舌尖上的电影
在大明276年的国祚之中，明朝军队非但没有征服过蒙古，还差点儿被蒙古军队翻盘。在“土木堡之变”时，瓦剌（即“卫拉特蒙古”）军队直接俘虏了明英宗朱祁镇，几十万大军就此覆灭，国家都差点儿没了。经此一役，明朝再也不敢进攻蒙古，基本只是进行防守。尤其到了明朝后期，整个西北和西域都是蒙古人的天下，大明实际管辖范围仅剩内地的十八个省。
▲朱元璋剧照 也就是说，大明王朝花了近三百年的时间仍然没能解决蒙古问题，最后有效统治范围还还缩水了很多。这就实在令人心生疑惑，为何到了清朝，强悍的蒙古部落就成了顺民呢？事实上，在用武力征服蒙古部落后，清廷就开始用各种手段减少蒙古部落所带来的威胁，比如联姻、建立蒙古八旗等。康熙皇帝在平定准噶尔部的叛乱过程中，真正认识到了蒙古人的强悍，思来想去，他最终选择了一个不费一兵一卒的办法——推广黄教，也就是西藏地区的喇嘛教。
▲万历十年的明朝疆域图
推广过程主要分为三个步骤。第一，是通过各种手段强制推行喇嘛教。从康熙皇帝时开始，蒙古各地都开始大规模兴建喇嘛寺庙，把喇嘛教变成了蒙古的民族信仰，甚至以法令的形式规定每三个男子中就必须有一个去当喇嘛。这么一来，原本骑马驰骋的蒙古勇士都去寺庙修行，民族血性大幅削减。何况黄教“格鲁派”喇嘛一般不允许结婚，如此一来，蒙古人口也得以逐渐减少。
▲康熙皇帝读书像其次则是大幅度提升宗教领袖在蒙古的地位。蒙古部落以前都是接受黄金家族统治，清朝通过法令等措施，册封了哲布尊丹巴呼图克图、章嘉呼图克图这两个蒙古地区的宗教领袖，并使其地位凌驾于蒙古王公之上。如此一来，王公对蒙古部落的统治越来越弱，贵族就有势力被削弱，并且和宗教之间形成制衡。两边内斗倾轧不断，时常向清朝统治者寻求帮助以打击对方，压根没有精力和时间想着造反。
▲蒙古僧人其次则是大兴圈地运动。清朝统治者允许蒙古王公和宗教领袖大量兼并占有土地，这就导致越来越多的蒙古平民成为了佃户或者农奴。由于王公贵族和宗教领袖的剥削，导致蒙古的经济遭到了严重破坏，财富开始大量集中在了少数人手上。如此一来，整个蒙古的经济发展开始衰退，当地百姓苦不堪言。为了进一步巩固圈地运动成果，清廷甚至批准寺庙圈占的土地可以不用交税。
▲清末蒙古王公旧照就这样，蒙古人不是在挨饿就是去做和尚了，往昔的铁骑雄风荡然无存，王公贵族也都丧失了斗志，靠着地租和赏赐消磨度日。到民国初期，原本有200万之多的蒙古人，仅仅只剩下50多万人，而且其中还有许多是喇嘛。由此可见，康熙皇帝的手段实在老辣。
参考文献：
《明史》《清史稿》
趣观历史
要说蒙古人和女真人的关系为什么那么好，说老实话，特别得感谢明朝政府，尤其是爱新觉罗家的大恩人李成梁先生。没有他，蒙古问题可能还真的两说。
为什么这么说呢？这是明朝的整体国策决定的。由于老朱家抢的是蒙古人的江山，所以蒙古人就一直心心念念想要重回中原做皇帝。他们是这么想的也是这么干的，其中最大的两票，一次围了北京城很久（庚戌之变），还有一次直接把皇帝掳走了（土木之变）！
这样的强敌呆在身边，让大明政府怎么睡得安稳？所以从太祖开始，北方的蒙古人就是明朝最大的强敌。朱棣“天子守国门”，要守的就是蒙古人。历朝历代的皇帝，哪怕再昏庸，都不敢放轻松对北境蒙古人的警惕。一代名将戚继光和谭纶，在收拾完日本人以后就去了北方，还是为了对付蒙古人。
收拾蒙古人最凶的就是李成梁，他在辽东几十年间，把辽东的蒙古部落收拾的明明白白。而他也正是靠着收拾蒙古人的功绩，从而成为明朝受恩宠最隆重的武官。
李成梁把蒙古人收拾干净了，女真人精神了。努尔哈赤在一统女真以后，又边打边拉的将蒙古人给收编了。而在明朝强大的军事压迫下，这两个稍微孱弱的民族自然要融合。而在李成梁的默许下，这种结盟居然没有受到任何的拆分和打压。
