唐乾元元年(758年)，马尾属闽县安仁乡胜残里；亭江属闽县晋安乡合浦里，英屿村、东岐村属晋安乡海滨里；琅岐属闽县晋安乡海畔里。宋太平兴国六年(981年)，马尾属闽县安仁乡永盛北里；亭江属闽县晋安东乡合浦北里，时闽安为镇建制，属晋安东乡合浦南里；琅岐属闽县晋安东乡海畔里。元代，琅岐属闽县嘉登海曲里；马尾、亭江隶属不变。明万历八年(1580年)，马尾属永北里；琅岐属嘉登里，亭江仍属江右里，闽安属江左里。清光绪三十二年(1906年)，马尾属马江区上、下永北里；亭江分属马江区江右里，琯江区上、下合北里；琅岐属嘉屿区嘉登里。江右里改属闽县营前县丞管辖。
民国元年(1912年)，马尾地区属福建东路道，闽县、侯官县合并后属闽侯府。民国2年3月，闽侯府改为闽侯县，马尾地区属闽侯县。民国3～14年属闽海道闽侯县。民国22年12月至23年2月属闽海省闽侯县。民国24年属闽侯县第二区；民国31年属鼓山区。民国33年10月，闽侯县易名林森县(1950年4月复名闽侯县)。
1949年8月，马尾、亭江、琅岐相继解放后属闽侯县第三区。同年12月，琅岐划属闽侯县第二区。
1952年下半年，中共闽侯地委、闽侯专署根据中共福建省委和省人民政府的决定，组建马尾特别区(又称闽江港口特别区)，甲等县建制，管辖范围包括闽江口两岸的乡镇，马尾、亭江、琅岐和连江县的琯头、道澳、晓澳、百胜，长乐县的营前、筹东、猴屿、潭头、梅花以及两岸的水上船民。1953年6月复隶闽侯县第三区公所。
1956年4月，马尾区、琅岐区合并，成立马尾区。同年6月，琅岐划给连江，同年10月又归回闽侯。1960年1月，马尾镇划归福州市，同年3月，升为县级区。1961年11月，亭江、琅岐从闽侯县划归福州市郊区。1962年1月，马尾改归福州市郊区。
1970年2月，琅岐划归连江县。同年5月，马尾再度建区，称马江区，亭江属之。1975年5月，亭江划归福州郊区。同年12月，琅岐从连江县析出，归福州郊区。1978年2月，马尾复归隶郊区。1982年8月又置马尾区为县级行政区，直属福州市人民政府。1995年11月24日，亭江、琅岐从福州郊区析出，统归马尾区。1997年底，马尾区隶属关系不变。
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