1：食品自身的天然毒素：天然毒素引起的食物中毒，主要是指有些動物植物中含有某種有毒的天然成分，往往由於這些動植物與無毒的品種類似，認識容易混淆而誤食，或使用方法不當而引起中毒。
例如，白果中的氰甙，河豚含有河豚毒素，河蟹死亡後產生的組胺等，有些動植物食品在一般情況下並不含有有毒物質，但儲存不當也會形成某種有毒物質，積累到一定數量，使用後也可引起中毒，例如馬鈴薯儲存不當，發芽後可產生龍葵素。
2：生物對食品的汙染。
許多生物如微生物，寄生蟲及蟲卵和昆蟲等都可造成生物汙染，許多汙染食品的微生物可產生對人，畜有害的毒素，其中有些是致癌物和劇毒物。
黴菌毒素:黴菌毒素主要是指黴菌在其所汙染的食品中所產生的有毒代謝產物。黴菌產毒只限於少數的產毒黴菌，而產毒黴菌中，也只有一部分菌株產毒。
細菌毒素：汙染食品的細菌的毒素，最主要的是沙門氏菌毒素，葡萄球菌毒素，肉毒桿菌毒素等。
寄生蟲及蟲卵的汙染，有的食品含有寄生蟲和寄生蟲卵，食用後對人體健康危害也很大，如絛蟲病，蛔蟲病，都是因食用了含有此類蟲卵的食品所致。
3：食品添加劑：食品添加劑的種類很多，主要有防腐劑，抗氧化劑，乳化劑，疏鬆劑，髮色劑與髮色助劑，漂白劑等，食品添加劑安全使用非常重要，理想食品添加劑應是有益無害的物質，但是，有些食品添加劑，特別是化學合成食品添加劑，往往都有一定的毒性，因此要嚴格控制使用量。
4：化學毒素汙染:化學毒素汙染包括各種有害金屬，非金屬，有機物，如汞，鎘，鋁，砷，農藥，工業三廢等對食品的汙染。
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