八旗里面，满洲八旗下面就是蒙古八旗。而著名的孝庄皇太后，正是地地道道的蒙古人。也就是说，从顺治往下，每一代清朝皇帝都有蒙古血。更不用说后来的很多皇后都是蒙古人了。
青言论史
因为最开始，蒙古和明朝都是元朝的属地，明朝和蒙古就像兄弟关系一样，明太祖袁国珍作为元朝的皇亲从元朝领地上建立汉族人的明朝，蒙古那时候还是元朝的领地，明太祖袁国珍建立明朝时期，明朝的兵力已经和强大的征服过欧洲中亚的元朝军队作战，明朝军队面对兵力众多，实力强大的元朝军队，小明王袁国珍建立的守卫明朝的很多军队和元朝的军队战斗过以后有些损失，为了实现被压迫民族的独立，汉族的小明王袁国珍联合瓦刺族和吐蕃族首领出兵反抗元朝统治阶级的民族区别对待政策的共同反击并获得胜利，之后小明王袁国珍建立了汉族人的明朝，瓦刺族也加入了汉族人的明朝，吐蕃族也建立了吐蕃国，小明王袁国珍带领汉族人，联合被元朝统治者民族区别对待政策的瓦刺族和吐蕃族等民族反抗统治者的蒙古族，建立了独立的朝代，明太祖袁国珍建立明朝，保证了汉族人不被元朝的蒙古族对汉族人瓦刺百色吐蕃的其他民族的等级区分区别对待，汉族人不被元朝各种苛政对待，袁国珍因为娶了元朝可汗兄弟的女儿，是元朝可汗的皇亲，所以袁国珍才能在元朝等级制度中寻找机会建立汉族人的明朝，明太祖袁国珍的父亲袁世珍也是帮助元朝发展的功臣，所以元朝皇帝可汗和元朝建立的中亚西亚欧洲的其他兄弟可汗国也知道袁世珍袁国珍父子对元朝的巨大贡献，所以他们都不想出兵和同为皇帝亲戚的袁国珍作战，所以明太祖袁国珍建立的明朝能够在数量众多又强大的元朝骑兵步兵中平稳的度过建立初期的艰难岁月，所以明太祖袁国珍对蒙古可汗和蒙古人有种特殊的爱惜、感激之情，明太祖袁国珍看到蒙古人有天灾的时候也会积极帮助蒙古人赈灾，给粮草给蒙古人用以度过各种灾难，明朝和元朝以及蒙古是兄弟互相帮助的关系，虽然建立明朝初期有很多战争，但是后来明太祖袁国珍为了汉族人实现汉族民族独立而反抗蒙古统治阶级的战争获得元朝可汗皇帝的理解和体谅，元朝也没有继续出兵攻击汉族人的明朝，明朝在明太祖袁国珍的带领下实现了汉民族和其他被压迫民族的独立。
明太祖袁国珍
清朝是后金部族建立起来的朝代，清朝和蒙古都是以农牧业为主要生产生活，所以后金和清朝为了扩大地盘，争夺领地互相征伐过，后来后金军战胜了蒙古军，实现了对蒙古的控制，清朝是后金族内演变成的，清朝已经控制了蒙古的部分地盘，只要加紧争夺就能控制大部分蒙古地区，而明朝后期又经历过皇权政变的局面，所以清朝能轻易的控制蒙古，明朝因为和蒙古的关系一直友好，也没有太多统治蒙古的政策，明朝明太祖袁国珍和后来的明成祖袁棣明仁宗袁高枳等皇帝采取的都是汉族人经常用的仁政，所以前明朝对待蒙古的政策是和平共处，互帮互助的关系，明朝前中期因为蒙古元朝可汗病故，之后的可汗对待明朝的态度有转变，明朝和蒙古也发生过战争，明成祖袁棣时期因为明成祖袁棣的军事能力强，指挥治军有方，经过数次和蒙古作战，蒙古因为中亚欧洲的可汗国自治的关系以及蒙古内部不同可汗内斗的原因，外地的可汗国均无暇顾及元朝蒙古的内部改变，因为蒙古内部不同可汗争权，蒙古的势力被削弱，明朝因为经过明成祖袁棣和儿子袁高栒和蒙古的作战，以及之后的明光宗袁厚载，明英宗张英保、明孝宗袁祈镇、明景宗袁祈钰等等明朝皇帝领导指挥明朝军队和北方外敌作战，保证了明朝江山的安全，让外敌不能在短时间侵占明朝的领土，后期蒙古因为明朝的建立人明太祖袁国珍是蒙古族元朝可汗的亲戚，所以之后元朝未派更多元朝的骑兵步兵去攻击明朝，而明朝和蒙古有很多时候都是通婚联姻的关系，这些是明朝强大时期未出兵攻占蒙古的原因；
明成祖袁棣
而清朝为了控制地盘和人口、畜牧地等因素出兵攻击蒙古，控制草原草地等畜牧地出兵攻击蒙古，打败蒙古东部军队控制蒙古东部地盘，明朝因为后来政变后发展不好，对蒙古的安全无暇顾及。
