作为英国海军史上的传奇人物之一，纳尔逊的重要遗产之一是18世纪90年代中期，他对舰队战术的改进。
霍雷肖·纳尔逊
在他职业生涯早期，他负责指挥主力部队之外的小型战船，错过了美国战争中的大规模舰队战。甚至在他1793年开始指挥一线作战军舰“阿伽门农”号时也主要负责其它任务，直至1795年3月他在海军上将霍瑟姆的领导下参与在地中海的一次举棋不定的行动才真正接触舰队作战。他率领战舰俘获了两艘敌船，之后被霍瑟姆召回。纳尔逊登上旗舰后对着这位海军上将大发脾气，而霍瑟姆镇静地回答：“我们必须感到满足，我们已经做得很好了。”此后，纳尔逊写信给他的妻子：“如果我们俘获了10艘敌船，而让有可能追到的第11艘跑掉，我才可能说‘做得很好’”。
在纳尔逊的余生中，他始终强调果断、摧毁性的歼敌行动。约翰·杰 维斯爵士是比较符合纳尔逊“口味”的海军上将，正是在他的领导下，纳尔逊在1797年圣文森特岛战役中取得首次大捷。不过，纳尔逊并不是唯一一个对已制定的战术指令提出质疑的人，邓肯在坎珀当使用的战术与纳尔逊后来使用的相差不多。
1798年，纳尔逊获得首次独立指挥的机会，当时英国情报指出土伦地区正在反常地组建陆上和海上部队，而这支部队的领导者正是法军中冉冉升起的新星波拿巴。纳尔逊指挥由3艘一线作战军舰和3艘护卫舰组成的小舰队重新进入地中海、查明敌方的意图。在土伦外，他的舰队受到狂风袭击，他的旗舰——装配74门火炮的“先锋”号的索具受损严重。他在撒丁岛外修理船只时与护卫舰失去联系（护卫舰的船长以为他会返回直布罗陀海峡修整）。此时，他的舰队只剩3艘装配74门火炮的战舰，随后在土伦外获得10艘一线作战战舰的增援。
阿布基尔湾海战
这时，波拿巴已经率领一支由12艘一线作战军舰、数百艘运输船和31000名陆军组成的部队入侵埃及，打开通往印度的道路。波拿巴曾在途中停下从圣约翰骑士团手中夺过马耳他，纳尔逊刚好与他错过。纳尔逊准确判断出法军的目标是埃及，但由于急躁，他的舰队超过了敌军，而在发现对方没在亚历山大港时又没有等。不久之后，波拿巴登陆，而纳尔逊继续在地中海搜寻敌军、在锡拉库扎港获得补给。此后，他从过往船只和其它来源获知法军确实已在亚历山大港附近登陆。
8月1日，纳尔逊的舰队抵达亚历山大港，发现法国运输船停靠在港口，一支由一线作战军舰组成的舰队呈“V”字形停泊在阿布基尔湾。双方舰队的一线作战军舰数量相等，但法军拥有一艘大型装配120门火炮的战舰“东方”号、两艘装配80门火炮的战船，而纳尔逊的战舰基本都是装配74门火炮的，其中还有一艘50门火炮的“利安得” 号和体型较小的双桅横帆船“反抗者”号。
夜幕降临，但纳尔逊毫不犹豫地下令展开进攻，这一做法超出了海战的常规。他赋予每位船长不同寻常的主动权，这为指挥“哥利亚”号的托马斯·弗雷船长做出关键的战术决策提供了可能。弗雷船长发现海岸和处在最前面的法国战船之间有空隙，他趁机穿过这个缝隙攻击近海岸一侧。法军没有料到这一手，而且他们的战术准备工作非常粗糙。另几艘战船紧跟弗雷，随后纳尔逊的“先锋”号战舰赶到，开始从另一侧展开进攻。法军阵形前部的战船被打得纷纷投降，纳尔逊率部展开对大型旗舰“东方”号的进攻。最终，“东方”号起火，被来自四面八方的炮弹造成的大爆炸撕得粉碎。纳尔逊已经负伤被送到船舱，但他的船长们仍坚持通宵战斗。第二天一早，所有法国一线作战军舰除两艘逃跑外，其余均被俘、被毁或强制搁浅。从战术角度讲，纳尔逊的舰队完全没有遵照《作战指令》行事。保持战斗队形的法军被彻底击垮。纳尔逊的“兄弟连”、英国舰队的船长们独立展开进攻，获得当时最具决定性的海军胜利。
法国旗舰“东方”号在尼罗河河口海战的高潮阶段爆炸
对于这场战争的胜利，其战略重要性同样巨大。波拿巴被孤立，最终率领残兵败将返回法国。英国舰队 控制了地中海，更容易寻找对抗法国的新同盟。不久后，土耳其和俄罗斯加入新联盟， 随后奥地利也加入进来。但这个联盟中的成员各自有不同的目标和野心，最终土崩瓦解。与此同时，纳尔逊在那不勒斯休养身体、修理船只期间过深地陷入当地事务。他的朋友 威廉·汉密尔顿是那里的英国大使，纳尔逊与大使的妻子艾玛交往甚密。受头伤和作战压力的困扰，纳尔逊做出一些非常糟糕的决策，最终被召回国，在这里享受英雄的待遇。此后，英国在地中海又取得一些重要收获，于1798年占领米诺卡岛，1800年占领马耳他，1801年占领埃及。
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