牡丹為肉質根不耐澇，積水根質容易腐爛。中國長江以南地表水位高，尤其是到了梅雨季節，高溫酷熱，溼度大，對牡丹生長及為不利，所以要注意防水、防病害的工作，保證排水疏通，提前做好牡丹病菌預防工作。土壤含水率大致估測方法：去除表層乾燥土，用手握一下打開后土壤不鬆散，則可證明土壤含水率在60%以上。
一、牡丹的灌水與排澇
夏季降水量大且相對集中，故排澇是田間管理的重要措施之一；
排澇的具體措施是：進入梅雨季前，要及時整修田間排水溝渠，栽植區要備有排水泵，以供急用。如遇暴雨積水，雨後立即組織力量，快速排水。
部分牡丹種植基地由於基建過程中機械擠壓，形成堅實的地下板結層。耕層積水可使牡丹爛根，常引起牡丹“秋髮”，重者導致牡丹大面積枯死。可在田間挖較深的排水溝或在株行間打孔，以利排水。
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二、牡丹的肥水管理
充足的肥水供應，是夏季牡丹生長髮育的基礎。對於缺肥地塊，要追施多元複合肥，氮磷鉀的比例為2：2：1，每畝施15-20千克，施後要及時澆水。施肥後1個月左右，可以根據牡丹的長勢情況，酌情在葉面噴施0.2%-0.5%的磷酸二氫鉀溶液1-2次。
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三、牡丹的中耕除草
夏季是雜草滋生的旺季。雜草不僅與牡丹爭水爭肥，而且草荒使田間通風透光能力下降，導致病蟲危害加重，光合作用減弱，還會影響花芽分化。中耕既能夠清除雜草，又能保墒散溼。一般夏季要中耕2-3次，尤其是雨後，為了防止土壤板結，要及時清除雜草，鋤草時要淺鬆土，防止傷根。
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四、牡丹的病蟲害防治
夏季高溫高溼，病蟲危害較為嚴重。主要病害有斑點病和炭疽病。
防治斑點病，可以在發病初期噴灑50%多菌靈可溼性粉劑600倍液或50%苯菌靈可溼性粉劑1000倍液，每15天噴灑1次，連續噴灑2-3次。
防治炭疽病，可以在發病初期噴灑25%炭特靈可溼性粉劑500倍液或50%甲基託布津可溼性粉劑800倍液，每隔10天噴灑1次，連續噴灑2-3次。
蠐螬等地下害蟲，它們危害牡丹的根系，將根部咬成凹凸不平的缺刻或孔洞。可以在田間發生蠐螬等危害時，用90%敵百蟲1000-1500倍液灌根，澆後覆土。
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