圣德太子的一系列改革，虽然取得了一定的成效，但没能从根本上动摇日本奴隶制基础，所以没能彻底地解决社会危机。在他死后，随着守旧派重掌大局，国内各方面矛盾进一步激化。
首先是部民的反抗斗争日益高涨。部民是日本奴隶制社会的主要生产力，他们辛勤耕作，支撑起整个国家机器的运转，但氏姓贵族们却视之为草芥，任意驱使他们参与战争、营造宫苑和寺庙陵墓等，结果一连几年农业歉收，导致百姓饥馑，灾情四起。在这种情况下，统治者依旧过着肉林酒池的奢靡生活，但部民因为没有食物，不得不食草根，甚至出现了小孩含着妈妈的乳头死去的悲惨画面。于是，不堪忍受的部民纷纷逃亡，甚至聚集山林，以打家劫舍为生。
其次是统治阶级土地兼并斗争不断。部民的逃亡和斗争使社会生产进一步停滞，氏姓贵族们的土地无人耕作，于是他们想出一个新的办法，那就是租佃制。他们把自己大片的土地分块出租给百姓，然后收取地租，这种新的劳作方法重新调动起了人们的劳动积极性，贵族们的收入得以大增。于是受利欲驱使，贵族们展开了一场空前的争夺土地的斗争，有势者甚至还把国家的土地占为己有。这样，氏族与氏族之间氏族与皇族之间的矛盾就不可避免地激化了。
面对日益加重的社会危机，再对比圣德太子之前一系列改革初见的成效，越来越多的人认识到日本社会想要继续发展，就必须彻底地废除旧有的落后制度，重新建立起新的社会法则，改革的思想逐渐深入人心。而恰在此时，圣德太子派往中国留学的日本留学生回来了，他们带来了中国大唐先进的政治经济制度和思想文化，为日本的改革提了可学习的典范。
改革已是箭在弦上，不得不发，所以革新派要做的第一件事就是诛杀苏我氏，搬开这个阻碍改革的最大脚石。
圣德太子死后，外苏我氏更加嚣张跋扈。苏我马子的继承人苏我虾夷、苏我入鹿父子排斥改革势力，竟杀死了圣德太子之子山背兄王，这一暴行彻底激怒了皇族和支持圣德太子的贵族，他们开始秘密筹划打倒苏我氏的计划，其中带头者就是中臣镰足和中大兄皇子。
中臣镰足自幼学习儒、佛及各学问，胆识过人。他对苏我氏一族不顾君臣身份、挟天子以令天下的行为极为不满，早就生出灭之以清君侧之心，而中大兄皇子也一样。所以两人决定联合起来，共同对付苏马氏。很快，机会来了。
公元645年6月12日，新罗、百济、高句丽进贡的使者来到日本，日本天皇特意为他们举行了进贡仪式。按照礼节，大臣苏我入鹿必须陪席而且不可佩带兵器，于是，中大兄皇子就安排杀手藏匿在大殿的一侧。苏我入鹿进来后，中大兄皇子第一个跳出来刺杀他，苏我入鹿一时不防，跌倒在了皇极天皇的御座前，他连忙跪下问道:"我有何罪？请天皇圣裁。”皇极天皇不明白这是怎么一回事，就询问中大兄皇子，中大兄皇子大义凛然地答道:“苏我入鹿屠戮皇族，意图夺取皇位，理该处死。”皇极天皇听了，沉吟半晌，知道此事已经不可挽回，就退回殿内。中大兄皇子杀了苏我入鹿。消息传出后，苏我虾夷知道自家的好日子已经到头，就在家自焚而死，权倾一时的苏我氏家族就此灭亡。这次历史事件也被称为“乙巳之变。”
乙巳之变后，皇极天皇退位，孝德天皇即位，立中大兄皇子为皇太子，中臣镰足为内臣，从中国留学回来的僧旻和高向玄理为国博士(顾问)，建元大化，同时迁都大阪。
迁都大阪后，新政府参照唐朝制度，于公元646年元月以诏书形式宣布王朝改断。新政府首先是废除部民制，建立班田收授法与租庸调制。诏书言明从此土地归为国有，“部民”成为“公民”，从此实行班田收授法与租庸调制。班田收授法是公民享有的权利，即政府每隔6年，给6岁以上的男子分田2段，女子为男子的2/3，私奴婢为公民的1/3，公奴婢同公民数。受田人死后，所分田地重新归公。租庸调制为公民所承担的义务。其中租指实物地租，受田每段交纳租稻2束2把。庸，是力役及其代纳物，凡50户充仕丁1人，50户负担仕丁1人之粮，1户交纳庸布1丈2尺，庸米5斗。调为征收的地方特产，分为田调、户调、付调。田调按土地面积征收。田1町征收绢1丈、絁2丈、布4丈，户调按户征收，其数量为“1户赀布1丈2尺”。付调随各乡土特产征收。
其次是建立起中央集权的天皇制封建国家。天皇要群臣盟誓，树立“天覆地载，帝道唯一”的思想；废除贵族世萎制，在圣德太子“十二冠位”的基础上制定7色13阶冠位，对于大夫以上的贵族赐予食封，以下的给予布帛，作为俸禄；建立中央机构，将原先氏姓贵族统辖的大小诸国改为地方，设国、郡、里，分别由国司、邪司，里长担任最高行政长官，由中央统一调度；军事实行征兵制，京城设立五卫府，地方设军团，所有军队一律归中央统一指挥。
大化改新后，日本社会的主要矛盾基本得到解决，社会逐渐稳定下来。新制定的经济制度重新调动起人民的劳动积极性，生产得以恢复并迅速增长。天皇为纪念这一新的社会制度的产生，正式改国名“大和”为“日本”，意为“太阳升起的地方”。大化改新使日本社会的阶级关系发生了变化，日本开始由奴隶社会向封建社会过渡。
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