首先要說的是，明清兩代都沒有六扇門這個這機構，而我們從小說和影視劇裡看到的所謂六扇門都是虛構的，這個衙門權柄極大，不僅可以先斬後奏緝拿比自己地位很高的官員，而且深受皇帝的信任，六扇門從抓捕，審案，判案，到行刑是“一條龍服務”。而現實中這樣的機構根本不就不可能存在、出於迴避，利益平衡也不現實 。
實際上影視劇中的六扇門，實際上就是明朝所有司法機構總稱，包含了刑部（司法部），大理寺（最高法院），都察院（紀委），錦衣衛（特務機構）的統稱，這就是明朝最高司法機構三法司（不包括錦衣衛）。中國最高封建社會和西方同時代司法最大不同在於，中國封建時代行政司法不分。沒有司法獨立的意識的概念，都察院雖然屬於獨立機構，但只對中央級官員，更多地被“利用”而非獨立運作。而明朝的司法機構會為什麼被“六扇門”？一是為了顯示司法部門的威儀和尊嚴。這個外號也有調侃的意思，好比香港把警察叫“條子”是一個意思。
衙門就是現在來說就是政府機構，以門為名，門戶的意義無疑是極為重大的。封建時代的衙門有著嚴格的規定，任何僭越都是不可以的，具體來說，六扇門是指是中軸線上的大門、儀門、宅門，每門各安兩扇黑漆門扇，合計六扇，所謂“衙門六扇開”就這麼叫開了，很形象很好記。也是衙門口朝南開，有理沒錢別進來也是這個起因。六扇門這個稱呼也就成為代稱了。
早在戰國時代的法律著作《商君書·定分》中，記載：“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。可見在很早的時候，君主就意識到“司法”的重要重要性，秦漢三公就包括了司法官員，刑部是中國古代“三省六部”制中的司法部門，主管刑罰，但其在每個不同的朝代中職責範圍差別很大、明代，以刑部、都察院、大理寺組成的三法司，一切以刑部為主的審案流程，刑部代替了大理寺的工作，刑部成為實際上的最高法院，檢察院，公安部結合體，徹底掌控的律法制度。大理寺和都察院成為監督辦案的機構，不在具有獨立辦案的權利和職責，這無疑是封建時代司法進程的一個退步。
在明朝六部中，設刑部尚書一人，正三品；侍郎一人，正四品下。掌律令、刑法、徒隸、按覆讞禁之政。其屬有四：刑部、都官、比部、司門。除此之外，刑部還有著“凡軍民、官吏及宗室、勳戚麗於法者，詰其辭，察其情偽，傅律例而比議其罪之輕重以請。詔獄必據爰書，不得逢迎上意。”的職責，都察院級別與則是與刑部處於平級的關係，設有正二品左、右都御史各一人、正三品左右副都御史各一人、正四品左右僉都御史各一人，左都御史是都察院的最高長官。都察院除了主持都察院事務，提督十三道監察御史（即分佈於兩京一十三省）外，主要職責就是作為“專糾劾百司，辨明冤枉，提督各道及一應不公不情等事”，為“天下耳目風紀詞”的調查報告機構存在。都察院有一個特別“保護傘”可就是彈劾官員不實不受處罰，即便誰都知道是誣告也是一樣，這也造成了明代言官多混蛋的原因。
三法司的分立，除了可以對刑罰審判機關起到監督的作用之外，“大事奏裁、小事立斷”的權利，保障了一定的效率。而三法司之間雖有一定的職權分離、相互牽制好平衡的特點，三法司聯合會審是最高司法審判，在《明會典》中記載：“凡發審罪囚，有事情重大、執詞稱冤、不肯服辯者，具由大理寺奏請，會同刑部、都察院或錦衣衛堂上官，於京畿道問理。”從而達到“權臣不得以恩怨為出入，天子不得以喜怒為重輕”的目的，在封建時代，為防止冤假錯案的產生，皇帝在形式上做了很多措施。
錦衣衛。這個讓大明朝所有的官員為之膽寒的機構。實際上不是執法機構。而是特務機構，而明朝最讓人詬病的地方就包括特務機構。在洪武十五年，正式成立錦衣衛，品級為正三品，成立獨立官署，錦衣衛成為皇帝的親軍。錦衣衛，全稱錦衣親軍都指揮使司，都指揮使司是明朝軍事上的一級機構，與行政上的承宣布政使司、司法上的提刑按察使司同級。但錦衣衛只有審理的權力，但判決還歸三法司。後來錦衣衛僭越另當別論。
總之，明朝和司法制度並不完善，更多的是君王個人意志的體現。至於影視劇和小說，我們看看就好。也沒人當真。最後說一遍，六扇門不存在。
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