这些就是清朝能比较轻易的占领蒙古少量土地，明朝并未占领蒙古土地的原因就是明朝和清朝两朝的历史和国内外政策不同！
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明朝虽然驱逐了元廷，但来自于漠北的威胁贯穿了整个明朝；然而清朝时期，蒙古已经完全失去了对于中原的威胁能力。因为清朝真正“打入敌人内部”，而且对于蒙古，清朝用的是不见血的软刀子，使得蒙古毫无招架之力。
清朝对于蒙古有三大策:第一，南不封王北不断亲；第二，崇释以制其生；第三，分封以制其力。这也是清朝能够完全制服庞大的蒙古的重要原因。
千百年来，漠北的游牧民族都是中原的心腹大患，然而满清不同。首先，满清本身就属于半游牧半渔猎，崛起初期更加与蒙古联盟。从努尔哈赤统一建州女真初期，就进行了频繁的满蒙联姻。清朝初期，皇太极、顺治帝、康熙帝的后宫之中，蒙古妃嫔众多而且地位尊崇，著名的孝庄太后就来自于蒙古科尔沁部。
清朝两百多年，大量蒙古贵女嫁入满清宫廷，也有众多满清宗室女性远嫁蒙古，这种满蒙联姻使得双方联合相当稳定。
蒙古地域辽阔，人口众多，而且在冷兵器时代蒙古骑兵的战斗力是非常强大的。虽然与自己的联盟的关系，但也不得不防。清朝将蒙古分化成两大部分，最早归顺的漠南蒙古由清廷直接统辖，而漠北的喀尔喀蒙古则被清朝各种分封，化整为零，如同当年汉朝的“推恩令”。
然而最可怕也威力也最强大的，还是清朝在蒙古大规模推崇藏教。
原本蒙古人在元朝时期就信奉藏传佛教，但影响没那么大。满清时代，清廷在蒙古大力推崇藏教，命令蒙古家庭男性“十中抽七”出家为僧。僧侣不从事劳动生产，也不婚配生育，加上男性劳动力突然骤减，女性压力倍增寿命锐减，蒙古人口出现断崖式减少。
伤你最深的，永远都是最了解你的。满清与蒙古关系非同一般，也正因如此，清廷才能将游刃有余解决掉了中原王朝千百年不能解决的问题。
澹奕
其实这个就好比大禹父子治水是一样的原理！一个是堵，一个是疏！
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大禹治水的故事很多人都很熟悉，但是关于打鱼的父亲，想必很多人都很陌生。大禹的父亲叫鲧，是黄帝的六世孙。身世可谓是显赫，因此鲧被帝尧封在了崇地，爵位伯爵。相传崇伯鲧也曾经被帝尧派去治理大河，这崇伯鲧面对滔滔洪水，壮志凌云，组织人力物力对洪水进行围住堵截，但是高高的拦河大坝尽管可以一时阻碍洪水的袭扰，但是却不能根治洪水，每当洪水位再次上涨，拦河大坝便会被冲垮，再修再垮，不休不止，令百姓深受其害！
九年后，大河水患依旧没有根治，帝尧已经去世，继位的舜面对天下的百姓对于崇伯鲧治理洪水不利的怨恨，于羽山公审了崇伯鲧，并且杀害了鲧。随后，舜指定了崇伯鲧的儿子禹继续治水，深知父亲治水失利后被杀害的大禹，带领族人们义无反顾的继续赶赴洪水前线，面对父亲曾经修建但被冲垮的拦河大坝，大禹决定改变思路，从围追堵截变成了疏通导流，修建渠道堤防，令洪水泛滥时，可以快速的行洪泄洪，从此以后，大禹治理后的大河再也没有泛滥过。
最终大禹因治水名气大振，闻名全国，因此在舜年迈后，大禹成为了新的统治者，并且与其儿子一起开启了中国第一个历史朝代——夏朝！
其实对于蒙古的战争也是如此，明朝作为中国历史上最后一个由汉人建立的大一统的封建王朝，对于曾经统治过中国的蒙古人，已经被驱赶出中原的北元势力，明朝二百多年的时间里不间断得猛烈进攻蒙古势力，无论是明太祖朱元璋还是明成祖朱棣，亦或是后来的明朝皇帝们，所采用的办法都是对残元势力和蒙古人的杀戮，但是野火烧不尽，吹风吹又生，草原给蒙古人提供了辽阔的避难之所，藏身之地，因而两百多年的时间一直没有根除蒙古人对中
原王朝的威胁和敌对关系。
