孔贞干，字用济，号可亭，孔子第六十三代嫡孙，生于明武宗正德十四年（1519）十一月初七日，世宗嘉靖二十五年（1546）袭封衍圣公。《阙里志》卷十五记载了孔贞干当时的袭爵制书：“朕闻孔子以万世为王，盖其道德高厚，教化无穷，故所以报以其后者，建以上公，子孙承继，永作宾于王家，不独享祀之隆而已也。尔袭封衍圣公孔贞干，乃孔子六十三代孙，性姿温粹，器宇端凝。考古好文，无忝圣人之胄；象贤崇德，宜踈世爵之封。爰示褒章，用昭宠数。於戏！阙里之裔，以尔为嫡，则尔乃礼义之所宗也。惟秉心寅慎，乃可以对光灵；惟制行光明，乃可以表姻族。惟礼物恪修，乃可以系四方之望；惟文献不墜，乃可以为百世之徵。尔惟懋哉，斯承朕之无斁。”
嘉靖三十五年（1556）七月，孔贞干抱病赴京贺世宗四十九岁“万寿节”，至京而“疾亟”，世宗遣御医徐炜诊视，八月初八日卒于北京衍圣公府，终年三十八岁。孔贞干去世后，世宗惊悼，问“疾何由，殒何亟也？”遣礼部侍郎袁炜谕祭，“祭凡九坛”， 赠恤祭，即命贞干之子孔尚贤承袭世爵，并特许使用驿道，一路护送灵柩返回阙里，并遣行人何煃送葬护丧，“宠莫隆焉”，葬仪悉如前代衍圣公之礼，次年二月归葬于祖墓西北。
孔贞干德配张氏，兴济人，明孝宗孝敬皇后母弟、建昌侯张延龄之女，正德十六年五月二十日生，嘉靖三十年七月二十五日卒，时年三十一岁。封夫人。子一孔尚贤，女一。
清康熙15年2月23日衍圣公府给卜子夏后裔卜宗先的劄付（图源网络）
孔尚贤，字象之，号龙宇，又号希菴，孔子第六十四代嫡孙，生于明世宗嘉靖二十三年（1544）七月初二日。嘉靖三十五年，孔尚贤随父赴京朝贺万寿节，却遭父丧。尚贤之父孔贞干病逝于北京衍圣公府后，明世宗即命孔尚贤嗣爵袭封。考虑尚贤年幼，当时世宗并特别勅令吏部曰：“孔尚贤着袭封衍圣公，族人等敢有恃强欺害他的，许孔尚贤奏来治罪。你部里还行文与抚按官知道。”又勅山东巡按曰：“谕孔氏族人善视之。否，治罪。”（《阙里志·卷十五》）
《阙里志》卷十五记载的当时明世宗对孔尚贤颁发的袭爵制书说：“我国家稽古政治，一惟孔子之道是循是式。粤自祖宗列圣以逮于朕，尊崇之典愈隆弗替，尤必宠其后人，绍封奉祀，所以致无穷之报也。尔孔子六十四代孙袭封衍圣公孔尚贤，赋资明敏，早承诗礼之传；秉志恪恭，不忝神明之胄。眷惟国典，宜有褒嘉，是用锡之诰命，以为尔荣。夫崇德貤恩，朕乃率循乎彝典；象贤济美，尔宜光绍乎前休。尚其益，厥懋修，庶以振祖风而延令誉。钦哉！”
《阙里文献考·世系》又载：“嘉靖三十五年袭封衍圣公，时年十四岁。巡抚丁以忠上言‘尚贤冲年，宜如弘绪例，肄业国学’，诏从之。”孔尚贤于嘉靖三十五年袭封，但因年龄尚小，世宗便听从了山东巡抚丁以忠的建议，参照旧例，先让孔尚贤到太学学习，至三十八年（1559）才正式袭爵。
自朱明开国以来，放在大环境的视野下，到孔尚贤此时属于一个承平时期。而通过近二百年的休养生息，此时的阙里孔氏人丁日趋繁多，但也自有贤愚不一，族众时有乱礼违纪而难以管束者，作为孔氏大宗主的衍圣公孔尚贤遂无奈于嘉靖四十一年（1562）上奏于朝，寻求支持。当年九月，明世宗勅谕曰：“惟我祖宗列圣，稽古右文，崇儒重道，于先师孔子特隆象贤之典。其大宗之裔，锡爵嗣封，承奉祀事，统摄宗人。其支庶之众，亦加优遇。肆朕率循旧章，恩礼益至。顾族属既繁，哲愚非一，往往干犯国宪，有玷圣门。兹特赐尔勅谕：令尔尚贤督率族长、举事管束族众，俾各遵守礼法，以称朝廷嘉念至意。尔宜修德谨行，以身先之。如有恃强挟长，朋谋为非，不守家法者，听尔同族长查照家范发落。重则指名具奏，依法治罪。尔其钦承之。”（《阙里文献考·卷九》）嗣后，明穆宗隆庆三年再次谕令孔尚贤约束族众，保举贤德，惩处不法。
