萧条异代似同时，明朝万历元年（1573），10岁的朱翊钧登基，明神宗的时代开始了，然而在将来崇祯年间出现的大瘟疫与这个神宗时代不无关系，万历48年（1620）由东向西出现大彗星。
明末期间发生了许多重大事件，如大规模旱灾，瘟疫的大流行，这些都与气候有着非常重要的关系，中国著名的科学家竺可祯在这方面做过深入的研究，他分析了清初谈迁所著的一本叫《北游录》的书，书中记载了其看到的1653年11月18日京杭大运河就已经被冰封了，同时书中还记载了1656年3月8日运河开始解冻，可见当时北方运河的冰封期达到108天，比上世纪最冷的50年代华北的冬天更严酷，冰封期更长。谈迁是当时著名的学者，倾其一生研究明史，著有多部著作，其所记载的内容具有很强的真实性。
在神宗年间已经展现天气的异常寒冷与干燥，据世界气候学者分析，这个时期正好是世界小冰河期，持续时间约200到300年，因此说明朝末期的寒冷是全球性的，同样在欧洲也进入非常寒冷的时期，只是当时欧洲各地的发展模式已经与中国大不相同，欧洲当时开始了大航海时代，开发世界新大陆，重新认识新世界。
明末自1613年开始的大瘟疫与万历时期开始出现旱灾，气象灾害导致的全国性粮食减产有很大关联。早在万历八年（1580年）山西爆发大规模鼠疫，其实就是瘟疫在大同出现，“瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之家，一染此疫”。万历期间全国总共发生过三次大的旱灾，并且每一次过后都伴随着一定程度的鼠疫发生。疫病的发生主要原因是粮食减产导致食物的匮乏，食物的匮乏使得民众的营养水平下降，进而导致抵抗力的下降，动物也是如此。其实在万历时期这些灾害已经给帝国敲响了警钟，只是最终是以什么方式出现谁也不敢断言。
明朝当时肯定是农业社会，整个国家的经济体系全靠农业生产来维系，上亿的人口每天消耗大量的粮食，军队要供应，庞大的皇家体系同样。持续的气候异常导致的灾害，到了崇祯年间进入了高潮。
1637年真正的持续性大旱出现了，最初的旱灾始于陕西北部，《汉南续郡志》记载：“崇祯元年，全陕天赤如血。五年大饥，六年大水，七年秋蝗、大饥，八年九月西乡旱，略阳水涝，民舍全没。九年旱蝗，十年秋禾全无，十一年夏飞蝗蔽天……十三年大旱。旱灾到也罢了，还爆发了大规模蝗灾，雪上加霜。干旱从陕北逐步扩展到陕西全境，河南，山西，河北，山东，连旱五年，这什么概念，粮食丰收期保存时间肯定达不到这个时间长度，彻底的摧毁了明朝的经济，而更要命的是，崇祯六年（1633）开始在山西现了鼠疫，常年干旱食物减少，老鼠们身体虚弱，免疫力下降，很快整个地区，一旦出现鼠疫，就会在老鼠社群中传播，干旱缺水也导致了鼠疫菌以更快的速度繁殖。到了崇祯14年（1641年）传到了河北，又进入了京师。
鼠疫杆菌能够引发腺鼠疫、肺鼠疫和败血型鼠疫等疫症。以明朝当时的医疗水平，腺鼠疫死亡率75%，肺鼠疫死亡率更是惊人。崇祯十六年（1643），腺鼠疫变异为死亡率接近超高的肺鼠疫，明末史学家夏燮在其《明通鉴》中记载：“京师大疫，死者无算。”据称这时京师的死亡人数日以万计，死亡枕藉，十室九空，这与欧洲中世纪的那场灾难如出一辙。明末虽然出了个勤勉的崇祯皇帝，但是明帝国在历经几代天灾的积累，到了末代时，终于在大旱灾，大严寒，蝗灾，大瘟疫，和人祸的打击下关门了。李自成的大军进入京师时遇到的几乎是一座不设防的京师。
但是在这种环境中，明末出现了一位医学奇才，他叫吴有性。吴有性(1582-1652)，字又可，汉族，吴县东山人。明末清初传染病学家。1642年，也就是崇祯15年，全国瘟疫横行，十户九死。南北直隶、山东、浙江等地大疫，五六月间益盛，'一巷百余家，无一家仅免，一门数十口，无一仅存者'。
在那时医生们都用传统的伤寒法治疗，但是毫无效果。吴又可亲历了每次疫情，根据掌握的各种资料，推研瘟疫的源头，仔细研究，并将研究的成果通过实践检验后，撰写成了《温疫论》一书，这是我国传染病学研究最早的文献。他大胆提出'疠气'致病之学说，也在世界医学传染病学史上开创一个先河，并为历史所记载，也正是中国有这样的人物出现，虽然出现这样那样的巨大磨难却依然是民族的脊梁，社会的中坚。
当然气候原因是至关重要的，随着东北满清入关，进入北京时，看到的明帝国是一座貌似巨大，但实则已经被彻底蛀空的大厦，因此才可以轻松建立大清。而等到清帝国建立，持续的小冰河期也逐步退去，气候又慢慢变得正常了，曾经肆虐半个中国的瘟疫也逐步消散。因此我们从历史的进程看社会的发展，气候往往扮演着极其重要的角色，许多大王朝的更迭多能找到那个时期气候异常，天灾不断，最后人变的记录。
中国人自古讲究天人合一，人所做的只是人以为的，天地不仁以万物为刍狗，这个世界终始在讲着人的事，苍天似乎在按自己的方式看着人间，人事不足而天意犹在尚可，人世不足又遇到天意不在，那么明末的事不只是历史这么简单，相比于欧洲社会发展，明末开历史倒车或是止步不前对于今天有借鉴意义，天地经纬，有道是从。
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