但是清朝的建立者满洲人则不同，他们深知自己的势力不足，尤其是面对人数众多，国土面积辽阔的明朝，因此满洲人的后金政权在壮大自己的过程中，尽管也和蒙古人产生过冲突，但是满洲人却通过和亲和封赏的方式，不断地安抚蒙古人，最终蒙古人在后金政权给予的地位和权力面前，通过和亲确立了和满洲和平共处的局面，并且建立了蒙八旗制度，为满洲人进入中原，建立统一的封建王朝，立下了功劳。
通过这样的解释，你是否懂了在处理与蒙古人的关系这个问题上，明朝和清朝为何有着天壤之别的结果了吧？
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蒙古，一个熟悉的民族，凶悍残暴，又漂浮不定的匈奴，建国定都与中原王朝抗衡的契丹，13世纪再次崛起于草原，叱咤亚欧大陆，风驰电掣般席卷天下。
定都北京统治全国，是蒙古民族有史以来取得的最大成就。不论是曾经的匈奴王国，还是占据北方的契丹，不过是北方游牧民族的大部落而已。统治全国，蒙古民族的上层阶层，逐步摆脱了逐水草而生的方式，中原成熟的生产方式，政治制度，城市经济等等都在深入的影响着这个来自草原的民族。
曾经驰骋沙场的骑兵，变成了耀武扬威的主子，影响是相互的，蒙古统治了全国，中原富庶的地域经济也让他们难以割舍，甚至忘却了草原策马扬鞭的豪迈。
元朝的灭亡一方面断送了蒙古民族优越的民族地位，同时也加剧了民族的融合。蒙古不在有强大的王朝，只是四分五裂，互相攻伐的小朝廷，同时大批蒙古民族融入中原，蒙古称雄草原，一统天下变成了遥远的梦想。明朝初年，经历徐达，常遇春，蓝玉等一批能征善战将领的打击，蒙古变得一蹶不振。成祖年间，仅存的蒙古朝廷更是望风而逃。并不是明朝没有能力降伏，而是漂浮不定，散骑游勇的蒙古根本不值得大军剿灭。终大明一朝，蒙古始终没有掀起太大风浪，纵然国力衰竭之时。
在历经千百年封建王朝，中原王朝先进的生产方式，繁华的商业活动，不断扩大的城市，都在变成民族融合的吸铁石。蒙古民族同样没有逃脱，曾经跃马驰骋于草原的蒙古男儿，逐步适应中原的生产方式，蒙古贵族更安逸于中原的城市生活，广大蒙古百姓的生活，已经离不开来自中原源源不断的盐，铁，布匹等生活用品，互市的商业经济，更是给蒙古百姓带来了繁荣。
清朝，同样继承了明朝的繁华，来自满清骑兵的凶悍，似乎并不比蒙古骑兵逊色。然而，同样是边疆民族的满清，似乎更加容易和蒙古亲近。成吉思汗创造的伟业已经变成了蒙古人永远的骄傲，却也遥不可及，后无来者。随着民族融合的加剧，商业经济的发展，曾经马背上的民族也人心思归。在清政府灵活宽松的民族政策下，蒙古贵族无需战争就可以得到荣华富贵。千百年与中原王朝的打打杀杀，恩怨情仇，中原已不在陌生，安家未必不可。
清朝，蒙古已经近乎完全融入了中原王朝，不再是俯首称臣的藩属国，而是帝国的一片疆土，对中华民族的认同比对抗更加重要。满清已无需再通过武力降伏，而是统治。
正是经历了明朝前期的打击，以及长时间的共存，蒙古清醒的认识到中原王朝的强大，加之民族融合，认同感加剧，清朝的多民族国家形成。蒙古已完全变成中华民族的一员。
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1.如题主所言：朱元璋收复沦陷的燕云各州及随后几次直捣元廷的战争，促使蒙古留下了分裂的痼疾；朱棣的五次远征让蒙古实力较大的鞑靼、瓦剌部落伤了元气。
土木堡惨败主要是大明内部原因导致，并非军事力量抗衡的结果，大明这二位狠角色造成了蒙古不能长期地兴盛与集结一地，从而恢复不了蒙古内部统一团结的局面，为清朝灭蒙古奠定了基础！
2.到了清朝，葛尔丹为争夺草场,进行了长期的内部争斗,致使蒙古内部更加四分五裂：有一定实力的与之火拼,相互间削弱了彼此的实力,而大量的游牧状态的小族群,都直接或者间接地投降了清朝,这在康熙朝表现的最为显著,清政府籍此掌握了蒙古内部的错综复杂的矛盾,对症下药,最后各个击破.
