早在盧溝橋事變前的1937年3月，國民政府就制定了針對日軍的作戰方案，其中在甲種方案中明確規定在“作戰期間，應有專門機關指導民眾，組織義勇軍並別動隊，採用游擊戰術，以牽制敵軍，並擾亂其後方。”全面抗戰爆發，隨著抗日戰爭進入到相持階段，1938年11月底，在衡陽召開的南嶽軍事會議上提出了“游擊戰重於正規戰”的要求，國民政府在各個戰區展開了敵後游擊戰。
國民政府主要的游擊戰場有第一戰區豫東遊擊區、第二戰區山西遊擊區、第三戰區浙西遊擊區、第四戰區海南遊擊區、第五戰區豫鄂皖邊區游擊區等。在國民政府進行的敵後游擊戰爭中，山東第六區專員範築先、、第三軍軍長唐淮源、第九十八軍軍長武士敏、第二十四師師長寸性奇、沂水遊擊司令劉震東、東北遊擊司令唐聚五、皖北遊擊副司令雷忠等，均都先後戰死。可以說國民政府的敵後游擊戰進行得也是相當的堅決。
在廣州淪陷後，52歲的伍觀淇臨危受命擔任廣東第二游擊區司令，率領番禺、花縣、從化、增城、三水等地進行遊擊抗戰。伍觀淇率領游擊隊進行的江高阻擊戰，擊斃日軍200多人，阻擋日軍11天，成為了廣東抗戰歷史上的壯舉。面對廣州正規軍輕而易舉的就丟了廣州，陳誠不由感嘆：“廣東有個伍觀淇竟在廣州城北阻擊敵軍十多日，試問正規軍有何顏面見江東父老！”
在當時廣東日佔區為三分之一，剩下的三分之二還屬於游擊區和國統區。在游擊區裡面，因為敵我的反覆爭奪，經常發生大小戰鬥，人民的生活相當困難。因為日軍每次襲擾都伴隨著破壞，房屋被燒，田園被毀，許多老百姓不得不背井離鄉，四處流浪。
國民政府的這些游擊區給日軍造成了極大威脅，直接配合了正面戰場的作戰。不過對於國民政府的敵後游擊隊來說，他們一直認為游擊戰是正規戰的一部分，並沒能真正理解游擊戰的特殊性和戰法。所以儘管許多的游擊隊名義上是在進行遊擊戰爭，實際上還是使用的正規戰的那一套作戰方式。在與日軍寸土必爭中時常遭到圍困，打不贏也走不掉，最終只能一個個眼睜睜的看著被日軍吃掉。
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