15世纪至17世纪，在经济利益和政治利益的双重驱使下，欧洲的船队开始远洋探索，殖民主义与自由贸易随着新航路的开辟而出现。1619年，荷兰殖民者占领印尼雅加达地区，将其更名为巴达维亚。
因为缺乏劳动力，荷兰殖民当局在南洋各地诱骗华人迁入，其中很多来自福建、广东等地的人民。
勇于开拓的天性和勤劳的习惯使得华人在当地迅速发展，经济地位逐渐巩固。这种日益增加的影响，被认为是威胁到了殖民者的统治。于是17世纪末，殖民当局先后颁发针对华人的移民禁令。此后日益苛刻，除了当局认为的“有用的人才”，剩下的一概遣返。
到了1740年，制糖业的衰退，华人大量失业，影响到社会稳定。由于警方抓获的罪犯大多是“乌衫袴之唐人”，殖民当局竟然下令凡是穿黑衣黑裤的华人一律抓起来，流放到锡兰等地做苦力。
当时有传言说上船的苦力会被投入大海，这事得到一些从海上逃生的华人的证实。为求自保，不愿意坐以待毙的部分华人在黄班等人的带领下逃往城外，准备自卫。
然而因为叛徒林楚的出卖，10月9日，殖民当局对仍在城内的华人进行了搜捕和屠杀，老弱妇孺亦不能逃脱毒手。屠杀持续一周，单9日至12日短短几天内，巴达维亚全城内华人被害万余，只有150余人侥幸逃走，财产损失无法估计。而城外华人终因力量悬殊攻城失败，不得已退走中爪哇，战斗持续到1743年。
《中华民族拓殖南洋史》记载：“……老幼妇孺，皆膏荷人斧钺。血流所被，河水为赤，杀戮至二十二日（农历）始告停止。死者万余人，所谓红河之役是也。”
也有考据说事发地附近有河名为红溪，因而又称“红溪惨案”。
就连殖民当局，后来也不得不承认“这是巴达维亚城、也许是全世界人类所遭遇的最恐怖的事情”。
惨案发生后，荷兰政府及殖民者担心清政府会采取报复行动，影响到荷兰和中国之间通商经济利益，于是一面派专使前往中国，一面将当时的荷兰东印度公司总督Adriaan Valckenier撤职下狱。
同时福建总督策楞、提督王郡得到讯息，向乾隆上奏的折子里有“被害汉人久居番地，自弃王化，今被戕杀多人，事属可伤，实则孽由自作。”等等言语，显见在当时的官僚政府中，仍然将华侨视为化外之民。
康熙五十六年（1717年）曾诏谕华侨回国，予以大赦；雍正元年（1723年）也允许百姓出国贸易，但要保证回国，即所谓“宽宥之恩”。既然华侨“自弃王化”，被屠杀就是“孽由自作”。
当时的皇帝、最好标榜文治武功的乾隆，他的态度是什么呢？
经过漫长的讨论之后，朝廷上下的意见是被害的华侨都是抛弃祖国的罪人，不值得为他们讨还公道。
“既彼土地生，实与番民无异……圣朝无需责备。”“天朝弃民，不惜背祖宗庐墓，出洋谋利，朝廷概不闻问。”意思是，他们活该。
彼时正值所谓的乾隆盛世，应该是有能力保护侨民的。嚣张如荷兰、西班牙，都对中国有所畏惧。然而清朝既然视华侨为弃民，自然也谈不上保护。
实际上，清政府对于凶手，一句谴责的话都没有。
那时候有两种意见，一派认为荷兰人好杀戮，“恐嗣后扰及商船，请禁止南洋商贩，俾知畏惧”，请求禁止贸易；反对意见则认为禁止海外贸易影响财政收入——当时的南洋贸易主要由皇帝与大商人势力垄断。
讽刺的是，争论双方只胶着于禁不禁与荷兰人的贸易，没有人关心那一万多个被杀害的侨民。
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