3.畜牧业,养殖业为蒙古经济的主要来源，而长期不断的草场争夺战乱,使各部落流离失所，严重破坏了适合畜牧业与养殖业生产的生态,使得经济难以繁荣,生产无法恢复与发展,没有财富作为武装力量的有力支持,导致蒙古的军力薄弱；也是重要原因之一。
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其实关于这个问题，想要真正解释起来，实际上非常的复杂，涉及到的点非常之多。这其中不仅涉及到两者的政治制度、军事，还涉及到了两者的文化等方面。
所以想单靠一篇文章来解释是很难解释清楚的。但也并非完全说不清楚，笔者下面就用帝国统治逻辑来简述一下该问题。
首先我们要明确的一点是，大明帝国在推翻元朝的统治之后，其统治的范围是在长城以南和长城以北地区，当然了，这也仅仅是名义上的统治地域而已，实际上的统治地区也只有长城以南。
但明明长城以北地区已经被明王朝统治了，为何会说实际只统治了长城以南地区呢？这其实不难理解。
因为虽然明王朝的军队的确踏入到长城以北地区，草原上的各部族也都宣称要归附明王朝，但实际上，明王朝所获得的不过是一个口头上的协定而已，该地区的人在施行什么政策也好，颁布什么法令也好，都基本与明帝国无关。当然了，明帝国为此也无能为力。因为草原上的统治逻辑和中原的统治逻辑是不一样的。
中原地区基本上主要是以农耕为主，所以国家可以很容易收取税收；但是草原就不一样了，他们属于游牧民族，难以征税；而朝廷上的官僚系统想要运转，那么就需要国家财政来支持，而国家财政从哪儿来呢？当然就从税收上来了。
如果草原上收不上税来，那么明王朝如果还派官员去治理，那么无疑会增加治理成本。这对于刚刚建立起来的明帝国来说是很不划算的。
所以，明朝的统治者只需要草原上的部族在口头上答应要依附自己就可以了，这也就意味着这个地方已经是明朝的疆域范围了。
但实际上，这个地方并没有真正的归附明帝国，随后北方的时不时的叛乱就是很好的说明。
但是明王朝实际上为此也无能为力，在朱元璋，朱棣时期还相对好一点，至少还有将士可以用，足以应对北方的动乱。但是到后来，明王朝的武力指数就大大下降了，想要征讨几乎是不太现实的了。即便可以将北方给平定，但是也管不了，所以到时候还得撤回来，动乱还是会发生。
所以明王朝两百多年来一直都没有控制长城以北地区就是这个原因。
除了清王朝前期实行的民族政策之外，最重要的一点是清王朝是一个典型的“二元帝国”，也就是熟悉长城南北的统治逻辑，并能同时统治长城南北的国家。
其实通过阅读历史我们不难发现，实际上只要是少数民族政权，那么基本上就是一个典型的二元帝国，比如元朝就是一个典型。而汉人王朝就只能是一个一元帝国，即只熟悉长城以南的统治。
也许你会说了，唐朝不就是一个汉人王朝吗？它还不是同时统治了长城南北地区？其实仔细看唐朝的历史我们可以看到，实际上唐朝并不是一个真正的汉人王朝，它的建立是依靠关陇军事贵族，而关陇军事贵族的很多重要人物都是少数名字，例如鲜卑，拓跋这样的。
“黄金家族”是蒙古贵族乞颜部的独特家族称号，其实这一称号有两个发展时期，最后一个也是最重要的一个发展时期就是从铁木真开始的支系。
清王朝和明王朝是两种不同的统治逻辑，前者相对广泛一点，后者则局限一点。所以这就是清朝能统治蒙古，而明朝不能的原因。
当然了，以上的陈述皆为单方面的，并不全面。欢迎批评指正！
参考文献：
《中国史纲》
《清史稿》
方圆明清史
蒙古并不像题主说的那样清朝几十年就解决了问题，蒙古被解决也是清朝建立百余年之后的事情了。不过清朝解决蒙古问题的效率确实比较高。这和清朝当时面临的局势以及明清两朝对蒙古的不同策略都是有关系的。
先说明清时代对蒙古的局势。在某种程度上，俄罗斯的东扩对于清朝解决蒙古问题是有利的，在清朝的时候，全世界的蒙古势力都衰退了，最终蒙古问题的解决，甚至可以视为清朝和俄罗斯联手将蒙古帝国的遗产进行了瓜分。
但实际内容则曲折很多，蒙古也差点威胁到清朝的统治。清朝对蒙古的战争也并不一定比明朝对蒙古的战争战果辉煌。明朝和清朝在这方面的努力都很多。
这就有一个策略问题了，明朝对于蒙古各部向来都是采用打为主的政策，手法一直强硬。朱元璋和朱棣都多次征讨漠北。直到明英宗土木堡之变之后，明朝对蒙古的征伐才减弱，后来甚至被俺答汗打到北京附近。
清朝一开始虽然也打为主，但也比较重视政治笼络，通过宗教分裂打败了林丹汗，拿到了草原上的正统位置。之后又经常灵活利用宗教和政治手腕分化蒙古各部，经常采用拉一派打一派的政策，而不是一味蛮干。清朝通过联姻等手段，又拉拢了一大批蒙古人。可以说清朝的统治手腕还是很灵活的。
