瘟病、稻曲病是我國水稻生產上的主要病害，是制約我國水稻安全生產的重要因素之一。水稻主要病害防控應實施“預防為主，綜合防治”的植保方針。
1．選用種植抗病品種
通過對水稻品種抗稻瘟病和抗稻曲病綜合評價，在南方稻區種植的水稻品種中對稻瘟病和稻曲病抗性（耐病）表現較好的品種包括：天優華佔，宜優673，谷優627，T優5537，k兩優369等。因此，首先選擇應用抗（耐）病的水稻品種進行區域佈局種植，對有效控制兩種主要病害起到關鍵性的預防作用。
2．應用生物農藥防治
在稻瘟病、稻曲病發生初期，應用20%井岡黴素•100億孢子/克枯草芽孢桿菌可溼性粉劑或20億孢子/克臘質芽孢桿菌可溼性粉劑或200億孢子/克枯草芽孢杆可溼性粉劑等防治稻瘟病和稻曲病。在水稻秧苗期和孕穗期、齊穗期各噴一次。
3. 科學使用殺菌劑防治
在稻瘟病、稻曲病重發區，對種植感病品種的稻區，在感病期或病害流行時減量使用廣譜高效殺菌劑。可選用復配殺菌劑有：40%咪鮮胺銅鹽.氟環唑懸浮劑、27%噻呋•戊唑醇懸浮劑、30%氟環唑•三環唑懸浮劑、27%肟菌酯•戊唑醇懸浮劑、12%井岡黴素A•苯醚甲環唑可溼性粉劑等進行應急防控。在水稻秧苗期和孕穗期、齊穗期各噴一次，可實現一藥多治（對稻瘟病、稻曲病、紋枯病均有效）的減藥控害效果。
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