永樂十八年，北平皇宮和北平城建成。明成祖朱棣下詔正式遷都，改金陵應天府為南京，改北平順天府為京師，但在南京仍設六部等中央機構，稱南京某部，以南京為留都。
大火引發的檢討
事情要從永樂十九年的正月初一說起，永樂皇帝在北京舉行了非常隆重的新首都落成和啟用儀式，朱棣來到奉天殿接受了群臣和一些外國使者的朝賀，並設宴款待眾人。然而好景不長，剛剛遷都幾個月的永樂十九年初夏，紫禁城的奉天、華蓋、謹身三大殿遭雷擊引發了一場大火，盡皆焚燬。這場大火在新首都剛建成的第一個春天燃起，這種情況在當時迷信的年代裡是個非常不吉利的徵兆。
朱棣面對這場罕見的火災相當恐懼，他覺得自己遷都北京可能惹怒了蒼天，因此上天才降下一把天火燒光了新宮殿，以示譴責和懲罰。於是朱棣趕緊按照以往的慣例，在火災發生的兩天後即頒佈了《奉天殿災修省求言敕》，下令群臣檢討朝廷政務的缺失，並懇切希望大臣們直言不諱 。
其實早在永樂十四年，皇帝朱棣就召集了一次遷都徵求意見“座談會”，然而當時這場座談會不過是走個形式，可當時偏偏有個叫陳祚的官員應詔上書，指出在遷都北京的種種合適，結果卻被朱棣貶了官職，從此大家也就明白皇帝老大不過是想口頭民主一下，便不敢再言了。
可偏偏就有不怕死的，許多大臣造就對遷都不滿，並且朱棣多年來南征北討、鄭和下西洋、修永樂大典等活動，逐漸造成了明朝國力的嚴重消耗。而這次大火連燒三大殿，大家覺得皇帝此時確實害怕了，於是就想抓住這個機會上書，指出遷都北京的各種不利因素。
首先出場有代表性的是翰林侍讀鄒緝，他在上書中指出北京營建過程中幾個非常嚴重的現象：
第一，耗費太大。
第二，賦役沉重。
第三，買辦科派之苦。
第四，動遷之災。
第五，貪官加天災。
第六，買馬養馬之禍。
第七，僧道宮觀之耗費甚重。
一下列舉出了七大問題，於是鄒緝才向朱棣建議：停止營建工程、遣散工匠，取消買馬買珠寶的活動，減免賦役、懲治貪官、賑濟災民，清查並反省導致天災人禍的原因，最後也是最重要的一點就是把首都從北京遷回南京 。
只要有了帶頭的，大家都起了勁兒，和鄒緝同時上書的官員還有李時勉等一批人，他們不僅指出遷都過程中的許多弊端，並且“多言都北京非便”，進一步反對遷都北京，於是朱棣發動的號召群臣直言、檢討政務缺失的活動，迅速演變成了一場反對遷都的風波。
蕭儀被殺
很快，這場風波到達了高潮，其標誌就是吏部主事蕭儀上書被殺。蕭儀給朱棣上了一封《應求直言詔疏》。永樂七年（1409年）蕭儀還在江西家鄉時，曾聽說過當地大批民夫砍伐木材拖運福建武夷山，有人中毒身亡、孤兒寡婦繼續服役的悲慘經歷，於是他根據這些情況加工、修改了當時流傳的一首《續伐木謠》：
永樂四年秋起夫，只今三載將何如。無貧無富總趨役，三丁兩丁皆走途。山田雖荒尚供賦，倉無餘粟機無布。前月山中去未回，縣檄倉忙更催去。去年拖木 入閩關，後平山裡天正寒。夫丁已隨瘴毒歿，存者始惜形神單。穉子多孤母多老，幾度臨門望歸早。火伴還 家始報音，遺骸已潤荒山草。官家役簿未除名，孤兒嫠婦仍登程。去年丁壯已殞歿，今年孤弱知無生。君門如天多隔阻，聖主哪知萬民苦。但聞木數已將完，王事雖勞莫懷土 。
在這份上書中儀還指出由於營建北京時間長、消耗大，“天下供役、民力凋敝，”因此上天才降了災害來警示，加上南京又是太祖高皇帝選定的首都，因此還是應該順從天意，言外之意也該順從太祖的的意志，回到他老人家選定的首都。
