到了順治十三年的時候，除了雲歷政治和鄭成功依舊在抗清以外，清朝基本上已經完成了統一，過了一年以後，清朝就出兵派遣吳三桂進攻雲貴地區，開始對於盤踞在雲南的永曆政權開始了討伐，這場戰爭進行了兩年以後，吳三桂攻克了雲南，並且他一直對永曆帝緊追不捨，當時永曆帝帶著文武百官朝著南下逃亡，第二年他進入了緬甸，開始了自己在緬甸逃亡的生活。
永曆帝是南明朝的最後一位皇帝，他帝王之路也是非常的悽慘，在亂世中就註定了他一生中並不會太平，後來朝廷為了斬草除根，於是他就派吳三桂去鎮守雲南，並且還讓他去剿滅永曆帝，後來吳三桂在平定雲南的局勢以後，開始攻打緬甸，沒過多久以後緬甸國王就擒拿了永曆帝，隨後緬甸皇帝對於永曆政權進行了屠殺，當時的永曆皇帝已經到了山窮水盡的地步，最後也被吳三桂擒拿。
永曆帝在被吳三桂擒拿以後，雖然歷史中並沒有記載如何下令處決永曆帝的記錄，但是吳三桂一直堅持要處死永曆帝是為什麼，吳三桂其實也算明朝的大臣，但是為什麼一直堅持要處死永曆帝呢？
首先我們能確定的事情是康熙並沒有下令處死永曆帝，永曆帝在死的時候，康熙還是個孩子，所以當時朝廷的事情都是由大臣協商決定的事情，其實就是代表了整個朝廷的意見，但是在史書中並沒有明確記載吳三桂要處死永曆皇帝的命令。
所以當時永曆帝的死有兩種原因，第一種可能就是因為朝廷為了斬草除根，所以下令將永曆帝殺死，但是為了在歷史中留下自己的名字，所以史書中故意沒有記載這一條，第二種可能就是因為當時全國的政局已經定下來了，朝廷為了籠絡人心，於是讓過了永曆帝，不過是什麼情況，執行的人都是吳三桂。
在當時的情況來看，吳三桂在處置永曆皇帝這件事情非常的堅決，就是一定要殺掉永曆帝，所以他當時並沒有在乎清朝廷是什麼態度，最終吳三桂拒絕了將永曆皇帝俘獲到北京的建議，而是請朝廷在雲南當地處死永曆帝。
歷史中在對待前朝的君主，為了博取名聲，當朝的人都會將他軟禁，但是吳三桂卻出乎意料，選擇了將永曆帝斬首，其實也是為了向清朝表示自己已經完全脫離掉了明朝。
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