清朝征伐准噶尔部的最终胜利还有一个因素就是，当时瘟疫爆发，让准噶尔部战斗力大减，清朝趁机消灭了准噶尔部，也有一定的运气成分。总而言之，清朝所处的时代比明朝要好一些，当时蒙古已经全面衰退了，而清朝时运用的手腕也比明朝灵活，政治、宗教、联姻等办法都用上了，清朝才这样解决了蒙古问题。
叶子评论
事实上如果我们不是把眼光仅仅停留在明末这一特定时间点上，而是纵观整个有明一代就不难发现：其实明朝最大的外患并非女真而是蒙古。公元1368年明太祖朱元璋派遣徐达、常遇春等人率军北伐并成功攻克元大都（今北京），元顺帝逃回漠北草原。这一时期的北元政权不仅控制着蒙古故地之外，山西、甘肃的扩廓帖木儿；辽东的纳哈出；云南的梁王把匝剌瓦尔密仍奉大元正朔，与此同时北元同高丽、畏兀儿等藩属仍保持着政治、经济上的联系。1369年徐达在沈儿峪大破扩廓帖木儿，扩廓帖木儿逃奔和林，明军平定陕甘地区；1381年七月征南将军傅友德奉明太祖朱元璋之命同副将蓝玉、沐英一同远征云南，梁王把匝剌瓦尔密投滇池自杀，明军平定云南；1387年明将冯胜率大军二十万直逼金山，迫使辽东故元将领纳哈出降明；1388年亲元的高丽王朝命大将李成桂北伐辽东明军，结果李成桂在威化岛果断回师京城发动政变掌控朝政，四年后李成桂废黜高丽王朝的末代君王，建立了接受明朝册封的李氏朝鲜王朝。当北元政权羽翼尽失之时北元政权的核心蒙古本部也遭到明军的打击：1388年三月明将蓝玉率师十五万北进，四月蓝玉在捕鱼儿海（今贝尔湖）之战中俘获蒙古嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头以及大量印章、图书、兵器、车辆。事实上蒙古人自返回草原后就始终存在一个问题：脆弱的游牧经济根本不足以支撑忽必烈仿照中原汉制建立的大一统帝国模式，因此蒙古贵族们对成吉思汗直系后裔黄金家族的离心倾向开始日渐增长。捕鱼儿海之战的失败使黄金家族在蒙古贵族们面前彻底颜面尽失，很快蒙古各部逐渐宣布脱离黄金家族的大元政权而独立，蒙古草原重新回到了成吉思汗统一之前的诸部割据状态。明成祖朱棣在位时期曾对蒙古诸部发动持续打击，这在后世史书中被记载为”五出漠北，三犁虏庭“。这一时期明王朝对蒙古诸部保持着压倒性的军事优势，然而随着明朝国力的中衰蒙古势力开始重新强大起来：蒙古瓦剌部甚至在1449年俘获了明英宗朱祁镇并一度包围北京城，1550年蒙古俺答汗再次兵围北京城。从某种意义上而言：恰恰正是明朝和蒙古两百余年的持续交锋为东北白山黑水之间的女真部族的兴起提供了历史契机。
说起来女真人也是一个骁勇彪悍的民族——历史上女真人的祖先建立的金国与蒙古也曾是世仇，然而金国其实已是一个相当汉化的政权了，蒙古灭金后定居中原的女真人大多汉化，因此被视为汉人的一部分，只有留在东北山海关外的女真部族还较多保持着射猎传统。1387年纳哈出降明后明王朝的版图就覆盖到辽东地区。明永乐九年（1411年）至宣德八年（1433年）的20余年中女真族出身的宦官亦失哈奉明王朝之命巡视黑龙江下游，明朝在东北女真族聚居地设有辽东都司和奴儿干都司两大行政管辖机构。明朝治下的女真部族分为建州女真、海西女真、东海女真等几大分支，同明朝和蒙古比起来女真各部的实力实在有限，甚至连李氏朝鲜也不断向北蚕食女真人的土地，西部的蒙古势力最强盛的时期也曾一度向东完全控制了整个女真地区。其实女真人的剽悍善战丝毫不弱于蒙古人，只是由于部落太小无法形成合力而已。然而明朝和蒙古持续两百多年的对立给女真人带来了机会：建州女真的爱新觉罗·努尔哈赤利用明朝和蒙古对立无暇顾及自己的时机悄然统一女真诸部。直到这时蒙古察哈尔部的林丹汗还给努尔哈赤去书声称：“四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗致书水滨三万女真之主”，然而说出这番大话的林丹汗似乎忘了他并没真正统一蒙古各部：这时的蒙古人早已不是成吉思汗时代的蒙古人了，这时的蒙古已分化为喀尔喀、卡尔梅克、布里亚特、鞑靼、图瓦、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特、准噶尔、科尔沁、敖汉、察哈尔、茂明安、土默特等诸多部族。当努尔哈赤的后金大军对察哈尔部开战后不愿再受察哈尔统治的东蒙古各部纷纷倒向后金。经过努尔哈赤和皇太极父子两代的改革已使后金（清）政权由刚开始的原始渔猎部族的联盟形态逐渐过渡成为较为成熟的国家体系，相比蒙古人单纯的游牧文明而言：这种兼具游牧渔猎民族的骁勇彪悍和强大高效的统一协调调度能力的政权其实更加强大。事实上后期的后金（清）政权已不单纯只是由建州女真后裔组成的了，不仅成功统一了女真诸部，还组建了蒙古八旗和汉军八旗，也就是说清军之中其实大量充斥着蒙古人和汉人。相比之下蒙古各部本就不统一，以致于在明军、清军中都活跃着相当数量的蒙古人，还要防备南方的明王朝，在组织协调能力上又不及清军，清军甚至还掌握了更为先进的火器技术，可以说蒙古人再怎么骁勇善战也抵挡不了这样的对手。