传统宗法制度的主要特点是在严格区分嫡庶、确立嫡长子优先继承权的前提下，在宗族内部区分大宗、小宗，但无论大宗、小宗都以正嫡为宗子，宗子具有特殊的权力。衍圣公是孔子嫡裔，在政治上是世袭公爵，在家族中则是全国孔氏族人的大宗主，于孔氏家族中居于最高统治地位。《仪礼·丧服·传》云：“大宗者，尊之统也。大宗者，收族者也。”“敬宗者，尊祖之义也。”此处所谓的“宗”就是指的宗子，尊祖就要敬宗子，因此尊敬宗子就是尊敬祖先。而所谓“收族”，则是统聚、率领全族的意思。尊祖和敬宗，是传统宗法制度的最基本原则，这个思想在儒学经籍中是极其清晰和明确的。另外，孔氏大宗主衍圣公还是诸贤哲后裔共同的大宗主。孔子是万世道统之宗，诸贤哲之从祀孔庭，除了本身发扬儒学之外，还因与孔子系师弟子关系而配享其间，因此，孔子嫡裔自然成为诸贤哲后裔的共同宗主。这种世袭的师弟子之间的宗法关系，是道统和血统的结合，也是宗法关系的一种延伸。诸贤哲嫡系后裔在本族处于宗主的地位，而他们尊奉孔氏大宗主则又如小宗之尊奉大宗。因此，在宗法关系上，孔氏大宗主统率诸贤哲后裔和统率孔氏族人是一样的。
清乾隆年间之钦定孔氏家规（图源网络）
在现存文献记载中，所能见到最早的孔氏族规正是于明万历十一年（1583）孔尚贤时期所制定，这份《祖训箴规》，又称《原颁条例》，共十一条：
袭封衍圣公府为申命礼仪事：尝闻木之有本，本之盛者木必茂；水之有源，源之深者流必长，此皆理势之自然明著而易见者。我先祖宣圣，万世礼乐宗师，德配天地，奕世教学楷模，道冠古今。子孙蕃庶，难以悉举。故或执经而游学，或登科而筮仕，散处四方，所在不乏，然虽涣犹之聚也。今据族人等具有始终本末，请颁祖训箴规等因，可谓兴水木本源之念，不忘世系。所从所愿，合行给榜开其条件。于以昭有德，于以示将来，不事繁文，共为遵守。须至榜者。
计开：
一、春秋祭祀，各随土宜。必丰必洁，必诚必敬。此报本追远之道，子孙所当知者。
一、孔氏子孙寓居州县，朝廷追念先圣，优免差役，勿得因而隐占他姓，以蠹有司之所。
一、崇儒重道，好礼尚德，孔门预知而素行者。为子孙者，勿嗜利而忘义，以干吏卒，出入府县衙门，有亏先德。
一、有司科派，各随地亩钱粮，为子孙者，勿得包揽，有犯祖训家规，以（罹）刑宪。
一、有司差役各验丁力，不可假以先圣子孙，为人嘱托，有违法律。
一、谱牒家规，正所以别外孔而正宗派者，子孙勿得勾相誊换，以混来历宗枝。
一、孔氏嗣孙非常人也，男不得为奴，女不得为婢。凡有职官员，不可擅辱孔氏嗣孙，遇大事申奏朝廷，小事谅情责究。
一、婚姻嫁娶，所以正理伦，为子孙间有不幸再婚再嫁，必慎必戒。
一、民间词讼，所犯自有虚实，有司各从理断，勿得为人所惑，有坏心术，以损阴德。
一、儒冠儒服，所以昭先德、显家声者，子孙岂可借之往来官府，有干民事，以取羞辱。
一、祖训宗规，朝夕教示子孙，务要读书明礼，显亲扬名，勿得入于流俗，甘为人下。
该族规榜示全国孔氏族人一体遵行，今存各地流寓孔氏族人的谱牒中也多有收录。
嘉靖四十五年（1566）春，曲阜世职知县缺出，朝廷决定改变原来由衍圣公保举、部选授领勅赴任的办法，改由衍圣公保选二人送抚按考试后题授。孔尚贤奉命保举孔氏子孙贤良者二人，送抚按考试，题授曲阜世职知县。十二月，明世宗驾崩，裕王朱载垕即位，是为明穆宗。穆宗隆庆元年（1567）秋八月，帝幸太学，孔尚贤应召陪祀并分献四配。九月，穆宗遣尚宝寺卿刘奋庸来阙里祭告孔子：“追惟先师，道兼群圣，教备六经，历代帝王是宗是式。兹予践祚之始，良深景慕之怀，特遣廷臣，用申祭告。伏翼昭垂训迪，永祚皇猷。”隆庆三年（1569）春，山东巡抚都御史姜廷颐诣阙里孔庙后，看到庙庭颓敝，便倡议筹资修葺孔庙，得到当时河道都御史翁大力和巡按御史周咏等人的积极响应。此次修葺，始于是年闰六月二十二日，告成于当年十一月。“诸殿、寝、门、庑、堂、阁、斋、亭灿然改观”，杏坛旧貌也得到更新，并增置了石楹重檐。在棂星门之外又拓地改道，以使其远离街市，保持了庙庭的庄严。另据乾隆《曲阜县志·通编》记载，隆庆五年（1571），衍圣公孔尚贤参奏原任知县孔承厚，言其“恣情骄愎，概占县事，乞以冗员裁革，仍赐究处。”
