根是火龙果的基础，根系问题是大问题，火龙果是浅根系作物，没有主根，火龙果需要的水分和养分大部分都来自于根系的吸收，根系养不好后期果实产量和品质就跟不上。火龙果根部问题可能很容易被大家忽略，但是，很多地上部分的病状就是由于地下部分出问题引起的。所以，要注重根系的管理，尤其注意果园排水，以防出现烂根。
根系常见问题分析如下：
一、烂根
主要原因及措施：土壤湿度过大引起根系腐烂，可以控制浇水次数，雨季做好排水，同时施用一些菌肥进行土壤疏松；假如果树从颈部开始腐烂，这种情况的处理方式是把腐烂的部分用刀全部刮掉，然后涂药，涂药后晒上一两天，再用矿泉水瓶子包上泥，让它重新生根；土壤的酸性太高，施有机肥进行改土养根，调节土壤的ph值。
二、种苗出现烂根
主要原因及措施：种植的时候，伤口没有风干，而且种的太深。出现这种情况时，可以把腐烂的部分剪掉，伤口风干，重新培育根系，插入地下5公分左右即可，因为火龙果是浅根系，所以插入不易太深。
三、枝条皱缩
如上图，这种情况可能是两个原因。一是根系腐烂，影响火龙果水分和养分的吸收，使植株变得干瘪；二是线虫的危害，线虫寄生后根系功能受到破坏，使火龙果地上部生长衰弱、变黄，影响产量。
线虫防治：线虫发生初期不易发现，传播快，危害大，以预防为主。建议使用京博三宝（弱碱性）、安润等改良土壤环境，可有效抑制线虫的发生。如有线虫发生，可使用京博蓝瑟1500倍灌根。同时做好田间清洁以及保持水源安全工作。
四、其它问题
上图有几个问题：
一是根系上面的小疙瘩，要注意根螨的防治；
二是稍微粗点的根基本已木栓化，说明用肥上存在问题，要注意养根；
三是几乎没有毛细根，白根很少，施肥配比存在问题。
根系总体管理措施：
1、火龙果是浅根系，所以要做好排水工作，防止果园积水，使根系窒息缺氧。
2、一年最少施一次有机肥（京博三宝)进行改土养根，提供根系生长的良好环境。如果自己发酵农家肥，一定要腐熟后施用。采用少量多次的原则。
3、选肥要注意，不建议施对土壤破坏性大的肥料，如硫酸钾。
4、做好果园清洁，避免滋生病虫害。
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