代價的陸軍，發現自己再一次成為了配角。戰爭結束後，陸軍成輪裁軍的主要對象—多個海外基地關閉，許多武器研發項目也被迫下馬，導致陸軍的武器裝備日漸陳舊、士氣低靡。有鑑於此，朝鮮戰爭後陸軍參謀長馬修，李奇微因不滿艾森豪威爾政府對陸軍的漠視，提前離職。1955年，馬克斯韋爾，泰勒將軍出任陸軍參謀長。1956年，按艾森豪威爾的平衡預算指示，國防部長查爾斯，威爾遜將軍費預算最高年度總額限定在360億美元，並按發展重點分配經費。對此，參聯會主席雷德福以犧牲陸軍常規部隊為代價，來保證海空軍發展，這也拉開了美軍內部新一輪鬥爭的序幕。根據雷德福計劃，美軍駐歐和駐亞陸軍部隊將從1957年起縮編為配備戰術核武器的小型特遣隊，而駐紮本土的陸軍部隊也將大幅裁減，並主要執行民防任務。從總體看，這一計劃將陸軍降到國民警衛隊的水平，因此遭到陸軍強烈抵制。
為維護陸軍利益，陸軍參謀長泰勒運用各種手段破壞雷德福計劃。陸軍甚至將該計劃的一些細節透露給媒體，以致在西方盟國引起一片恐慌。西方盟國擔心美國如此大幅度削減海外駐軍，將會使其分擔更多的防務負擔，因此紛紛向森豪威爾施加外交壓力。迫於外界壓力，美國不得不表態將修改雷德福計劃。此間，陸軍大力遊說艾森豪威爾為其服投幾十年的陸軍說句話，但艾森豪威爾始終不支持陸軍。因此，陸軍不得不面對雖然不像計劃中那樣駭人，但也足以使陸軍傷筋動骨的裁減。陸軍由140萬人削減到87萬人，16個師。
為應對危機，以泰勒為首的陸軍提出了“靈活反應戰略”，認為以朝鮮戰爭為代表的有限戰爭將成為核時代未來戰爭的主流模式，而以陸軍為核心的常規武裝力量的作用才是最重要的，所以應重視陸軍的發展。與此同時，陸軍還主張預算的分配不能再按軍種分類，而應極據統一指揮的原則實施，根據各戰區聯合司令部所承擔的任務來確定所轄各軍種部隊的比例，按任務統一考慮軍費預算。由於當時西歐和東北亞等全球熱點地區的美軍聯合司令部都是陸軍的“勢力範圍”，因此陸軍將成為軍費分配的最大贏家。
然而，由於美國戰略核力量由海空軍掌控，所以海空兩軍聯合反對陸軍的主張，陸軍勢單力孤。艾森豪威爾連任總統後，羅伯特·麥克羅伊接替威爾遜任國防部長，而空軍出身的內森·特文寧出任參謀長聯席會議主席，基本延續了“大規模報復”戰略的框架。泰勒和姆斯·加文等一大批陸軍高級將領又重蹈了幾年前李奇微的覆轍，被迫提前退體，這也使陸軍的士氣再受重創。
上世紀50年代前後，各軍種間的悉鬥，使艾森豪威爾認識到當前的國防部體制無法實現聯合作戰，因此責成麥克羅伊改革國防部。麥克爾羅伊組成了一個特別委員會，起草了一份法案，而該法案很快就獲得了國會的通過，1958年8月6日，艾森豪威爾簽署了這一法案，即《國防部改組法》。該法案並未限制國防部長的權力，但卻明確規定了從總統、國防部長到各聯合司令部和特種司令部司令的作戰指揮序列，撤銷了3軍種部對本軍種部隊、各聯合司令部和特種司令部的作戰指揮權，因此3大軍種部只行使行政管理權而無軍隊指揮權，其權力被徹底削弱。1958年出臺的《國防部改組法》，正式確立了美軍行政領導與作戰指揮相分離的軍事領導體，這一結構一直延續至今，自此，美軍的作戰指揮權逐步由3大軍種部轉移到了以地理和職能為核心的聯合作戰司令部手中，也由此開啟了美軍聯合作戰體制的新時代。
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