隆庆六年（1572），明穆宗驾崩，其子朱翊钧即位，是为明神宗，次年改元万历。万历元年（1573）夏四月，遣尚宝寺丞张孟男诣阙里祭告孔子。万历四年（1576）春，六十二代衍圣公孔闻韶继配卫太夫人卒，神宗遣布政使参议周舜岳谕祭。秋八月，神宗幸太学，召孔尚贤赴京陪祀，当时孔尚贤正居祖母卫太夫人之丧，以制在身，遂请辞陪祀。万历七年（1579）孔尚贤入京为神宗祝寿，神宗看到孔尚贤也随朝官行礼，特下诏令衍圣公今后除了贺万寿节以外，不再常朝。《阙里志》卷二十四收录了当时时神宗御札勅令：“朕昨御门听政，文武百官原为承旨奏事，衍圣公孔尚贤不在文武职官之列，朕以宾礼待之。今后不必常朝，只以万寿入贺，事毕辞回，永为定例。”明神宗朱翊钧的这个谕令，是继明太祖之后，再次明确表明有明一朝对衍圣公的待以宾礼的礼遇制度。这个历史文献也记载于《明神宗实录·卷九十》“万历七年”条。孔尚贤备受明代诸帝优礼，酬渥叠隆，史载神宗待孔尚贤礼遇甚厚，“命坐、赐茶，缨绅交羡焉。留京师赐第，不听。归，惟杜门读书而已。”
万历八年夏五月，神宗诏免孔子后裔赋役。十五年（1587），山东巡按史毛在请在三氏学中增入嘉祥曾氏子弟，得到批准，并改铸四氏学印信，其制，一体比照国子监之例，自此四氏学之名遂定。二十年（1592），巡按御史何出光创建圣迹殿于阙里孔庙，立石刻圣迹图一百二十副。二十二年（1594），孔尚贤请得应袭长子比照勋卫之例，题准十五岁赐二品冠服、麟袍、犀带，曰“公世子”，崇祯二年又加玉带，再至后来的清顺治二年遂成制度。
熹宗天启元年（1621）秋七月，新即位的明熹宗遣顺天府府丞姚士慎诣阙里祭告孔子，其文曰：“惟我先师，生民未有，百代莫前，凡在斯文，实均仰戴。兹予肇位，景慕良深。特遣廷臣，虔申祭告。尚资神化，永祚皇明。”
孔尚贤历明世宗、穆宗、神宗、光宗、熹宗五朝，三逢明帝幸学而奉诏陪祀，蒙“宠遇备极”，于明熹宗天启元年十一月二十四日病逝于北京衍圣公府，距其生年嘉靖二十三年七月初二日得寿七十八岁。自明神宗即位后，孔尚贤实际长期居住在北京衍圣公府，杜门读书，研思儒学，阙里祖庙奉祀则主要由其长子孔胤椿代摄。而孔尚贤对于孔氏家学也颇有精辟、独到之见，根据《阙里文献考》的记载，其曾对人讲述儒门心性之学时说：“人之心体本自湛然，习气之憧扰四出。惟以明还明，朗若初体，则学之能事毕矣，外而事业，千流万派总发源于此。”孔尚贤去世后，“上谕祭九坛”，遣礼部尚书孙慎行谕祭，行人卢时泰护丧归葬阙里，命工部造坟，葬祖墓西北。崇祯元年（1628）追赠太子太保，三年，晋赠太子太傅。
孔府旧藏六十四代衍圣公孔尚贤衣冠像
孔尚贤元配严氏，江西分宜人，累进吏部尚书，谨身殿大学士、少傅兼太子太师，少师、华盖殿大学士严嵩之女孙，工部侍郎严世蕃之长女，嘉靖二十六年五月十四日生，万历三十年十月十三日卒，终年五十六岁，无所出者；侧室张氏，嘉靖三十一年（1552）十月初九日生，天启七年（1627）一月三十日卒，寿享七十六岁。孔尚贤二子孔胤椿、胤桂皆张氏所出。但孔胤椿钦赐二品冠带，未袭爵而卒；孔胤桂袭封翰林院五经博士，亦先卒。均无子嗣。是以孔尚贤取嫡次支堂侄、从弟孔尚坦之子胤植育为嗣，袭封孔氏世爵衍圣公。
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