甘丹寺在拉萨市区以东，距离市区大概四十多公里，海拔四千三百多米。它是有名的徒步前往桑耶寺朝圣活动之起步点。从市区前往，可以选择包车或大巴，车程大概需要九十分钟。从大昭寺广场，每天早上有朝圣大巴专门前往甘丹，回程经过桑阿寺顺带停留朝拜，早上出发，约下午四点回到拉萨。如果包车前往，比较理想的行程是清早出发，顺道把甘丹寺附近的桑阿寺，甚至连带方向不完全一致的扎耶巴洞窟群、策觉林、谢珠林等其他拉萨周边朝圣地点一并当天朝遍。
甘丹寺由格鲁派祖师宗喀巴亲自于1409年建成，乃格鲁派祖庭，也是三大寺中最早创立的一座（三大寺中的其他两寺为色拉寺和哲蚌寺），至今已有六百年历史。
寺院的名字“甘丹”意思是“欢喜”，乃弥勒菩萨的兜率净土之名。后来，清雍正帝曾御赐寺名“永寿寺”，但此后赐之名一直并不流行。有关甘丹寺之名，早在两千多年前，释迦牟尼已早有授记。《传授教授王经》中记载，在释迦佛住世时，有一童子谒见佛陀，并供上一串水晶珠串及发大愿心，佛陀便与阿难尊者说“面前供晶珠童子，能够兴扬正法，在未来浊世中，他将在雪域建立名称含‘甘’字之寺院，他届时将名‘善慧’！”在另一部经中也记述：佛陀把龙王所赠白螺交予弟子目犍连，命他以神通去到西藏，把螺藏于廓巴日山中，并预言于未来世，将由“持戒与善说如莲香”之比丘取出。后来，名为“善慧称”的宗喀巴大师在建甘丹寺时，寺山名“廓巴日”，建寺期间果然挖出一个白螺，这个白螺现在还保存了下来，本来供于哲蚌寺。
和建在山脚的色拉、哲蚌寺不同，甘丹寺是建立在山顶上的，从山脚往上看极有气势。
甘丹寺的架构由夏孜扎仓、蒋孜扎仓两所僧院所组成，但目前主要朝圣地点为五法殿、措钦主殿、灵塔殿、弥勒殿、存衣殿、宗喀巴闭关室及后山的众多胜迹。
在措钦主殿的后方中央有一个配殿，内为甘丹宝座。这个宝座原为宗喀巴说法座，在意义上代表了格鲁派的最高权威。由于甘丹赤巴是宗喀巴及整个格鲁派的代表，历代以来均不论贫富地位，唯从最高学者中选出，故有“甘丹宝座本无主，唯怕来者无学识”之古语。
根据传统说法，甘丹宝座乃由掌管生死的阎摩法王以头顶戴，无德者无缘登座。由于此典故，宝座下方镶有一尊工艺精致之阎摩法王小像。朝圣者来到此处，应恭敬顶礼、供养哈达，并作祈祷。
大师在一生为弘扬佛法奔波后，于1419年的藏历十月二十五日在甘丹寺存衣殿圆寂。为了纪念大师，其遗体被保存在塔里。在每年的十月二十五日，格鲁派寺院会彻夜燃灯，此纪念活动后来影响全藏，成为后来的燃灯节（亦称“圆根法会”）。时至今日，远至蒙古、台湾、香港、俄罗斯甚至很多西方国家，都有许多人在这一天燃灯纪念宗喀巴大师的圆寂。
在灵塔殿门外有一个流通处，出售寺院护身符等，也兼售卖全藏知名的甘丹堪巴香粉。相传，当年宗喀巴习惯把剃下的头发倒在某个角落，后有蒿草长出而蔓延全山，被视为大师头发所长出、加持。从此，寺院锣声能及范围内生长的蒿草，都被称为“甘丹堪巴”，乃寺院的特产，可用作燃点、佛像装藏或作为药物，其气味芳香、天然，燃点有预防传染病、瘟疫的功效，故甚为藏族所喜爱。
此处流通的众多护身符中，以大白伞盖佛母咒轮和大随求佛母咒轮最为出名，前者以一块曾经显灵的古刻板印制。这块刻板本属色拉寺印经院。在一次印经院失火中，其他刻板毁于一旦，唯独这块刻板被发现自己漂浮在虚空中，幸免于难，从此便被视为特别灵异的圣物。
在后来，刻板辗转流传至甘丹寺。据说，以它印制的护身咒轮，能保护佩戴者免于一切危险、劫难；大随求佛母咒轮，则以无子者求子灵验著称。据说，近年颇多灵验案例，佩戴五个月以上者无不顺利怀孕。两种咒轮价格约为十五元（2009），并不昂贵。顺带一说，在2009年，寺院为纪念成立六百周年，曾以珍贵药材、圣物等诵经多天加持、制造了一批三本尊甘露丸，可服用、供奉或作为护身物佩戴，极为珍贵、神圣，并不对外公开派发；如果认识寺僧，或许仍能讨得少许。
灵塔殿的下层右边，是女性不能进入的护法殿，其内供奉守护宗喀巴之阎摩法王像。此像与色拉寺的马头明王、哲蚌寺的大威德金刚，并列为拉萨三大忿怒尊，由于甚为灵验，一直以来深受藏族信众崇拜。根据记载，原像为护法亲自融入加持而成，现今供像则为近年以原像残余部分装藏重建之新像。虽然传统规定女性不得进入此护法殿（色拉寺马头明王及哲蚌寺大威德金刚则无限制），女香客可于殿外把哈达等交予守殿僧人或任何男性藏族信众，请求代为供养（寺僧及藏族信众对此极为习惯，基本上不必多作解释已能明白请求，并十分乐意帮忙）。
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