企業導入阿米巴經營模式之後，內部經常會發生一個爭論，那就是總部的費用該不該分攤。很多人的想法是：“不分攤算了，總部那麼多費用，生產部經理拿著高工資，總經理拿著高工資，又跟我沒關係。再說了，我也不可控啊，所以你分給我幹嘛呢？”
結果有可能導致企業若干個基層阿米巴都有利潤，綜合成二級阿米巴後是虧損的，二級阿米巴里再綜合成一級阿米巴是虧損的，其主要原因是沒有公共費用分攤。
所以，企業必須要科學分攤公共費用。
阿米巴經營模式是由各個阿米巴自主經營、獨立核算的模式。企業在生產經營的過程中，需要將公共費用分排到各個阿米巴，將不能明確費用歸屬、不易直接計量費用數值、費用數值對經營結果影響較大、阿米巴確有從中獲益的公共費用由多個獲益阿米巴按一定的規則共同分擔。也許會有很多很多人問，公共費用能不能少分一點呢？總部的預算型阿米巴費用，其審核需要企業所有巴長裡面的80%的巴長同意通過才能夠確定總部費用的預算。如果超過20%的巴長不同意，就需要說出反對的理由，這樣就對總部的很多費用進行了控制。由於巴長開始關注經營了，自然就會減少很多費用。
阿米巴進行公共費用分攤的原因，歸納有如下三點
(1)將各類公共資源量化，全面鎖定各阿米巴的經濟責任。
(2)真實、客觀、合理、科學衡量各阿米巴的經營管理績效。
(3)提高人人都是經營者的使命感和責任感，將企業資源利用最大化。
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