光緒三十四年十一月十四日、十五日，不到一整天的時間，清宮之中傳來了兩次喪鐘。光緒皇帝和慈禧太后相繼去世，清帝國一時之間群龍無首。當時，慈禧已經74歲了，老態龍鍾，去世還算情理之中，然而光緒才38歲，怎麼會在盛年突然駕崩呢？《清史稿》中的說法是比較官方的：
三十四年冬十月壬申，德宗疾大漸，太皇太后命教養宮內。癸酉，德宗崩。
一般來說，官方史書是正史，《清史稿》雖然一直沒有定稿，按照主編趙爾巽的說法也是“作為史稿披露的‘急救之章’，並非視為成書”，但它的重要地位還是不容忽視的。從這段很短的文字中，我們可以看出作者對於光緒的死因認定為病逝。
《清史稿》這麼說，是有根據的。按照清廷宮女、宦官的回憶訪談，光緒體弱是人所共知的秘密。而且，光緒在自己的日記中，還詳細地描述過自己的痛苦：
遺精之病將二十年，前數年每月必發十數次，近數年每月不過二、三次，且有無夢不舉即自遺洩之時，冬天較甚。
宮廷脈案中的記錄，我們得到的印象是光緒吃藥比吃飯還要多。所以，在相當長的時間內，光緒病死說還是為大多數人所接受。但是，因為光緒和慈禧特殊的關係和如此巧合的死亡時間，還是有大多數人認為其中必有蹊蹺。其中，光緒的繼任者溥儀，就在1964年出版的回憶錄《我的前半生》裡如此記載：
在死的前一天還是好好的，只是因為用了一劑藥就壞了。後來才知道這劑藥是袁世凱使人送來的。
光緒臨終前，溥儀已經被接到了宮中，但他當時只有3歲，自然無從得知這些。溥儀表示，自己所聽到的，都是宮中一個叫做李長安的太監告訴他的。實際上，這個太監的地位也有限，根本沒有機會參與其中，所以很多學者將其當作宮廷的傳聞，並不算證據。
尤其是溥儀將袁世凱作為元兇，就更缺乏信服力了。因為袁世凱是外臣，他送入宮中的藥劑，不可能隨隨便便就讓皇帝服用。可是，人們卻忽視了溥儀所說的重點：光緒是被毒死的，是非正常死亡。
直到2008年，在光緒和慈禧去世一百週年之際，由中央電視臺、中國原子能科學研究院、北京市公安局法醫檢驗中心、清西陵文物管理處等機構組成的“清光緒帝死因”專項研究課題組公佈了一份研究報告。諸多專家利用最新科技手段，歷時五年時間，通過光緒的頭髮、遺骨以及衣物等得出了結論。
這份報告的核心觀點就是光緒帝頭髮中的砷含量高於致死量的二百多倍，超過了正常人頭髮中砷含量的二千多倍，而且在周邊環境中並沒有發現砷汙染的痕跡，所以“光緒帝系砒霜中毒死亡”。
這份報告基本讓光緒的死因爭議塵埃落定，結束了長久以來“自然病逝說”與“被害說”的分歧。溥儀在回憶錄中的說法，被部分證實。於是，專家們集中討論的課題，又轉移到誰是殺害光緒帝的兇手上。
溥儀說的是袁世凱，然而還是那個理由，外官的藥物不可能輕而易舉就讓皇帝服用。溥儀的說法，難免是宮廷中太監因為痛恨袁世凱而無中生有的。
著名書法家啟功在《啟功口述歷史》中，記載自己的曾祖父曾經看見太監奉慈禧的命令，給光緒送去一碗塌拉（酸奶），他不敢阻攔，沒過多久就聽說光緒駕崩了。光緒即是慈禧的親外甥，又是慈禧的親侄子，還是慈禧一手帶大的。如果是為了權力之爭，在生命的最後一刻，慈禧還要將光緒先行毒死，那實在是太令人恐懼可怕了。
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