淮阴县作为显性地名，自秦设置以来到元初基本上都是存在的，西汉从县境东南分出射阳县，再发展为后来的山阳县。在唐宋时期，淮阴山阳同处淮水之南，两县县境大约以古运河为界，运东为山阳，运西为淮阴。南宋末，淮阴县治迁八里庄，复还迁码头。宋末元初，又在八里庄附近置新城县，并于淮河北岸设立清河县。元至元二十年（1283），淮阴县被撤废，并其地连同淮安、新城二县入山阳县。至此，古淮阴县之地就全在山阳县境内，作为显性地名的淮阴在元初消失。
然作为隐性地名的淮阴在明清一直存在和使用，虽然位于淮北的清河县向南扩张先后占有了古淮阴县的老子山、码头、清江浦等地，但无法改变清河县十之九境在淮北的事实。且明清时的“淮阴”也并不指“清江浦”（清江浦本为山阳县地，后作为清河县城），而是指山阳县西乡,大约包含今洪泽县主体，清浦区大部，淮安区运河以西的地方。故明清时期，淮阴作为隐性地名是以山阳别称的形式存在和使用。明清时淮安府城的驿站叫淮阴驿，淮安城内有淮阴书院（至今淮城府市口仍有淮阴市碑），很多山阳籍名人因慕古风也喜用旧称“淮阴”来指代自己的故里，如吴承恩、吴鞠通、周恩来等，这一习惯性的别称直到民国才发生变化。
1911年，驻清江浦新军十三协兵变，淮安府光复，成立江北军政府。1912年，民国政府废府设道，驻淮城的淮安府被裁撤，设淮扬道驻清江，清江城遂正式取代淮安城成为淮安地区的政治中心。1914年1月，民国政府内务部改订各重名县。因和陕西山阳县重名，山阳县改名淮安县；因和河北清河县重名，清河县改名淮阴县（当时淮安辖县中同时被改名的还有涟水[安东]、泗阳[桃源]）。就这样，淮安由府名变为县名，而淮阴则由山阳县的别称变成地区（府）名，淮阴淮安的政治角色发生了戏剧性的转换。
清河县更名淮阴县后，淮阴县城在清江，故清江城现代以后又被人称做淮阴城。民国的大部分时期里，淮阴和淮安两县大致以清江浦和码头西南的洪泽湖大堤为界。此时的淮阴县，除西南境老子山和县城清江完全为古淮阴县地外，余均为唐宋淮北清河县之地，“淮阴县”之名并不副实。
民国初的淮扬道辖有今宿迁沭阳灌南一线以南、如皋泰兴一线以北的广大苏北地域。到1927年撤道，清江又是国民党江苏省第七区行政督署专员公署所在，第七区辖有宿迁、泗阳、涟水、淮阴、淮安和宝应六县。此时，中国共产党淮盐特委机关亦设在清江。1937年底，日军攻陷沪、宁后，国民党江苏省政府曾迁移至此。1939年沦陷。1945年抗日战争胜利，9月，新四军第一次解放淮阴城，成立清江市，为苏皖边区政府驻地，其时的苏皖边区辖辖有苏皖豫三省解放区的73个县市，范围颇大，而清江市则为苏皖边区政府直辖市。
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