本來遷都北京是朱棣一生的幾大追求之一，付出了那麼大的代價好容易才建成了，不可能輕易放棄，況且大火只是燒了三大殿，其餘的建築還算完整，因此朱棣肯定是還想重建，不想回遷，否則就直接下令還都南京了。
蕭儀上書裡提出讓朱棣“御奉天門以朝群臣”，等於讓皇帝在燒燬的奉天殿廢墟前、在大庭廣眾之下接受群臣的批評，承認遷都決策的錯誤。面對這樣的建議，一向專制、虛榮的朱棣自然是無法忍受。
朱棣看了蕭儀的上書，很可能一臉的不高興，但還是忍著怒氣沒有發作，因為上述內容不便直接反駁。有些大臣看出了朱棣情緒的喜怒變化，於是開始揣摩朱棣的心思，轉而斥責上書者。
朱棣果然大怒：當初遷都時，“吾與大臣密議數月，豈復不便哉？……久而後定，非輕舉也”，於是就在四月中旬蕭儀上書幾天後，朱棣命人治了他犯有誹謗罪，把他下獄殺掉了。
皇權不容挑戰
等到蕭儀被殺後，風向自然就變了，言官們只好把矛頭轉而指向了當權的大臣們，指責他們的工作嚴重失誤，所以才造成了不良的後果。負責營建北京的工部尚書李慶等人首當其衝，對此自然非常不滿，他們是朱棣的少數支持者，並且已經看清了朱棣鎮壓反對派的用意，因此便極力反擊上書者的指責。
朱棣可能是討厭這些人喋喋不休，於是下令大臣和言官者們一律跪到午門外的石板地上，如同今天的辯論比賽一樣，排成兩排爭論遷都的利弊。於是雙方相互指責對方，但朱棣殺掉了蕭儀又頒佈了《禁謗訕敕》，顯然是要打擊反遷都的上書者，因此那些大臣們仗著皇帝朱棣撐腰，不僅“爭詈言者”，並且還互相開罵了，於是雙方對遷都問題的爭論，就變成了部分大臣替朱棣訓斥甚至辱罵科道言官的活動。
就在官員們跪在午門外爭論不休時，朱棣派人來詢問結果。很顯然，朱棣其實是想看看有誰還敢跳出來 反對遷都。老臣夏原吉看透了朱棣的用意，於是他向朱棣上奏：
“彼應詔無罪，臣等備員大臣，不能協贊大計，罪在臣等”
意思就是，大家能發表意見都是忠臣，都沒有錯，錯的是我們這些大臣沒有準備好。朱棣聽了夏原吉的話下令釋放了罰跪者，並且允許大家繼續提意見。
由於夏原吉主動承擔了責任，再加上《禁謗訕敕》頒佈後無人再敢指責朱棣遷都，因此先前那些反遷都的上書者暫時沒有受到進一步的懲罰。
但這些人畢竟在上書中“多斥時政”，惹起了朱棣的強烈不滿，再加上工部尚書李慶等人已瞭解到朱棣殺掉蕭儀的目的，因此反過來極力攻擊並且多次力勸朱棣懲罰那些上書者， 於是在蕭儀被殺不到一個月後的五月上旬，朱棣趁機處罰了一批上書者，其中羅汝敬等人被捕入獄，另一批擔任御史和給事中的言官被貶官到交阯（今天越南一帶），名義上是擔任知州，實際上是變相的發配和懲罰。
開創還是守成
永樂末年的這場風波其實是朱棣君臣之間開創與守成矛盾的爆發，朱棣奪位上臺後打亂了明朝守成的進程，南征北討、遷都遠航，相當於明朝第二次的開創活動，併為此投入了大量的人力、物力和財力，從而使明朝的綜合國力一再消耗，最後幾乎透支。
整個風波的過程中，鄒緝的上書揭露出了遷都帶來的嚴重問題，也代表了士大夫的共同主張。而蕭儀被殺的遭遇則暴露出專制體制的深刻弊端，即朱棣作為皇帝權威的底線不容挑戰，王朝體制本身更無法有效地制止和改變皇帝本人的錯誤。老臣夏原吉雖然為了顧全大局而承擔了責任，但仍有一批反遷都的官員受到懲罰。
而明仁宗朱高熾和宣宗朱瞻基即位後實施的“仁宣之治”，就是對朱棣上述活動的撥亂反正之舉，而永樂末年的這場反遷都風波，則為後來“仁宣之治”的實施創造了條件。
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