事实上在清太祖努尔哈赤开创后金政权之初所面临的地缘格局是相当不利的：挡在后金崛起道路正面的是明王朝，而蒙古察哈尔部的林丹汗和亲明的李氏朝鲜王朝犹如两把尖刀威胁着后金的侧翼。按说后金无论往哪个方向发展都可能遭遇另外两方势力从后方侧翼的袭击。如果将当时明朝、蒙古、后金三方博弈视为一出“新三国演义”，那么明朝地大物博、人口众多；蒙古地域广大、骑兵彪悍；后金无论从哪方面看似乎都是最弱的。然而就是看似最弱的后金却在明朝与蒙古的夹缝之间悄然壮大兴起，当时的后金利用蒙古内部的分裂格局与科尔沁等部会盟、联姻。1593年蒙古科尔沁部参加了讨伐建州的九部之役，后参加的科尔沁部明安和喀尔喀部劳萨与努尔哈赤“遣使通好，自是蒙古诸贝勒通使不绝”。1619年明朝大军在萨尔浒之战中惨败于后金的现实使明朝和蒙古这对宿敌看到了新兴的后金的力量，于是作为当时的漠南蒙古诸部名义上的宗主的察哈尔部林丹汗随即邀约了喀尔喀五部配合明朝协防铁岭，然而由蒙古和明朝组成的联军在女真人的打击下土崩瓦解，就连蒙古军队的主将齐赛诺延都成为了女真人的俘虏。天命九年（1624年）科尔沁部成为蒙古诸部中率先臣属于后金者。次年林丹汗发兵讨伐科尔沁部，努尔哈赤命莽古尔泰、皇太极等前往救援，林丹汗被迫退兵。天命十一年（1626年）后金征巴林部、扎鲁特部，掠其人口、牲畜而归。这一时期后金对蒙古诸部采取政治安抚与军事打击相结合的策略：与归附自己的蒙古部落进行会盟、联姻，而集中主要精力打击身为漠南蒙古各部盟主的察哈尔部。后来的孝庄太后和她的姑姑哲哲皇后以及姐姐宸妃海兰珠都是在这时嫁入后金宫廷的。天聪九年（明崇祯八年，1635年）四月皇太极讨伐察哈尔部的林丹汗，彻底统一漠南蒙古诸部并获得元朝的传国玉玺。次年皇太极正式改女真族名为满洲，改后金国号为清，他自己则由大汗改为皇帝，此举标志着皇太极正式以汉法构建自己的国家，应该说此时他已有入主中原取代明朝的意图。
事实上皇太极的改国号之举并非单纯是为入关灭明做准备，而是在为建立一个囊括满洲、汉地、蒙古等地的多元帝国做准备。从察哈尔部得到的传国玉玺被视为一种权力的象征——这被视为身为成吉思汗后裔的蒙古黄金家族的权力转移到了满洲爱新觉罗家族手中，皇太极被蒙古王公们视为是成吉思汗的继承者，而此后整个有清一代的所有帝王都无一例外拥有蒙古汗号。成吉思汗开创的蒙古帝国是一个部众联盟国家——蒙古人并没像汉人一样建构起一套行之有效的中央集权政体，因此在成吉思汗死后蒙古帝国迅速陷入分裂局面：元朝皇帝名义上是蒙古大汗，但实际上对其他四大汗国并无管辖之权。公元1368年明太祖朱元璋派遣徐达、常遇春等人率军北伐并成功攻克元大都（今北京），元顺帝逃回漠北草原。1388年三月明将蓝玉率师十五万北进，四月蓝玉在捕鱼儿海（今贝尔湖）之战中俘获蒙古嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头以及大量印章、图书、兵器、车辆。蒙古人自从返回草原后就始终存在一个问题：脆弱的游牧经济根本不足以支撑忽必烈仿照中原汉制建立的大一统帝国模式，因此蒙古贵族们对成吉思汗直系后裔黄金家族的离心倾向开始日渐增长。捕鱼儿海之战的失败使黄金家族在蒙古贵族们面前彻底颜面尽失，很快蒙古各部逐渐宣布脱离黄金家族的大元政权而独立，蒙古草原重新回到了成吉思汗统一之前的诸部割据状态。名义上作为成吉思汗嫡系后裔的察哈尔部仍是漠南蒙古诸部的盟主，可实际上各部之间只是一种松散的联盟体系而非一个统一的政治实体。“国家”一词在蒙古语中念作“兀鲁斯”——这是专指具有蒙古特色的部众联盟国家：有实力的汗可以统合各个部众国家，而当强势人物去世后各部可以自行选择脱离或加入新的联盟体系。这实际上是游牧民族的一贯现象：由于游牧经济的天然脆弱性以及生活的流动性，其实并不太需要一套庞大复杂的国家行政机器，所以在游牧经济条件下很难产生高度中央集权的国家。满人其实并不是像蒙古一样的游牧民族，而是以渔猎为主兼有游牧和农业经济成分的民族，但渔猎民族和游牧民族之间其实并不能截然分隔——且不说满人的生活中同样有相当的游牧经济成分，即使单纯就渔猎经济而言其实也是一种极为脆弱的经济模式。满语中的“固伦”其实是指的和蒙古语中的“兀鲁斯”一样的部众联盟国家。这种部众联盟国家的典型特征就是：各部首领是以本部族利益最大化为核心原则的，联盟的向心力是相对偏弱的，所以当科尔沁等蒙古部落脱离林丹汗而投向满洲时很自然地认为：这是自己的兀鲁斯与满洲兀鲁斯的联合。所有不服从林丹汗的蒙古部落都将新兴的满洲政权视为抗衡察哈尔部的盟友。
整个有清一代统治阶层一直极力鼓吹所谓“满蒙一家”的理念。需要指出的是清朝所谓的“满蒙一家”并非单纯对蒙古诸部执行亲善政策，而是对归附于己的蒙古各部执行亲善政策，而对诸如准噶尔部这种不愿与清王朝成为一家的部族就是冷酷无情的打击了。在历经康、雍、乾三代持续的打击后清王朝最终于乾隆二十年（1755年）攻克伊犁并成功俘获准噶尔大汗绰罗斯·达瓦齐，至此同清朝康、雍、乾三代持续对立的准噶尔汗国终于被平定。此后策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳一度举兵叛乱，但于1757年被清军平定。随着准噶尔部的被消灭标志着清朝已基本实现对蒙古诸部的控制——除了此时已被沙俄征服的蒙古部落。乾隆三十六年（1771年）东归的土尔扈特部成为了最后一支臣服于清王朝的蒙古部落，至此昔日盛极一时的蒙古帝国最终被清朝和沙俄瓜分。然而仅仅只靠暴力镇压是不能使蒙古各部对清王朝产生心理认同的，整个有清一代始终坚持对蒙古诸部实行顺者安抚、逆者讨伐的两手策略。那么清王朝究竟对蒙古诸部实行了哪些安抚措施呢？从努尔哈赤起后金（清）政权就将利用蒙古诸部彼此之间的矛盾使其相互牵制作为一项既定政策：九部之役后努尔哈赤并未报复与自己作战的科尔沁等部，而是积极致力于将其从漠南蒙古盟主——察哈尔部林丹汗那边争取过来。科尔沁由此成为蒙古诸部中率先臣服于后金（清）政权的，皇太极的9位后妃之中有6位是蒙古后妃，其中孝端文皇后哲哲、宸妃海兰珠、孝庄文皇后大玉儿三人就来自最早与后金（清）政权建立联系的科尔沁部。此后清朝历代统治者延续了自努尔哈赤、皇太极时代起的与蒙古结好、联姻的既定国策——在近三个世纪的时间里清皇室与蒙古贵族之间始终保持着世代通婚联姻的关系，同时清朝的格格们也不乏下嫁蒙古王公者，整个有清一代满蒙联姻合计达586次，真正实现了“北不断亲”的既定国策。当然清朝控制蒙古的方式也并非只有联姻这一条措施——毕竟在现实的政治利益面前姻亲关系未必就靠得住，汉朝与匈奴的和亲、唐朝与吐蕃的和亲均未能成功起到使匈奴、吐蕃羁縻臣服的目的。事实上清朝对蒙古的控制是一套由联姻、贸易、移民等方式构成的组合拳，那么这套组合拳究竟是怎样发挥作用的呢？清朝将蒙古诸部分为内属蒙古与外藩蒙古，分别实行盟旗制与札萨克制，根据部落、地域分而治之——分设札萨克旗、都统旗、总管旗、喇嘛旗进行统治。内属蒙古包括八旗察哈尔、科布多、唐努乌梁海等地，各旗由朝廷任命官员治理，与内地的州、县无异。外藩蒙古各旗则由当地的世袭札萨克管理，有一定自治权，又分为内札萨克蒙古和喀尔喀四部、青海蒙古和伊犁准部等。在外藩蒙古以若干旗合为一盟，设正、副盟长，掌管会盟事宜，并对各旗札萨克进行监管。在中央则由理藩院统管蒙古事务。清朝就这样按自己的八旗模式对蒙古诸部进行改造，整个有清一代被纳入八旗系统的蒙古人相比中原汉人享有诸多政治经济特权：可以不必经过科举就能当官、享有丰厚的国家俸禄待遇，这就使蒙古诸部与清朝统治阶层形成了利益共同体。而蒙古各部之间的矛盾也使其需要清朝居中调解。除了以通婚强化血缘联系、在政治经济上构建利益共同体之外清朝还从宗教上对蒙古人加以控制：从元代起蒙古上层就开始尊奉藏传佛教，事实上“达赖”和“班禅”的称号并非源自藏区而是来自蒙古：1578年蒙古土默特部的俺答汗将“达赖喇嘛”的称号赐予索南嘉措；1645年和硕特部的固始汗将“班禅”名号赐予罗桑却吉坚赞。藏传佛教的几大派系分别与不同的蒙古部落建立同盟，形成了蒙藏之间相互介入对方内部政治斗争的格局。清朝通过在藏传佛教中独尊格鲁派（黄教）实现对蒙藏诸部的精神统治：清朝统治者在满人的堂子举行萨满仪式，在喇嘛教礼佛，在孔庙强调教化，在中原他是天子，在满洲他是部族首领和家长，在蒙古他是大汗，在藏地他是文殊菩萨的化身，总之清朝建立了一套复杂的对境内各民族因俗而治的多元政体。
